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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40493 | |||||||||
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タイトル | human liver mitochondrial Aldehyde dehydrogenase ALDH2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | human / liver / mitochondrial / Aldehyde dehydrogenase / ALDH2 / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of serotonin / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / carboxylesterase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2023 タイトル: High-Resolution Structural Proteomics of Mitochondria Using the 'Build and Retrieve' Methodology. 著者: Zhemin Zhang / Marios L Tringides / Christopher E Morgan / Masaru Miyagi / Jason A Mears / Charles L Hoppel / Edward W Yu / 要旨: The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of ...The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of single particle cryo-EM to identify multiple proteins from three enriched heterogeneous fractions prepared from human liver mitochondrial lysate. We simultaneously identify and solve high-resolution structures of nine essential mitochondrial enzymes with key metabolic functions, including fatty acid catabolism, reactive oxidative species clearance, and amino acid metabolism. Our methodology also identified multiple distinct members of the acyl-CoA dehydrogenase family. This work highlights the potential of cryo-EM to explore tissue proteomics at the atomic level. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40493.map.gz | 83.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40493-v30.xml emd-40493.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40493_fsc.xml | 12.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40493.png | 105.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40493.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_40493_half_map_1.map.gz emd_40493_half_map_2.map.gz | 154.2 MB 154.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40493 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40493_validation.pdf.gz | 894.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40493_full_validation.pdf.gz | 894.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40493_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40493_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40493 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8shsMC 8sgpC 8sgrC 8sgsC 8sgvC 8sk6C 8sk8C 8skrC 8sksC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8255 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40493_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40493_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ALDH2
全体 | 名称: ALDH2 |
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要素 |
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-超分子 #1: ALDH2
超分子 | 名称: ALDH2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
分子 | 名称: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aldehyde dehydrogenase (NAD+) |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 56.441047 KDa |
配列 | 文字列: MLRAAARFGP RLGRRLLSAA ATQAVPAPNQ QPEVFCNQIF INNEWHDAVS RKTFPTVNPS TGEVICQVAE GDKEDVDKAV KAARAAFQL GSPWRRMDAS HRGRLLNRLA DLIERDRTYL AALETLDNGK PYVISYLVDL DMVLKCLRYY AGWADKYHGK T IPIDGDFF ...文字列: MLRAAARFGP RLGRRLLSAA ATQAVPAPNQ QPEVFCNQIF INNEWHDAVS RKTFPTVNPS TGEVICQVAE GDKEDVDKAV KAARAAFQL GSPWRRMDAS HRGRLLNRLA DLIERDRTYL AALETLDNGK PYVISYLVDL DMVLKCLRYY AGWADKYHGK T IPIDGDFF SYTRHEPVGV CGQIIPWNFP LLMQAWKLGP ALATGNVVVM KVAEQTPLTA LYVANLIKEA GFPPGVVNIV PG FGPTAGA AIASHEDVDK VAFTGSTEIG RVIQVAAGSS NLKRVTLELG GKSPNIIMSD ADMDWAVEQA HFALFFNQGQ CCC AGSRTF VQEDIYDEFV ERSVARAKSR VVGNPFDSKT EQGPQVDETQ FKKILGYINT GKQEGAKLLC GGGIAADRGY FIQP TVFGD VQDGMTIAKE EIFGPVMQIL KFKTIEEVVG RANNSTYGLA AAVFTKDLDK ANYLSQALQA GTVWVNCYDV FGAQS PFGG YKMSGSGREL GEYGLQAYTE VKTVTVKVPQ KNS UniProtKB: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |