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万見
- EMDB-40199: The Type 9 Secretion System in vivo assembled, RemZ substrate bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40199
タイトルThe Type 9 Secretion System in vivo assembled, RemZ substrate bound complex - conformation 1
マップデータrefinement volume
試料
  • 複合体: Type 9 Secretion System RemZ complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein involved in gliding motility SprA
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomeraseプロリルイソメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: RemZ
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
キーワードT9SS / Type IX Secretion System Translocon / Protein Secretion PorV - SprA - PPI - RemZ Complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Type IX secretion system protein PorV / : / Type IX secretion system protein PorV / Gliding motility protein SprA N-terminal domain / Cell surface SprA / Motility related/secretion protein / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein involved in gliding motility SprA / プロリルイソメラーゼ / Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein / T9SS sorting signal type C domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア) / Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Deme JC / Lea SM
資金援助 英国, European Union, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust219477/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust107929/Z/15/Z 英国
European Research Council (ERC)833713European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007474/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021264/1 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Lea Group 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: The Type 9 Secretion System caught in the act of transport
著者: Lauber F / Deme JC / Liu X / Kjaer A / Miller HL / Alcock F / Lea SM / Berks BC
履歴
登録2023年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40199.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈refinement volume
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0117
最小 - 最大-0.04250817 - 0.09741401
平均 (標準偏差)-0.000031934513 (±0.0022205564)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_40199_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: local resolution filtered volume

ファイルemd_40199_additional_1.map
注釈local resolution filtered volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: postprocessed volume

ファイルemd_40199_additional_2.map
注釈postprocessed volume
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_40199_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_40199_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type 9 Secretion System RemZ complex

全体名称: Type 9 Secretion System RemZ complex
要素
  • 複合体: Type 9 Secretion System RemZ complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein involved in gliding motility SprA
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomeraseプロリルイソメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: RemZ
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

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超分子 #1: Type 9 Secretion System RemZ complex

超分子名称: Type 9 Secretion System RemZ complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

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分子 #1: Protein involved in gliding motility SprA

分子名称: Protein involved in gliding motility SprA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 270.221688 KDa
配列文字列: MRKICIFLLV LFCGNVLRSQ VKPAVQDTTK TQFSVGKMEL ENPPSILSAY KYDPITDRYI YTTSVDGFSI DYPLVLTPKE YEDLLLKES RRDYFRKKMD AIDGKKTGAE AAKKDLLPRY YINSSLFESI FGSNTIDVKP TGSVEMDLGV RYTKQDNPAF S PRNRSSLT ...文字列:
MRKICIFLLV LFCGNVLRSQ VKPAVQDTTK TQFSVGKMEL ENPPSILSAY KYDPITDRYI YTTSVDGFSI DYPLVLTPKE YEDLLLKES RRDYFRKKMD AIDGKKTGAE AAKKDLLPRY YINSSLFESI FGSNTIDVKP TGSVEMDLGV RYTKQDNPAF S PRNRSSLT FDFDQRISMS LMGKIGTRLE VNANYDTQST FAFQNLFKLA YTPSEDDIIQ KVEVGNVSMP LNSTLIRGAQ SL FGVKTQL QFGRTTITGV FSEQKSQTKS VVAENGGTVQ NFDLYALDYD NDRHFFLSQY FRNKYDVSLK NYPFIDSRVQ ITR LEVWVT NKQNRVTTTG GGNNLRNIIA LQDLGEAQVS GVPDNEVVVI SSTAGFFNNP IDSPTSNTNN KYDPATIGQA GSFL NSNIR EIVTAKSGFN NTNVSEATDY SVLENARKLT TNEYTFNPQL GYISLQQRLA NDEILAVAFE YTVGGKVYQV GEFGS DGVD ATVVTGNNSS NQAIITQSLV LKMLKSNLTN VKNPVWNLMM KNVYQIPQAY QIKQDDFRLN ILYTDPSPIN YITPVQ GSS FPPNPAPDSK VEQTPLLNVF NLDRLNYNND PQAGGDGFFD YIPGVTVDVQ NGRVIFTTKE PFGELIFNKL QTGAGES YN DPTTYNANQQ KYVFRNMYRN TQAGALQDSD KNKFLLRGKY KSSGSNGIPI GAFNVPQGSV VVTAAGRVLV EGIDYSVD Y QLGRVQILDP SLQASNTPIE VSLENNSIFG QQTRRFMGFN IEHKISDKFV IGGTYLKMTE RPFTQKSTYG QESVNNTIF GFNGNYSTEV PFLTRLANKL PNIDTDVPSN LSIRGEVAFL RPDAPKASDF QGEATIYVDD FEGSQSTIDM RSAYAWSLAS TPFITSIND NTFNANSNTL EYGFKRAKLS WYTIDPVFYS SKPSGISNDD LSLNTTRRIY SRELYPNTDI AQGQIQVVNT L DLTYYPGE RGPYNNNPSF GASNPSANFG GIMRALNSTN FEQGNVEYIQ FWVLDPYVGN GESPATNAGK IYFNLGEISE DV LKDGRKQ YENGLGPDQV MVNPQPLWGD VPASQSLIYA FDTNPDNRKN QDVGLDGLPS SREGSIYTNY AGEADPAGDD YTY YLNADG GVLERYKNYN GTEGNSAVSI NDPNRGSTTL PDVEDINRDN TMSTINAYYE YSIDVKPGMQ VGENYITDIR EVTN VDLPN GGTTNARWIQ FKIPVSQPQN TIGNITDFRS IRFMRMFMTG FNSQMTVRFG ALDLVRGEWR RYTGTLDAND QNPDD DGVE FDVAAVNIQE NGTKCPVNYV MPPGVQREQL YNNNTVINQN EQALAVRIGG AGLQYQDSRA VFKNVSVDMR QYKKLK MFL HAESLPNQPT LEDDEMVGFI RFGNDFTQNF YQVEIPLKVT KTGGSCSISP DLVWMDDNSI DLALDLLTRM KIKAMSI DI NSSKRDVNGI YYPDNDPDLE GGDGDGKLTL GIKGNPNFGL VRNLMVGVKS RADHKDIKGE VWFNELRLAD LENKGGMA A ILNVDTNMAD FATVSATGRK STIGFGSLEQ GANERDREDV QQYNIVTNLN LGKLLPKKWG INLPFNYAIG EEVITPEYD PFNQDIKLDQ LIRETTDQAE KDNIRTRAID YTKRKSINFI GVRKDRAPEQ KPHVYDIENF TFSQSYNQVE RHDYEVADYE DEQSNSAVN YAYTFQPKEV VPFKSTKFMK KSEYWKLLSD FNFNYLPSNI SFNTNILRQS NRQQFREVEV EGIGLDPLYR R NFAFNYQY GFGFNLTKSL KLNYSATSNN IVRNFLNDDN SPKEDFNIWD DYLDIGTPNQ HAQQLVLNYD IPINKIPIFG FV KASYSYT ADYMWQRSST AFSEYEDPNG TVYDLGNTIQ NSNSNTLTTT LNMNTLYKYL GLTPGAKKTA KPKTAAPPKP GEK IVNTAK PVVSSSPFYD GLIGVLTSIK NVQINYTKNS GTVLPGYTPS VGFLGTSKPS LGFVFGSQDD VRYEAAKRGW LTTY QDFNQ SFTQVSNKLL KVTANIDLLP DLKVDLSMDR SYSENTSEQY SVDPSTNEYK PLSPYTYGMF SISTVMIKTA FSPSD ETQS AAFDDFRSNR LIIANRLAEG HYGSGVAIPR YGDANNPIPA ETDPNYAVYT ANQGYPIGYT KSNQAVLLPA FLAAYT GSD ASSSSTNIFR SFPIPNWSIK YNGLMRYKYF KDKFKRFSLQ HNYRASYTIN QFRSNFDYNS SPKVQDVNTN FYNEIIM SN VNLVEQFSPL IRMDFELKSS LRVLSEIKKD RALSMSFDNN LLTEVKGMEY IIGLGYRFKD VIFSSRLADN PTGIIKSD I NIKADFSLRN NETLVRYLDY DNNQLAAGQN IWSLKLTADY SFSKNLTAIF YYDHSFSKAV ISTSFPLTNI RSGFTLRYN FGN

UniProtKB: Protein involved in gliding motility SprA

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分子 #2: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 19.219141 KDa
配列文字列:
MKQLLTALLS LTLFISCSKD KDEVKDYTAE NEKEIVDYLA QNNLTAQRTN SGLYYIITKE GSSESEGENP GEEENTGEGE NTEENENDG HPTLNSNITV IYKGYFTNGK VFDESTEGVS YSLRTLIPGW KEGIPLLKSG GEIQLFVPAH LGYGSNGNKT V PGGAVLIF EITLVSVN

UniProtKB: プロリルイソメラーゼ

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分子 #3: Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein

分子名称: Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 44.210043 KDa
配列文字列: MKKISLLLIC LLITTFAKAQ DIERPITTGV PFLLVAADAR AAGLGDQGVA TSSDVFSQQW NPAKYAFAED AQGLSISYTP YLTDLANDI SLGQVTYYNK INDRSAFAGS FRYFGFGGIE LRQTGDPNEP TREVNPNEFA LDGSYSLKLS ETFSMAVAAR Y IRSNLKVA ...文字列:
MKKISLLLIC LLITTFAKAQ DIERPITTGV PFLLVAADAR AAGLGDQGVA TSSDVFSQQW NPAKYAFAED AQGLSISYTP YLTDLANDI SLGQVTYYNK INDRSAFAGS FRYFGFGGIE LRQTGDPNEP TREVNPNEFA LDGSYSLKLS ETFSMAVAAR Y IRSNLKVA TEEIDASAAG SFAVDVAGFY QSEEIAYSDF NGRWRAGFNI QNLGPKISYD HDDLSANFLP ANLRVGGGFD FI FDDYNKL GVSLELTKLL VPTPPGPGTP YDANGDGDFT DPGDISQSQA DEANYKKYKD IGWVSGIFKS FGDAPGGFSE ELK EITYSA AAEYMYQDAF AMRLGYYHES PMKGAKQFFS LGAGFKYSMI KVDVSYLFSA SKVKNPLENT LRFSLTFNFG DKYE TY

UniProtKB: Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein

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分子 #4: RemZ

分子名称: RemZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
分子量理論値: 113.146023 KDa
配列文字列: MDVQAWGGGG AGGGASGAVL DGRAAAGGGG GAYARSNITV AAGATLNASV AGTTTNALVS GAAVNGAAGG SSTILGFETS ILALGGGGG GANNAGGTPA GGAGGSAASS VGNVSKLDGA AGGNGVTGAI GLLTVSGAGG TAGGGGGAGG AGVASVALGN G PGNAGTAP ...文字列:
MDVQAWGGGG AGGGASGAVL DGRAAAGGGG GAYARSNITV AAGATLNASV AGTTTNALVS GAAVNGAAGG SSTILGFETS ILALGGGGG GANNAGGTPA GGAGGSAASS VGNVSKLDGA AGGNGVTGAI GLLTVSGAGG TAGGGGGAGG AGVASVALGN G PGNAGTAP GGGGSGAMQS LLGGAQIGGS GAAGRVIITY TCPTYSITGI SAANVCNSVG TTSVVTLTSS GGGLPIGPYV VT YNRSNPS GTGLTAIMNV TTPGTGTFTA AGLNVIGTSN ITVTNLTSAA CSSNISTNNV ASLTVFAATV GGTLAGTATV CSG ATSGTL TLSGQTGSII KWESSVSPFT VWTTIPNTTN TYTSGALTET SQFRAVIQNG NCAVVNSSIA TITVNPLPQG SLSA NGPFC VTGSGQLTFT ATAGTGPYTI VYKENGGADR TAANISSGVA FPTFTTPVTT TTVYTLVSVT GANTCSRSSG FTNNT ATIT VNSRIATPGF GTVTQPDCVT STGSVVLTGL PAGSWTITQS GTASQTYNSS GTTYTISNLA VGNYTFTVQD AANCPS LAT STLTLIAPVV NIWNGTSWSK GSPPISTDVV RFSGNYSTTG NLSGCSLIVD SGFTVTVNSN HTLTISNAVT NNGGQLI FE NNSSLLQTNN VTNVGNITYK RITPPVRRYD LTYWSSPITR TPPFTLYDLS PGTLADKYYS YDPVAGWVIS FNGTQQMV P GRGYVVRAPQ TNDLNTGANY LGAFVGVPNN GPISVSLGTA EAFQLLGNPY PSAIYADQFI ANNSANLYGT LYFWTHNSL PSSSTPGGAQ YNYDNNDYAV YNLSGSIIVG GMTGQGATTP GNQSAPLGYI AAGQGFFVVS KTAGNAVFTN SMRVAANNTQ FYKTNKSAI ERHRVWINLT NTQGAFKQLL IGYIEGATNF WDHNYDAITA DANPHLDFYS INEGQNLVIQ GRSLPFNESD V VPLGYRSA IAGEFSISLD HADGDLTNHA VYLEDKLTNT LHNLQTSNYT FNTAIGTFSD RFVIRYTTAT LGTDDFENQT NS FYVSVKD KTIKLNSTED VMREVSIFDI SGKLLYNNKK VENTEFQVSN FQSGNQVLIV KVTLDNGNII TKKIVFN

UniProtKB: T9SS sorting signal type C domain-containing protein

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分子 #5: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

分子名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: LMN
分子量理論値: 1.005188 KDa
Chemical component information

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 422344
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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