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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | The Type 9 Secretion System Extended Translocon - SprA-PorV-PPI-RemZ-SkpA-SprE complex | |||||||||||||||||||||
![]() | Composite volume used for refinement of coordinates created from EMD-29911 and EMD-40085 the associated consensus volume is EMD-40086 | |||||||||||||||||||||
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![]() | T9SS / Type IX Secretion System Translocon / Protein Secretion PorV - SprA - PPI - RemZ Complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / unfolded protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Deme JC / Lea SM | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Type 9 Secretion System caught in the act of transport 著者: Lauber F / Deme JC / Liu X / Kjaer A / Miller HL / Alcock F / Lea SM / Berks BC | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 42.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 47 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 9.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 390.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Composite volume used for refinement of coordinates created from EMD-29911 and EMD-40085 the associated consensus volume is EMD-40086 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Type 9 Secretion System Extended Translocon
+超分子 #1: Type 9 Secretion System Extended Translocon
+分子 #1: Protein involved in gliding motility SprA
+分子 #2: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
+分子 #3: Type IX secretion system protein PorV domain-containing protein
+分子 #4: RemZ
+分子 #5: Periplasmic chaperone for outer membrane proteins Skp
+分子 #6: SprE
+分子 #7: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
+分子 #8: alpha-D-mannopyranose
+分子 #9: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 61.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 546490 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |