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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | The Type 9 Secretion System Extended Translocon - delta GldL, Peak I, consensus volume | |||||||||||||||||||||
![]() | volume | |||||||||||||||||||||
![]() |
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![]() | T9SS / type IX secretion system translocon / protein secretion Complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Deme JC / Lea SM | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Type 9 Secretion System caught in the act of transport 著者: Lauber F / Deme JC / Liu X / Kjaer A / Miller HL / Alcock F / Lea SM / Berks BC | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 273.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.5 KB 24.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 47.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 343 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 29 MB 274.9 MB 274.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 946 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 945.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | volume | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: postprocessed
ファイル | emd_40086_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | postprocessed | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_40086_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_40086_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Type 9 Secretion System Extended Translocon
全体 | 名称: Type 9 Secretion System Extended Translocon |
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要素 |
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-超分子 #1: Type 9 Secretion System Extended Translocon
超分子 | 名称: Type 9 Secretion System Extended Translocon / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: SkpA-SprE-Nterm SprA part of complex |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: SprE
分子 | 名称: SprE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKKNTLKYSF FLIFFLFLIA CSTKNNTFVN RNSHALSTKY NILYNGGLGL EKGLQAIKAN DQDNFWKMLP IEKMQFDENF SEGEKTKNPD FEKAETKATK AIQKHSMNIG GRERNYQIDE AYLMLGKARY YDQRFIPALE AFNYILYKYP NSSNIYTAKI WREKTNMRLG ...文字列: MKKNTLKYSF FLIFFLFLIA CSTKNNTFVN RNSHALSTKY NILYNGGLGL EKGLQAIKAN DQDNFWKMLP IEKMQFDENF SEGEKTKNPD FEKAETKATK AIQKHSMNIG GRERNYQIDE AYLMLGKARY YDQRFIPALE AFNYILYKYP NSSNIYTAKI WREKTNMRLG NDAIVVKNIN QLLKKTDLNK QTFSDANALL AEAFLNLEER DSAVAKLRIA EQFSRINEDR ARYKFILGQM YQEVGNKDSA TYYYDGVIHM NRKADRKYMM HAYAKKAQMY DYEKGNDTIF LKTYNKLVAD RENRPYYDVL FYEMGVFYDK KKDKENALKF YNKSLGRKSK DPYLMASAYR NIGNMYFKNT DYTMAAKYYD STLTKLNPKT REFAFIEKNR KNLDNVIKYE GIAKRNDSII KVYGMPDSER KIYFESYIAE LKKKDEAKRI LEEKEKEKLA NVERNNSASS APTAVNPNSL GKPANMDTDG IRPPSGNDAV STFYFYNPTT VAYGKLQFKK MWGNRTIGGN WRLSAIKAAN DAAMLNDSIN EAEANKLKDT VVIEKYTTAF YEKQLPKTQI AIDSIGKERN FAYYQLGLIY KEKFKEYTLA SDKLEQLLRN NPEEKLILPS MYNLYKIYQI TDPAKAEKIK SDITNNYPGS RYAQILNNTN TDDIPSPEKE YQKWYKLFQE EKFDVVLDNI DNLINQYSGD EIVSKFELLK ANTLGKVNGL EAYKKGLENV ADNYPNSDEG KNAREILEKQ VPTLERLNFT TEDNKNWKIL YLISNNDTKT LKQIEEAIRV FLLVENFERL TTSFDKYNRT QSFVAIHGLK SEAYAQDVAG VFRDDKKYKI AQPAIIISTE NYKVVQIKKN LEAYLTPKNP |
-分子 #2: PorV
分子 | 名称: PorV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKKISLLLIC LLITTFAKAQ DIERPITTGV PFLLVAADAR AAGLGDQGVA TSSDVFSQQW NPAKYAFAED AQGLSISYTP YLTDLANDIS LGQVTYYNKI NDRSAFAGSF RYFGFGGIEL RQTGDPNEPT REVNPNEFAL DGSYSLKLSE TFSMAVAARY IRSNLKVATE ...文字列: MKKISLLLIC LLITTFAKAQ DIERPITTGV PFLLVAADAR AAGLGDQGVA TSSDVFSQQW NPAKYAFAED AQGLSISYTP YLTDLANDIS LGQVTYYNKI NDRSAFAGSF RYFGFGGIEL RQTGDPNEPT REVNPNEFAL DGSYSLKLSE TFSMAVAARY IRSNLKVATE EIDASAAGSF AVDVAGFYQS EEIAYSDFNG RWRAGFNIQN LGPKISYDHD DLSANFLPAN LRVGGGFDFI FDDYNKLGVS LELTKLLVPT PPGPGTPYDA NGDGDFTDPG DISQSQADEA NYKKYKDIGW VSGIFKSFGD APGGFSEELK EITYSAAAEY MYQDAFAMRL GYYHESPMKG AKQFFSLGAG FKYSMIKVDV SYLFSASKVK NPLENTLRFS LTFNFGDKYE TY |
-分子 #3: SprA
分子 | 名称: SprA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRKICIFLLV LFCGNVLRSQ VKPAVQDTTK TQFSVGKMEL ENPPSILSAY KYDPITDRYI YTTSVDGFSI DYPLVLTPKE YEDLLLKESR RDYFRKKMDA IDGKKTGAEA AKKDLLPRYY INSSLFESIF GSNTIDVKPT GSVEMDLGVR YTKQDNPAFS PRNRSSLTFD ...文字列: MRKICIFLLV LFCGNVLRSQ VKPAVQDTTK TQFSVGKMEL ENPPSILSAY KYDPITDRYI YTTSVDGFSI DYPLVLTPKE YEDLLLKESR RDYFRKKMDA IDGKKTGAEA AKKDLLPRYY INSSLFESIF GSNTIDVKPT GSVEMDLGVR YTKQDNPAFS PRNRSSLTFD FDQRISMSLM GKIGTRLEVN ANYDTQSTFA FQNLFKLAYT PSEDDIIQKV EVGNVSMPLN STLIRGAQSL FGVKTQLQFG RTTITGVFSE QKSQTKSVVA ENGGTVQNFD LYALDYDNDR HFFLSQYFRN KYDVSLKNYP FIDSRVQITR LEVWVTNKQN RVTTTGGGNN LRNIIALQDL GEAQVSGVPD NEVVVISSTA GFFNNPIDSP TSNTNNKYDP ATIGQAGSFL NSNIREIVTA KSGFNNTNVS EATDYSVLEN ARKLTTNEYT FNPQLGYISL QQRLANDEIL AVAFEYTVGG KVYQVGEFGS DGVDATVVTG NNSSNQAIIT QSLVLKMLKS NLTNVKNPVW NLMMKNVYQI PQAYQIKQDD FRLNILYTDP SPINYITPVQ GSSFPPNPAP DSKVEQTPLL NVFNLDRLNY NNDPQAGGDG FFDYIPGVTV DVQNGRVIFT TKEPFGELIF NKLQTGAGES YNDPTTYNAN QQKYVFRNMY RNTQAGALQD SDKNKFLLRG KYKSSGSNGI PIGAFNVPQG SVVVTAAGRV LVEGIDYSVD YQLGRVQILD PSLQASNTPI EVSLENNSIF GQQTRRFMGF NIEHKISDKF VIGGTYLKMT ERPFTQKSTY GQESVNNTIF GFNGNYSTEV PFLTRLANKL PNIDTDVPSN LSIRGEVAFL RPDAPKASDF QGEATIYVDD FEGSQSTIDM RSAYAWSLAS TPFITSINDN TFNANSNTLE YGFKRAKLSW YTIDPVFYSS KPSGISNDDL SLNTTRRIYS RELYPNTDIA QGQIQVVNTL DLTYYPGERG PYNNNPSFGA SNPSANFGGI MRALNSTNFE QGNVEYIQFW VLDPYVGNGE SPATNAGKIY FNLGEISEDV LKDGRKQYEN GLGPDQVMVN PQPLWGDVPA SQSLIYAFDT NPDNRKNQDV GLDGLPSSRE GSIYTNYAGE ADPAGDDYTY YLNADGGVLE RYKNYNGTEG NSAVSINDPN RGSTTLPDVE DINRDNTMST INAYYEYSID VKPGMQVGEN YITDIREVTN VDLPNGGTTN ARWIQFKIPV SQPQNTIGNI TDFRSIRFMR MFMTGFNSQM TVRFGALDLV RGEWRRYTGT LDANDQNPDD DGVEFDVAAV NIQENGTKCP VNYVMPPGVQ REQLYNNNTV INQNEQALAV RIGGAGLQYQ DSRAVFKNVS VDMRQYKKLK MFLHAESLPN QPTLEDDEMV GFIRFGNDFT QNFYQVEIPL KVTKTGGSCS ISPDLVWMDD NSIDLALDLL TRMKIKAMSI DINSSKRDVN GIYYPDNDPD LEGGDGDGKL TLGIKGNPNF GLVRNLMVGV KSRADHKDIK GEVWFNELRL ADLENKGGMA AILNVDTNMA DFATVSATGR KSTIGFGSLE QGANERDRED VQQYNIVTNL NLGKLLPKKW GINLPFNYAI GEEVITPEYD PFNQDIKLDQ LIRETTDQAE KDNIRTRAID YTKRKSINFI GVRKDRAPEQ KPHVYDIENF TFSQSYNQVE RHDYEVADYE DEQSNSAVNY AYTFQPKEVV PFKSTKFMKK SEYWKLLSDF NFNYLPSNIS FNTNILRQSN RQQFREVEVE GIGLDPLYRR NFAFNYQYGF GFNLTKSLKL NYSATSNNIV RNFLNDDNSP KEDFNIWDDY LDIGTPNQHA QQLVLNYDIP INKIPIFGFV KASYSYTADY MWQRSSTAFS EYEDPNGTVY DLGNTIQNSN SNTLTTTLNM NTLYKYLGLT PGAKKTAKPK TAAPPKPGEK IVNTAKPVVS SSPFYDGLIG VLTSIKNVQI NYTKNSGTVL PGYTPSVGFL GTSKPSLGFV FGSQDDVRYE AAKRGWLTTY QDFNQSFTQV SNKLLKVTAN IDLLPDLKVD LSMDRSYSEN TSEQYSVDPS TNEYKPLSPY TYGMFSISTV MIKTAFSPSD ETQSAAFDDF RSNRLIIANR LAEGHYGSGV AIPRYGDANN PIPAETDPNY AVYTANQGYP IGYTKSNQAV LLPAFLAAYT GSDASSSSTN IFRSFPIPNW SIKYNGLMRY KYFKDKFKRF SLQHNYRASY TINQFRSNFD YNSSPKVQDV NTNFYNEIIM SNVNLVEQFS PLIRMDFELK SSLRVLSEIK KDRALSMSFD NNLLTEVKGM EYIIGLGYRF KDVIFSSRLA DNPTGIIKSD INIKADFSLR NNETLVRYLD YDNNQLAAGQ NIWSLKLTAD YSFSKNLTAI FYYDHSFSKA VISTSFPLTN IRSGFTLRYN FGN |
-分子 #4: PPI
分子 | 名称: PPI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKQLLTALLS LTLFISCSKD KDEVKDYTAE NEKEIVDYLA QNNLTAQRTN SGLYYIITKE GSSESEGENP GEEENTGEGE NTEENENDGH PTLNSNITVI YKGYFTNGKV FDESTEGVSY SLRTLIPGWK EGIPLLKSGG EIQLFVPAHL GYGSNGNKTV PGGAVLIFEI TLVSVN |
-分子 #5: SkpA
分子 | 名称: SkpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRKQFLFIFL ALIVANTSQA QGKTTRIGYI DMEYILENVS DYKEAKSQLE LKAQKWKQEI EAKKLNINSL KEGLKTEKAL LTKELIEERE TEIKFQENEM LDYQQKQFGA DGNLMRQKAA LAKPIQDQVF TAVQDIAEAK NYDFIFDKSS DLTMLFSNKR FDISDQVIRI ...文字列: MRKQFLFIFL ALIVANTSQA QGKTTRIGYI DMEYILENVS DYKEAKSQLE LKAQKWKQEI EAKKLNINSL KEGLKTEKAL LTKELIEERE TEIKFQENEM LDYQQKQFGA DGNLMRQKAA LAKPIQDQVF TAVQDIAEAK NYDFIFDKSS DLTMLFSNKR FDISDQVIRI LNRTDKREQL NKKQLKEQEA KENRENEIDE NPAMADRQKA LDERRAAREK LIEDRRLEQE AKKKEYDDRR KAMQAERDAK KNGTVSETAK TTEAAKTTEA VKTDATAKPA STTETTTTPA ETAASKAEER QKLYEQRKKE LEERRKKILE EREAAKKAKE AETQKTNTTN N |
-分子 #6: RemZ
分子 | 名称: RemZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDVQAWGGGG AGGGASGAVL DGRAAAGGGG GAYARSNITV AAGATLNASV AGTTTNALVS GAAVNGAAGG SSTILGFETS ILALGGGGGG ANNAGGTPAG GAGGSAASSV GNVSKLDGAA GGNGVTGAIG LLTVSGAGGT AGGGGGAGGA GVASVALGNG PGNAGTAPGG ...文字列: MDVQAWGGGG AGGGASGAVL DGRAAAGGGG GAYARSNITV AAGATLNASV AGTTTNALVS GAAVNGAAGG SSTILGFETS ILALGGGGGG ANNAGGTPAG GAGGSAASSV GNVSKLDGAA GGNGVTGAIG LLTVSGAGGT AGGGGGAGGA GVASVALGNG PGNAGTAPGG GGSGAMQSLL GGAQIGGSGA AGRVIITYTC PTYSITGISA ANVCNSVGTT SVVTLTSSGG GLPIGPYVVT YNRSNPSGTG LTAIMNVTTP GTGTFTAAGL NVIGTSNITV TNLTSAACSS NISTNNVASL TVFAATVGGT LAGTATVCSG ATSGTLTLSG QTGSIIKWES SVSPFTVWTT IPNTTNTYTS GALTETSQFR AVIQNGNCAV VNSSIATITV NPLPQGSLSA NGPFCVTGSG QLTFTATAGT GPYTIVYKEN GGADRTAANI SSGVAFPTFT TPVTTTTVYT LVSVTGANTC SRSSGFTNNT ATITVNSRIA TPGFGTVTQP DCVTSTGSVV LTGLPAGSWT ITQSGTASQT YNSSGTTYTI SNLAVGNYTF TVQDAANCPS LATSTLTLIA PVVNIWNGTS WSKGSPPIST DVVRFSGNYS TTGNLSGCSL IVDSGFTVTV NSNHTLTISN AVTNNGGQLI FENNSSLLQT NNVTNVGNIT YKRITPPVRR YDLTYWSSPI TRTPPFTLYD LSPGTLADKY YSYDPVAGWV ISFNGTQQMV PGRGYVVRAP QTNDLNTGAN YLGAFVGVPN NGPISVSLGT AEAFQLLGNP YPSAIYADQF IANNSANLYG TLYFWTHNSL PSSSTPGGAQ YNYDNNDYAV YNLSGSIIVG GMTGQGATTP GNQSAPLGYI AAGQGFFVVS KTAGNAVFTN SMRVAANNTQ FYKTNKSAIE RHRVWINLTN TQGAFKQLLI GYIEGATNFW DHNYDAITAD ANPHLDFYSI NEGQNLVIQG RSLPFNESDV VPLGYRSAIA GEFSISLDHA DGDLTNHAVY LEDKLTNTLH NLQTSNYTFN TAIGTFSDRF VIRYTTATLG TDDFENQTNS FYVSVKDKTI KLNSTEDVMR EVSIFDISGK LLYNNKKVEN TEFQVSNFQS GNQVLIVKVT LDNGNIITKK IVFN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 61.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |