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万見
- PDB-3jb6: In situ structures of the segmented genome and RNA polymerase com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jb6
タイトルIn situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus
要素
  • RNA-dependent RNA polymerase
  • VP1 CSP
  • Viral structural protein 4
キーワードTRANSFERASE/VIRAL PROTEIN / dsRNA genome organization / viral polymerase / TRANSFERASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / CPV Capsid shell protein VP1, small protrusion domain / Inner layer core protein VP1-like, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA-dependent RNA polymerase / VP1 / Viral structural protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, X. / Ding, K. / Yu, X.K. / Chang, W. / Sun, J.C. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: In situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus.
著者: Xing Zhang / Ke Ding / Xuekui Yu / Winston Chang / Jingchen Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Viruses in the Reoviridae, like the triple-shelled human rotavirus and the single-shelled insect cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV), all package a genome of segmented double-stranded RNAs (dsRNAs) ...Viruses in the Reoviridae, like the triple-shelled human rotavirus and the single-shelled insect cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV), all package a genome of segmented double-stranded RNAs (dsRNAs) inside the viral capsid and carry out endogenous messenger RNA synthesis through a transcriptional enzyme complex (TEC). By direct electron-counting cryoelectron microscopy and asymmetric reconstruction, we have determined the organization of the dsRNA genome inside quiescent CPV (q-CPV) and the in situ atomic structures of TEC within CPV in both quiescent and transcribing (t-CPV) states. We show that the ten segmented dsRNAs in CPV are organized with ten TECs in a specific, non-symmetric manner, with each dsRNA segment attached directly to a TEC. The TEC consists of two extensively interacting subunits: an RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) and an NTPase VP4. We find that the bracelet domain of RdRP undergoes marked conformational change when q-CPV is converted to t-CPV, leading to formation of the RNA template entry channel and access to the polymerase active site. An amino-terminal helix from each of two subunits of the capsid shell protein (CSP) interacts with VP4 and RdRP. These findings establish the link between sensing of environmental cues by the external proteins and activation of endogenous RNA transcription by the TEC inside the virus.
履歴
登録2015年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42023年4月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6408
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: Viral structural protein 4
C: VP1 CSP
D: VP1 CSP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,0096
ポリマ－207,9634
非ポリマー1,0462
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 138810.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: D0EZK6, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Viral structural protein 4


分子量: 63683.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9IR43
#3: タンパク質・ペプチド VP1 CSP


分子量: 2734.002 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 111-134 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: D3JWE6
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1CPV VP4 + polymerase complex (TEC)COMPLEX0
2RNA polymerase1
3VP41
緩衝液名称: 70 mM Tris-Cl, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 2 mM GTP / pH: 8 / 詳細: 70 mM Tris-Cl, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 2 mM GTP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 200 mesh Quantifoil holey carbon film
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年7月26日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM / Electron beam tilt params: 0
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 49000 X / 倍率（補正後）: 49500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度: 80 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 4385

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解析

EMソフトウェア名称: FREALIGN / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Frealign / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68526 / ピクセルサイズ（公称値）: 4.04 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 4.04 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C1) / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.3→49.76 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 504 0.05 %
Rwork0.216 1006245 -
obs0.216 1006749 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 232.85 Å2 / Biso mean: 52.9238 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13840 0 64 0 13904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01313830
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.62618729
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0642092
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072393
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.3455090
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.3003-3.63230.41021200.407251578251698
3.6323-4.15770.23111200.2321252033252153
4.1577-5.23730.14831200.1537251413251533
5.2373-49.76550.20881440.1863251221251365
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 111.5106 Å / Origin y: -31.5933 Å / Origin z: 175.567 Å
111213212223313233
T0.2403 Å20.0322 Å2-0.038 Å2-0.3279 Å20.008 Å2--0.3006 Å2
L0.3114 °20.4012 °2-0.1616 °2-0.52 °2-0.2684 °2--0.3185 °2
S-0.0646 Å °0.1075 Å °0.0928 Å °-0.0301 Å °0.1315 Å °0.1478 Å °-0.0146 Å °-0.09 Å °-0.0715 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1ELECTRON MICROSCOPY1allA5 - 1224
2ELECTRON MICROSCOPY1allA1 - 1301
3ELECTRON MICROSCOPY1allB2 - 560
4ELECTRON MICROSCOPY1allB561 - 601
5ELECTRON MICROSCOPY1allC114 - 134
6ELECTRON MICROSCOPY1allD111 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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