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万見
- PDB-3j42: Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j42
タイトルObstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody
要素
  • Envelope protein E
  • Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
  • Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
  • PrM
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / Dengue / maturation / immature / antibody / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / complement activation, classical pathway / antigen binding ...immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / adaptive immune response / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / blood microparticle / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / immune response / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Ig kappa chain V-V region MOPC 21 / : / Genome polyprotein / Igh protein / Anti-colorectal carcinoma light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21 Å
データ登録者Wang, Z. / Pennington, J.G. / Jiang, W. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Obstruction of dengue virus maturation by Fab fragments of the 2H2 antibody.
著者: Zhiqing Wang / Long Li / Janice G Pennington / Ju Sheng / Moh Lan Yap / Pavel Plevka / Geng Meng / Lei Sun / Wen Jiang / Michael G Rossmann /
要旨: The 2H2 monoclonal antibody recognizes the precursor peptide on immature dengue virus and might therefore be a useful tool for investigating the conformational change that occurs when the immature ...The 2H2 monoclonal antibody recognizes the precursor peptide on immature dengue virus and might therefore be a useful tool for investigating the conformational change that occurs when the immature virus enters an acidic environment. During dengue virus maturation, spiky, immature, noninfectious virions change their structure to form smooth-surfaced particles in the slightly acidic environment of the trans-Golgi network, thereby allowing cellular furin to cleave the precursor-membrane proteins. The dengue virions become fully infectious when they release the cleaved precursor peptide upon reaching the neutral-pH environment of the extracellular space. Here we report on the cryo-electron microscopy structures of the immature virus complexed with the 2H2 antigen binding fragments (Fab) at different concentrations and under various pH conditions. At neutral pH and a high concentration of Fab molecules, three Fab molecules bind to three precursor-membrane proteins on each spike of the immature virus. However, at a low concentration of Fab molecules and pH 7.0, only two Fab molecules bind to each spike. Changing to a slightly acidic pH caused no detectable change of structure for the sample with a high Fab concentration but caused severe structural damage to the low-concentration sample. Therefore, the 2H2 Fab inhibits the maturation process of immature dengue virus when Fab molecules are present at a high concentration, because the three Fab molecules on each spike hold the precursor-membrane molecules together, thereby inhibiting the normal conformational change that occurs during maturation.
履歴
登録2013年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5674
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5674
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: PrM
E: PrM
F: PrM
G: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
H: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
I: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
J: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
K: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
L: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,14412
ポリマ－299,14412
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: PrM
E: PrM
F: PrM
G: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
H: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
I: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
J: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
K: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
L: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,948,651720
ポリマ－17,948,651720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: PrM
E: PrM
F: PrM
G: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
H: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
I: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
J: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
K: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
L: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.5 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,495,72160
ポリマ－1,495,72160
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: Envelope protein E
B: Envelope protein E
C: Envelope protein E
D: PrM
E: PrM
F: PrM
G: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
H: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
I: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
J: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
K: Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera
L: Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.79 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,794,86572
ポリマ－1,794,86572
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein E / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 43400.898 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 281-675 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: O11875
#2: タンパク質 PrM / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9261.531 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-81 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: Q3BCY5
#3: 抗体 Ig heavy chain V region MOPC 21, Igh protein chimera / 2H2 heavy chain Fab


分子量: 23696.553 Da / 分子数: 3 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh-1a, Igh / 参照: UniProt: P01783, UniProt: Q6PIP8
#4: 抗体 Ig kappa chain V-V region MOPC 21, Anti-colorectal carcinoma light chain chimera / 2H2 light chain Fab


分子量: 23355.746 Da / 分子数: 3 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gm16939 / 参照: UniProt: P01634, UniProt: Q7TS98
配列の詳細2H2 HEAVY CHAIN FAB IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 17-119 OF UNP P01783 AND RESIDUES 120-230 OF ...2H2 HEAVY CHAIN FAB IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 17-119 OF UNP P01783 AND RESIDUES 120-230 OF UNP Q6PIP8 CONNECTED BY A HIS-TYR LINKER. 2H2 LIGHT CHAIN FAB IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 30-136 OF UNP P01634 AND RESIDUES 130-234 OF UNP Q7TS98.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: High-concentration Fab Fragment of 2H2 antibody binding to immature Dengue virus at pH 7
タイプ: VIRUS
詳細: Three Fab fragments bind to three pr on each trimeric spike
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / ホストのカテゴリ: INVERTEBRATE / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Aedes albopictus / 株: C6-36
緩衝液名称: 100 mM phosphate buffer / pH: 7 / 詳細: 100 mM phosphate buffer
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil 200 mesh
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 詳細: Plunged into liquid ethane (homemade plunger)

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG / 日付: 2011年4月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 51040 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 100 K / 最高温度: 105 K / 最低温度: 80 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 49
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMfitモデルフィッティング
2EMAN1３次元再構成
3EMAN2３次元再構成
4jspr３次元再構成
CTF補正詳細: Film
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 378 / ピクセルサイズ（公称値）: 3.72 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3.72 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: I) / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13C6D

3c6d

1
24KVC

4kvc

1
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11226 0 0 0 11226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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