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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zuo | ||||||
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タイトル | OMCI in complex with leukotriene B4 | ||||||
要素 | COMPLEMENT INHIBITOR | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / toxin activity / Beta Barrel / extracellular region / Mainly Beta / LEUKOTRIENE B4 / Complement inhibitor 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ORNITHODOROS MOUBATA (ダニ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Roversi, P. / Maillet, I. / Togbe, D. / Couillin, I. / Quesniaux, V.F.J. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. ...Roversi, P. / Maillet, I. / Togbe, D. / Couillin, I. / Quesniaux, V.F.J. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. / Caesar, J.J.E. / Leonhartsberger, S. / Ryffel, B. / Lea, S.M. / Nunn, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Bifunctional Lipocalin Ameliorates Murine Immune Complex-Induced Acute Lung Injury. 著者: Roversi, P. / Ryffel, B. / Togbe, D. / Maillet, I. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Paesen, G.C. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. / Caesar, J.J. / Leonhartsberger, S. / Lea, S.M. / Nunn, M.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: The Structure of Omci, a Novel Lipocalin Inhibitor of the Complement System. 著者: Roversi, P. / Lissina, O. / Johnson, S. / Ahmat, N. / Paesen, G.C. / Ploss, K. / Boland, W. / Nunn, M.A. / Lea, S.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zuo.cif.gz | 134.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zuo.ent.gz | 105.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zuo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zuo_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zuo_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3zuo_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zuo_validation.cif.gz | 37.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zuo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16804.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORNITHODOROS MOUBATA (ダニ) / 器官: SALIVARY GLAND / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): WCM105 / 参照: UniProt: Q5YD59 #2: 化合物 | ChemComp-LTB / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.4 詳細: 21% PEG 4000, 0.2 M SODIUM ACETATE, TRIS 0.1 M PH 8.4. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.00384 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00384 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→112.79 Å / Num. obs: 46060 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 27.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 82.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ZUI 解像度: 1.86→61.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9075 / SU R Cruickshank DPI: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.147 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.22 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.275 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→61.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
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