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- PDB-3zuo: OMCI in complex with leukotriene B4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zuo
タイトルOMCI in complex with leukotriene B4
要素COMPLEMENT INHIBITOR
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / toxin activity / Beta Barrel / extracellular region / Mainly Beta / LEUKOTRIENE B4 / Complement inhibitor
機能・相同性情報
生物種ORNITHODOROS MOUBATA (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Roversi, P. / Maillet, I. / Togbe, D. / Couillin, I. / Quesniaux, V.F.J. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. ...Roversi, P. / Maillet, I. / Togbe, D. / Couillin, I. / Quesniaux, V.F.J. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. / Caesar, J.J.E. / Leonhartsberger, S. / Ryffel, B. / Lea, S.M. / Nunn, M.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Bifunctional Lipocalin Ameliorates Murine Immune Complex-Induced Acute Lung Injury.
著者: Roversi, P. / Ryffel, B. / Togbe, D. / Maillet, I. / Teixeira, M. / Ahmat, N. / Paesen, G.C. / Lissina, O. / Boland, W. / Ploss, K. / Caesar, J.J. / Leonhartsberger, S. / Lea, S.M. / Nunn, M.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Structure of Omci, a Novel Lipocalin Inhibitor of the Complement System.
著者: Roversi, P. / Lissina, O. / Johnson, S. / Ahmat, N. / Paesen, G.C. / Ploss, K. / Boland, W. / Nunn, M.A. / Lea, S.M.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT INHIBITOR
B: COMPLEMENT INHIBITOR
C: COMPLEMENT INHIBITOR
D: COMPLEMENT INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5648
ポリマ－67,2184
非ポリマー1,3464
水5,927329
1
A: COMPLEMENT INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1412
ポリマ－16,8051
非ポリマー3361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: COMPLEMENT INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1412
ポリマ－16,8051
非ポリマー3361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: COMPLEMENT INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1412
ポリマ－16,8051
非ポリマー3361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: COMPLEMENT INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1412
ポリマ－16,8051
非ポリマー3361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.756, 112.789, 62.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.81817, 0.0229, -0.57451), (0.0783, -0.98545, -0.1508), (-0.56962, -0.16837, 0.80448)16.0571, 30.3675, 8.0967
2given(0.79599, 0.22906, 0.56028), (0.20572, -0.9729, 0.10548), (0.56926, 0.03129, -0.82155)-25.136, 18.2481, 72.7584
3given(-0.9595, -0.27991, -0.0317), (-0.28166, 0.95519, 0.09097), (0.00481, 0.09621, -0.99534)-1.5937, -6.8209, 76.8239

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要素

#1: タンパク質
COMPLEMENT INHIBITOR / OMCI


分子量: 16804.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORNITHODOROS MOUBATA (ダニ) / 器官: SALIVARY GLAND / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): WCM105 / 参照: UniProt: Q5YD59
#2: 化合物
ChemComp-LTB / LEUKOTRIENE B4


分子量: 336.466 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.4
詳細: 21% PEG 4000, 0.2 M SODIUM ACETATE, TRIS 0.1 M PH 8.4.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.00384
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00384 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→112.79 Å / Num. obs: 46060 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 27.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZUI

3zui


解像度: 1.86→61.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9075 / SU R Cruickshank DPI: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.147
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2379 2315 5.04 %RANDOM
Rwork0.2199 ---
obs0.2209 45917 96.87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.0735 Å20 Å24.2977 Å2
2--6.693 Å20 Å2
3---2.3804 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→61.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4530 0 96 329 4955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0069037HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8716214HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1956SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes158HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1339HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9033HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.38
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion587SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9231SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 135 4.88 %
Rwork0.2538 2633 -
all0.2552 2768 -
obs--96.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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