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万見
- PDB-3zim: Discovery of a potent and isoform-selective targeted covalent inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zim
タイトルDiscovery of a potent and isoform-selective targeted covalent inhibitor of the lipid kinase PI3Kalpha
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL 4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA ISOFORM
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / autosome genomic imprinting / IRS-mediated signalling / cellular response to hydrostatic pressure / PI3K events in ERBB4 signaling / Activated NTRK2 signals through PI3K ...response to muscle inactivity / negative regulation of actin filament depolymerization / response to L-leucine / regulation of actin filament organization / response to butyrate / autosome genomic imprinting / IRS-mediated signalling / cellular response to hydrostatic pressure / PI3K events in ERBB4 signaling / Activated NTRK2 signals through PI3K / positive regulation of protein localization to membrane / Activated NTRK3 signals through PI3K / negative regulation of fibroblast apoptotic process / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / vasculature development / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / regulation of cellular respiration / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / anoikis / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / Costimulation by the CD28 family / relaxation of cardiac muscle / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / Signaling by ALK / negative regulation of macroautophagy / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR2 / response to dexamethasone / PI-3K cascade:FGFR4 / protein kinase activator activity / PI-3K cascade:FGFR1 / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of anoikis / RET signaling / intercalated disc / regulation of multicellular organism growth / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / positive regulation of TOR signaling / endothelial cell migration / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / GAB1 signalosome / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / adipose tissue development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / phagocytosis / positive regulation of lamellipodium assembly / energy homeostasis / Signaling by FGFR4 in disease / cardiac muscle contraction / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by FGFR2 in disease / T cell costimulation / RAC1 GTPase cycle / response to muscle stretch / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / Downstream signal transduction / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / liver development / response to activity / Regulation of signaling by CBL / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of protein phosphorylation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by SCF-KIT / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to insulin stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / glucose metabolic process
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain ...PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KKR / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Nacht, M. / Qiao, L. / Sheets, M.P. / Martin, T.S. / Labenski, M. / Mazdiyasni, H. / Karp, R. / Zhu, Z. / Chaturvedi, P. / Bhavsar, D. ...Nacht, M. / Qiao, L. / Sheets, M.P. / Martin, T.S. / Labenski, M. / Mazdiyasni, H. / Karp, R. / Zhu, Z. / Chaturvedi, P. / Bhavsar, D. / Niu, D. / Westlin, W. / Petter, R.C. / Medikonda, A.P. / Jestel, A. / Blaesse, M. / Singh, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of a Potent and Isoform-Selective Targeted Covalent Inhibitor of the Lipid Kinase Pi3Kalpha
著者: Nacht, M. / Qiao, L. / Sheets, M.P. / Martin, T.S. / Labenski, M. / Mazdiyasni, H. / Karp, R. / Zhu, Z. / Chaturvedi, P. / Bhavsar, D. / Niu, D. / Westlin, W. / Petter, R.C. / Medikonda, A.P. / Singh, J.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL 4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9802
ポリマ－109,4061
非ポリマー5741
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.340, 135.027, 142.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL 4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA ISOFORM / PI3-KINASE SUBUNIT ALPHA / PI3K-ALPHA / PI3KALPHA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT ALPHA / ...PI3-KINASE SUBUNIT ALPHA / PI3K-ALPHA / PI3KALPHA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT ALPHA / PHOSPHATIDYLINOSITOL 4 / 5-BISPHOSPHATE 3-KINASE 110 KDA CATALYTIC SUBUNIT ALPHA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT P110-ALPHA / P110ALPHA / PHOSPHOINOSITIDE-3-KINASE CATALYTIC ALPHA POLYPEPTIDE / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE PIK3CA


分子量: 109406.477 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL TRUNCATED, RESIDUES 107-1046 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIGAND COVALENTLY LINKED TO CYS862 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-KKR / 1-[4-[[2-(1H-indazol-4-yl)-4-morpholin-4-yl-thieno[3,2-d]pyrimidin-6-yl]methyl]piperazin-1-yl]-6-methyl-hept-5-ene-1,4- dione / 1-[4-[[2-(1H-indazol-4-yl)-4-morpholinthieno[3,2-d]pyrimidin-6-yl]methyl]piperazin-1-yl]-6-methyl-hept-5-ene-1,4-dione


分子量: 573.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H35N7O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→98.15 Å / Num. obs: 27581 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 97.901 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.85→3.04 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMACRIGID BODY位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PREVIOUSLY SOLVED STRUCTURE

解像度: 2.85→98.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. DISORDERED SIDE CHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27822 719 2.6 %RANDOM
Rwork0.21272 ---
obs0.21434 26820 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 105.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→98.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7238 0 41 7 7286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.026844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1181.9599337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.989311148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6965879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42424.342281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.273151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8741528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 55 -
Rwork0.337 1751 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.37090.6064-0.36272.38490.28283.18850.1302-0.1319-0.01350.26610.06850.52260.1524-0.8669-0.19880.1043-0.06610.03480.99530.02380.086-11.9123.57240.643
23.9709-0.3716-0.71692.4726-0.93894.00880.15870.79210.491-0.42980.00190.4377-0.5916-1.0702-0.16070.31250.0819-0.03671.11960.1280.3134-12.22817.87415.558
31.2348-1.2726-0.41665.92151.70072.1475-0.0352-0.05220.3940.51360.1847-0.4039-0.21010.1461-0.14960.1652-0.11570.05360.81860.0380.293111.0416.43438.265
43.21252.4399-1.60713.6977-2.25844.1171-0.29370.7952-0.6813-0.44270.0408-0.12420.86620.05720.25290.52350.04410.12310.875-0.2580.294413.272-17.9023.815
51.69040.0047-0.95160.80190.36585.37160.1180.4050.2138-0.4398-0.0153-0.1653-0.36870.2225-0.10280.1832-0.04230.09320.90050.04840.107314.1454.0759.798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A696 - 804
2X-RAY DIFFRACTION1A2047
3X-RAY DIFFRACTION2A805 - 1111
4X-RAY DIFFRACTION3A100 - 305
5X-RAY DIFFRACTION4A306 - 510
6X-RAY DIFFRACTION5A511 - 695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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