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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zdv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the LecB lectin from Pseudomonas aeruginosa in complex with Methyl 6-(2,4,6-trimethylphenylsulfonylamido)-6-deoxy-alpha-D-mannopyranoside | ||||||
![]() | FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / GLYCOMIMETIC / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hauck, D. / Joachim, I. / Frommeyer, B. / Varrot, A. / Philipp, B. / MOller, H.M. / Imberty, A. / Exner, T.E. / Titz, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of Two Classes of Potent Glycomimetic Inhibitors of Pseudomonas Aeruginosa Lecb with Distinct Binding Modes. 著者: Hauck, D. / Joachim, I. / Frommeyer, B. / Varrot, A. / Philipp, B. / Moller, H.M. / Imberty, A. / Exner, T.E. / Titz, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 501.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 507.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3dcqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD![](data/chem/img/MMA.gif)
![](data/chem/img/MMA.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 11865.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 糖 | ChemComp-MMA / |
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-非ポリマー , 6種, 468分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/F1A.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/F1A.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-F1A / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE N-TERMINAL METHIONINE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.93 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 330 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5 200 MM AMMONIUM SULPHATE 30% PEG8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月22日 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→42.25 Å / Num. obs: 76102 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.47 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3DCQ 解像度: 1.41→42.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.632 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. DISORDERED SIDE CHAIN WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.07 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→42.24 Å
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拘束条件 |
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