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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zcz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a complex between Actinomadura R39 DD-peptidase and a trifluoroketone inhibitor | ||||||
![]() | D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / INHIBITOR / PEPTIDOGLYCAN | ||||||
機能・相同性 | ![]() serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Rocaboy, M. / Charlier, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inhibition of Dd-Peptidases by a Specific Trifluoroketone: Crystal Structure of a Complex with the Actinomadura R39 Dd-Peptidase. 著者: Dzhekieva, L. / Adediran, S.A. / Herman, R. / Kerff, F. / Duez, C. / Charlier, P. / Sauvage, E. / Pratt, R.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 678.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 572 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xdmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47704.055 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 50-516 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P39045, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: 化合物 | ChemComp-TFR / ( #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2012年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→48.9 Å / Num. obs: 61653 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2XDM 解像度: 2.6→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 25.69 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.115 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.9 Å
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拘束条件 |
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