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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zcm | ||||||
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タイトル | Small molecule inhibitors of the LEDGF site of HIV integrase identified by fragment screening and structure based design. | ||||||
![]() | HIV INTEGRASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peat, T.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design. 著者: Peat, T.S. / Rhodes, D.I. / Vandegraaff, N. / Le, G. / Smith, J.A. / Clark, L.J. / Jones, E.D. / Coates, J.A.V. / Thienthong, N. / Newman, J. / Dolezal, O. / Mulder, R. / Ryan, J.H. / Savage, ...著者: Peat, T.S. / Rhodes, D.I. / Vandegraaff, N. / Le, G. / Smith, J.A. / Clark, L.J. / Jones, E.D. / Coates, J.A.V. / Thienthong, N. / Newman, J. / Dolezal, O. / Mulder, R. / Ryan, J.H. / Savage, G.P. / Francis, C.L. / Deadman, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3zsoC ![]() 3zsqC ![]() 3zsrC ![]() 3zsvC ![]() 3zswC ![]() 3zsxC ![]() 3zsyC ![]() 3zszC ![]() 3zt0C ![]() 3zt1C ![]() 3zt2C ![]() 3zt3SC ![]() 3zt4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 18395.842 Da / 分子数: 2 / 断片: CORE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 56-212 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: RECOMBINANT / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q76353, UniProt: P12497*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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-非ポリマー , 5種, 163分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PX3.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PX3.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | 3 MUTATIONS MADE FOR SOLUBILITY |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 5.5 MG/ML IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT AND SET UP IN A 1:1 RATIO WITH 1.6 TO 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 TO 5.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月22日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→45.3 Å / Num. obs: 34979 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3ZT3 解像度: 1.8→31.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.999 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.239 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.33 Å
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拘束条件 |
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