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万見
- PDB-3wxc: Crystal Structure of IMP-1 metallo-beta-lactamase complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wxc
タイトルCrystal Structure of IMP-1 metallo-beta-lactamase complexed with a 3-aminophtalic acid inhibitor
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / lactamase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase ...Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C93 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Saito, J. / Watanabe, T. / Yamada, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: X-ray crystallographic analysis of IMP-1 metallo-beta-lactamase complexed with a 3-aminophthalic acid derivative, structure-based drug design, and synthesis of 3,6-disubstituted ...タイトル: X-ray crystallographic analysis of IMP-1 metallo-beta-lactamase complexed with a 3-aminophthalic acid derivative, structure-based drug design, and synthesis of 3,6-disubstituted phthalic acid derivative inhibitors
著者: Hiraiwa, Y. / Saito, J. / Watanabe, T. / Yamada, M. / Morinaka, A. / Fukushima, T. / Kudo, T.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8628
ポリマ－49,0702
非ポリマー7926
水91951
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9314
ポリマ－24,5351
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9314
ポリマ－24,5351
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.994, 52.795, 198.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Beta-lactamase IMP-1 / Bla-imp protein / Extended-spectrum B-lactamase / IMP-1 class B beta- ...Beta-lactamase IMP-1 / Bla-imp protein / Extended-spectrum B-lactamase / IMP-1 class B beta-lactamase / IMP-1 class B metallo-beta-lactamase / IMP-1 metallo-beta-lactmase / Metallo beta lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase IMP-1


分子量: 24535.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaIMP-1, bla IMP, bla-imp, blaESP, imp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79MP6, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-C93 / 3-(4-hydroxypiperidin-1-yl)benzene-1,2-dicarboxylic acid / 3-(4-hydroxypiperidine-1-yl) phthalic acid


分子量: 265.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 24% PEG MME 2000, 0.2M ammonium sulfate, 2mM Dithiothreitol, 0.1M sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.94 Å / Num. obs: 31542 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.55 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 6.01 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3101 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Unpublished data

解像度: 2.1→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 6.484 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27181 1511 4.8 %RANDOM
Rwork0.23262 ---
obs0.23454 29866 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.019 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3388 0 42 51 3481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1381.9744776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7735431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7925.072138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.31815597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.677156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4841.52145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92623466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2431371
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1584.51310
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 107 -
Rwork0.349 2150 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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