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- PDB-3wtq: Crystal structure of VDR-LBD complexed with 22S-butyl-2-methylide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wtq
タイトルCrystal structure of VDR-LBD complexed with 22S-butyl-2-methylidene-19-nor-1a,25-dihydroxyvitamin D3
要素
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Vitamin D3 / VDRE / RXR / co-factors
機能・相同性
機能・相同性情報


enucleate erythrocyte development / negative regulation of bone trabecula formation / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / mammary gland branching involved in thelarche / SUMOylation of intracellular receptors ...enucleate erythrocyte development / negative regulation of bone trabecula formation / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / mammary gland branching involved in thelarche / SUMOylation of intracellular receptors / G0 to G1 transition / thyroid hormone receptor signaling pathway / Nuclear Receptor transcription pathway / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / dense fibrillar component / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of parathyroid hormone secretion / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to vitamin D / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / vitamin D binding / calcitriol binding / vitamin D response element binding / lithocholic acid binding / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / thyroid hormone generation / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / positive regulation of keratinocyte differentiation / Generic Transcription Pathway / embryonic heart tube development / negative regulation of ossification / cellular response to thyroid hormone stimulus / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of hepatocyte proliferation / embryonic hindlimb morphogenesis / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / intestinal absorption / bile acid signaling pathway / lens development in camera-type eye / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / embryonic hemopoiesis / nuclear thyroid hormone receptor binding / megakaryocyte development / histone acetyltransferase binding / cellular response to steroid hormone stimulus / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / response to aldosterone / RSV-host interactions / LBD domain binding / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / regulation of calcium ion transport / monocyte differentiation / decidualization / general transcription initiation factor binding / negative regulation of neuron differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / embryonic placenta development / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / animal organ regeneration / erythrocyte development / heterochromatin / nuclear retinoid X receptor binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ubiquitin ligase complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / T-tubule / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / positive regulation of erythrocyte differentiation / nuclear receptor coactivator activity / liver development / skeletal system development / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / animal organ morphogenesis / Heme signaling / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / cell morphogenesis / brain development
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YS9 / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nakabayashi, M. / Inaba, Y. / Itoh, T. / Anami, Y. / Ikura, T. / Ito, N. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of VDR-LBD complexed with 22S-butyl-2-methylidene-19-nor-1a,25-dihydroxyvitamin D3
著者: Nakabayashi, M. / Inaba, Y. / Itoh, T. / Anami, Y. / Ikura, T. / Ito, N. / Yamamoto, K.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6393
ポリマ－32,1662
非ポリマー4731
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.286, 43.851, 42.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain, UNP residues 116-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 断片: DRIP205 NR2 BOX peptide, UNP residues 640-652 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: 化合物 ChemComp-YS9 / (1R,3R,7E,17beta)-17-[(2R,3S)-3-butyl-6-hydroxy-6-methylheptan-2-yl]-2-methylidene-9,10-secoestra-5,7-diene-1,3-diol / (22S)-1α,25-ジヒドロキシ-2-メチレン-22-ブチル-19-ノルコレカルシフェロ-ル


分子量: 472.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H52O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MOPS-Na, Na-Formate, PEG 4000, Ethyleneglycol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16456 / % possible obs: 99.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→38.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 15.493 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 827 5.1 %RANDOM
Rwork0.2319 ---
obs0.23408 15502 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.341 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.03 Å20 Å2-1 Å2
2--5.57 Å20 Å2
3----2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1997 0 34 22 2053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192187
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9992967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.58234936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0045263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.5324.30193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.99815388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.761511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 66 -
Rwork0.337 1121 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2523-0.2359-0.14370.0685-0.00840.20560.1331-0.0065-0.0606-0.0039-0.04350.0095-0.09670.0169-0.08960.2146-0.0182-0.00330.1034-0.01340.180718.8128-1.183219.501
28.0313.4679-4.73312.2458-3.34095.0489-0.19410.2439-0.4693-0.1867-0.2035-0.24380.30430.35420.39760.0781-0.00040.0640.2609-0.16140.24396.3612-12.721511.2188
30.6201-0.17150.06410.0745-0.12270.45850.09870.03820.0096-0.0057-0.0211-0.005-0.05090.0108-0.07760.2212-0.01250.01490.0595-0.01380.241215.07910.707817.5005
40.4904-0.08910.96873.93741.32552.49970.26530.07040.2561-0.0119-0.6439-0.3730.5198-0.06610.37860.1881-0.03810.13760.22830.08710.160912.73481.973825.506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A123 - 420
2X-RAY DIFFRACTION2C625 - 635
3X-RAY DIFFRACTION3A601 - 622
4X-RAY DIFFRACTION4A501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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