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万見
- PDB-3wf7: Crystal structure of S6K1 kinase domain in complex with a purine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wf7
タイトルCrystal structure of S6K1 kinase domain in complex with a purine derivative 1-(9H-purin-6-yl)-N-[3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidine-4-carboxamide
要素Ribosomal protein S6 kinase beta-1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE DOMAIN / TRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / ATP-BINDING / ZINC-BINDING / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid import into cell / negative regulation of TORC2 signaling / cellular response to nutrient / TORC1 signaling / phosphatidylinositol-mediated signaling / germ cell development / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of translational initiation / cellular response to dexamethasone stimulus ...long-chain fatty acid import into cell / negative regulation of TORC2 signaling / cellular response to nutrient / TORC1 signaling / phosphatidylinositol-mediated signaling / germ cell development / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of translational initiation / cellular response to dexamethasone stimulus / behavioral fear response / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of translation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to nutrient levels / G1/S transition of mitotic cell cycle / modulation of chemical synaptic transmission / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to type II interferon / cellular response to insulin stimulus / mitochondrial outer membrane / neuron projection / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Ribosomal protein S6 kinase / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FS9 / Ribosomal protein S6 kinase beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Niwa, H. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the S6K1 kinase domain in complexes with inhibitors
著者: Niwa, H. / Mikuni, J. / Sasaki, S. / Tomabechi, Y. / Honda, K. / Ikeda, M. / Ohsawa, N. / Wakiyama, M. / Handa, N. / Shirouzu, M. / Honma, T. / Tanaka, A. / Yokoyama, S.
履歴
登録2013年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年10月29日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7274
ポリマ－37,1791
非ポリマー5483
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.438, 69.438, 145.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase beta-1 / S6K-beta-1 / S6K1 / 70 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / Ribosomal protein S6 kinase I / ...S6K-beta-1 / S6K1 / 70 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / Ribosomal protein S6 kinase I / Serine/threonine-protein kinase 14A / p70 ribosomal S6 kinase alpha


分子量: 37178.816 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 78-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23443, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FS9 / 1-(9H-purin-6-yl)-N-[3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidine-4-carboxamide


分子量: 390.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17F3N6O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 3.7-3.9M sodium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 31350 / Num. obs: 31350 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1539 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→49.1 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 2919 5.02 %RANDOM
Rwork0.1731 31266 --
obs0.1755 31266 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.22 Å2 / Biso mean: 43.3488 Å2 / Biso min: 18.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2300 0 35 226 2561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9673235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.948919
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8497-1.880.32871290.300426372766
1.88-1.91240.27311480.272726152763
1.9124-1.94720.27961470.24525902737
1.9472-1.98470.31011480.234726622810
1.9847-2.02520.23221380.219326002738
2.0252-2.06920.25041040.205726852789
2.0692-2.11740.22071650.196425942759
2.1174-2.17030.22471310.181226622793
2.1703-2.2290.22351220.181726222744
2.229-2.29460.22751640.176625852749
2.2946-2.36860.21461290.17126392768
2.3686-2.45330.20381670.168526082775
2.4533-2.55150.22941420.177626142756
2.5515-2.66760.24681480.17726352783
2.6676-2.80830.19361410.17426182759
2.8083-2.98420.23181630.183626172780
2.9842-3.21460.28341270.187326292756
3.2146-3.5380.22661290.168626312760
3.538-4.04970.20021250.133926522777
4.0497-5.10140.17751390.138826142753
5.1014-49.11740.24581130.182326662779
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.177-0.39090.64273.97941.06943.83260.06490.57510.2762-0.6938-0.12070.0304-0.68670.04430.05080.32850.02140.00780.33940.03060.24314.3748-5.95659.7449
22.6341-1.0057-1.1172.190.97535.1860.0051-0.06850.1817-0.0314-0.0215-0.0173-0.01450.15150.04620.215-0.0199-0.03270.1529-0.04980.201215.0202-27.86923.2354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 83:179 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 180:374 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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