[日本語] English
万見
- PDB-3wd9: Crystal structure of phosphodiesterase 4B in complex with compound 10f -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wd9
タイトルCrystal structure of phosphodiesterase 4B in complex with compound 10f
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / phosphodiesterase / COPD / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration ...negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / gamma-tubulin complex / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / neutrophil homeostasis / gamma-tubulin binding / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / leukocyte migration / cAMP catabolic process / excitatory synapse / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel regulator activity / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-2 production / Z disc / positive regulation of type II interferon production / synaptic vesicle / cellular response to xenobiotic stimulus / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / centrosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QPC / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Takahashi, M. / Hanzawa, H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Synthesis and biological evaluation of 5-carbamoyl-2-phenylpyrimidine derivatives as novel and potent PDE4 inhibitors
著者: Goto, T. / Shiina, A. / Yoshino, T. / Mizukami, K. / Hirahara, K. / Suzuki, O. / Sogawa, Y. / Takahashi, T. / Mikkaichi, T. / Nakao, N. / Takahashi, M. / Hasegawa, M. / Sasaki, S.
履歴
登録2013年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7518
ポリマ－86,7052
非ポリマー1,0466
水6,143341
1
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8764
ポリマ－43,3531
非ポリマー5233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8764
ポリマ－43,3531
非ポリマー5233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.305, 157.376, 58.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4B / DPDE4 / PDE32


分子量: 43352.656 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 324-700 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPDE4, PDE4B / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q07343, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-QPC / 4-[(4-{2-[(2,2-dimethylpropyl)amino]-2-oxoethyl}phenyl)amino]-2-phenylpyrimidine-5-carboxamide / N-ネオペンチル-2-[4-(2-フェニル-5-カルバモイルピリミジン-4-イルアミノ)フェニル]アセトアミド


分子量: 417.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N5O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 % / Mosaicity: 2.208 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10-20% PEG 3350, 0.2-0.4M CaCl2, 0.1M Tris/HCl (pH8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 24214 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.218 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5950.4923581.096191.1
2.59-2.6950.39623591.105190.3
2.69-2.8250.3123691.112190.9
2.82-2.964.90.24623681.094190.6
2.96-3.1550.18323921.141190.5
3.15-3.3950.12423661.175190.2
3.39-3.734.90.08924161.315191.4
3.73-4.274.80.07324301.386190.9
4.27-5.384.80.06124741.39191.6
5.38-504.70.0626821.361193.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W5E

3w5e


解像度: 2.5→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.157 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2672 2400 10 %RANDOM
Rwork0.1736 ---
obs0.1828 24004 90.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.16 Å2 / Biso mean: 52.0324 Å2 / Biso min: 27.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5584 0 66 341 5991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.025766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.9537814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4495686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.1525.034290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.744151018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0391526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024432
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 180 -
Rwork0.242 1383 -
all-1563 -
obs--88.21 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る