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- PDB-3vtm: Structure of heme transport protein IsdH-NEAT3 from S. aureus in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vtm
タイトルStructure of heme transport protein IsdH-NEAT3 from S. aureus in complex with Indium-porphyrin
要素Iron-regulated surface determinant protein H
キーワードHEME-BINDING PROTEIN / Indium / metalloporphyrin / metal selectivity / NEAT domain / Heme binding / Heme transport / Hemin / PPIX / cell wall
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron-regulated surface determinant protein H / Immunoglobulin-like - #1850 / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : ...Iron-regulated surface determinant protein H / Immunoglobulin-like - #1850 / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING INDIUM / Iron-regulated surface determinant protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Vu, N.T. / Caaveiro, J.M.M. / Moriwaki, Y. / Tsumoto, K.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Selective binding of antimicrobial porphyrins to the heme-receptor IsdH-NEAT3 of Staphylococcus aureus
著者: Vu, N.T. / Moriwaki, Y. / Caaveiro, J.M.M. / Terada, T. / Tsutsumi, H. / Hamachi, I. / Shimizu, K. / Tsumoto, K.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of recognition of antibacterial porphyrins by heme-transporter IsdH-NEAT3 of Staphylococcus aureus.
著者: Moriwaki, Y. / Caaveiro, J.M. / Tanaka, Y. / Tsutsumi, H. / Hamachi, I. / Tsumoto, K.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for multimeric heme complexation through a specific protein-heme interaction: the case of the third neat domain of IsdH from Staphylococcus aureus.
著者: Watanabe, M. / Tanaka, Y. / Suenaga, A. / Kuroda, M. / Yao, M. / Watanabe, N. / Arisaka, F. / Ohta, T. / Tanaka, I. / Tsumoto, K.
履歴
登録2012年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02026年8月12日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag ..._chem_comp.formula / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.value_order
解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated surface determinant protein H
B: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5426
ポリマ－26,0072
非ポリマー1,5354
水32418
1
A: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7713
ポリマ－13,0041
非ポリマー7682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7713
ポリマ－13,0041
非ポリマー7682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.460, 71.010, 75.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein H / Haptoglobin receptor A / Staphylococcus aureus surface protein I


分子量: 13003.636 Da / 分子数: 2 / 断片: NEAT domain, UNP RESIDUES 543-655 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: strain Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: harA, isdH, IsdH-NEAT3, sasI, SAV1731 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q931P4
#2: 化合物 ChemComp-3ZZ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING INDIUM


分子量: 675.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32InN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 % / Mosaicity: 1.02 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG-MME 3500, Sodium Iodide 0.2M, Potassium iodide 0.2M, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→51.822 Å / Num. all: 6932 / Num. obs: 6932 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.954.80.4670.4161.7481010000.2080.4670.4163.899.8
2.95-3.134.80.3610.3212.245279350.1610.3610.3214.699.8
3.13-3.354.80.2650.236342848840.1170.2650.2366.199.8
3.35-3.624.80.1960.175439538240.0870.1960.1757.799.7
3.62-3.964.80.1550.138536737680.0690.1550.138999.7
3.96-4.434.80.1180.1056.433497020.0510.1180.10510.699.7
4.43-5.114.80.0890.087.729356150.0380.0890.081299.2
5.11-6.264.60.0910.0817.824735360.0390.0910.08111.699.5
6.26-8.854.50.0670.0599.618944220.0290.0670.05912.198.7
8.85-41.4224.10.0490.0428.410092460.0240.0490.0421596.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å41.42 Å
Translation2.8 Å41.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QUG

3qug


解像度: 2.8→51.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / WRfactor Rfree: 0.2688 / WRfactor Rwork: 0.2039 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7031 / SU B: 20.159 / SU ML: 0.403 / SU Rfree: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2923 328 4.7 %RANDOM
Rwork0.2267 ---
all0.2298 6917 --
obs0.2298 6917 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.73 Å2 / Biso mean: 31.5934 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.86 Å20 Å20 Å2
2--5.96 Å20 Å2
3----4.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→51.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1835 0 98 18 1951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7772.082720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3385224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20125.31994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.85315324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.801156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211512
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.494 21 -
Rwork0.303 422 -
all-443 -
obs-422 99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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