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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vtm | ||||||
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タイトル | Structure of heme transport protein IsdH-NEAT3 from S. aureus in complex with Indium-porphyrin | ||||||
要素 | Iron-regulated surface determinant protein H | ||||||
キーワード | HEME-BINDING PROTEIN / Indium / metalloporphyrin / metal selectivity / NEAT domain / Heme binding / Heme transport / Hemin / PPIX / cell wall | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Vu, N.T. / Caaveiro, J.M.M. / Moriwaki, Y. / Tsumoto, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013 タイトル: Selective binding of antimicrobial porphyrins to the heme-receptor IsdH-NEAT3 of Staphylococcus aureus 著者: Vu, N.T. / Moriwaki, Y. / Caaveiro, J.M.M. / Terada, T. / Tsutsumi, H. / Hamachi, I. / Shimizu, K. / Tsumoto, K. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: Molecular basis of recognition of antibacterial porphyrins by heme-transporter IsdH-NEAT3 of Staphylococcus aureus. 著者: Moriwaki, Y. / Caaveiro, J.M. / Tanaka, Y. / Tsutsumi, H. / Hamachi, I. / Tsumoto, K. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structural basis for multimeric heme complexation through a specific protein-heme interaction: the case of the third neat domain of IsdH from Staphylococcus aureus. 著者: Watanabe, M. / Tanaka, Y. / Suenaga, A. / Kuroda, M. / Yao, M. / Watanabe, N. / Arisaka, F. / Ohta, T. / Tanaka, I. / Tsumoto, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vtm.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vtm.ent.gz | 45.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vtm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/3vtm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/3vtm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3qugS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13003.636 Da / 分子数: 2 / 断片: NEAT domain, UNP RESIDUES 543-655 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: strain Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: harA, isdH, IsdH-NEAT3, sasI, SAV1731 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q931P4 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 % / Mosaicity: 1.02 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: PEG-MME 3500, Sodium Iodide 0.2M, Potassium iodide 0.2M, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月23日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→51.822 Å / Num. all: 6932 / Num. obs: 6932 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 8.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QUG 解像度: 2.8→51.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / WRfactor Rfree: 0.2688 / WRfactor Rwork: 0.2039 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7031 / SU B: 20.159 / SU ML: 0.403 / SU Rfree: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.73 Å2 / Biso mean: 31.5934 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→51.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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