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万見
- PDB-3vhk: Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vhk
タイトルCrystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a back pocket binder
要素Vascular endothelial growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE / vegfr2 / kinase domain / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nitric oxide-cGMP mediated signal transduction / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / cellular response to hydrogen sulfide / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / endothelium development / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization ...positive regulation of nitric oxide-cGMP mediated signal transduction / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / cellular response to hydrogen sulfide / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / endothelium development / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endocardium development / vascular wound healing / endothelial cell differentiation / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / lymph vessel development / mesenchymal cell proliferation / positive regulation of vasculogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / epithelial cell maturation / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / anchoring junction / embryonic hemopoiesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / lung alveolus development / positive regulation of mitochondrial fission / branching involved in blood vessel morphogenesis / growth factor binding / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of stem cell proliferation / sorting endosome / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of MAPK cascade / positive regulation of macroautophagy / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cell fate commitment / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Integrin cell surface interactions / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / vasculogenesis / calcium ion homeostasis / coreceptor activity / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / positive regulation of endothelial cell migration / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / VEGFR2 mediated cell proliferation / epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / Hsp90 protein binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor protein-tyrosine kinase / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / cell junction / cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / cadherin binding / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. ...Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BPK / Vascular endothelial growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Iwata, H. / Oki, H. / Okada, K. / Takagi, T. / Tawada, M. / Miyazaki, Y. / Imamura, S. / Hori, A. / Hixon, M.S. / Kimura, H. / Miki, H.
引用ジャーナル: ACS MED.CHEM.LETT. / 年: 2012
タイトル: A Back-to-Front Fragment-Based Drug Design Search Strategy Targeting the DFG-Out Pocket of Protein Tyrosine Kinases.
著者: Iwata, H. / Oki, H. / Okada, K. / Takagi, T. / Tawada, M. / Miyazaki, Y. / Imamura, S. / Hori, A. / Lawson, J.D. / Hixon, M.S. / Kimura, H. / Miki, H.
履歴
登録2011年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1623
ポリマ－41,8051
非ポリマー3572
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.719, 56.354, 51.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor receptor 2 / VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / Protein-tyrosine kinase ...VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / Protein-tyrosine kinase receptor flk-1


分子量: 41804.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 806-1171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDR, FLK1 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-BPK / {3-[(5-methyl-2-phenyl-1,3-oxazol-4-yl)methoxy]phenyl}methanol


分子量: 295.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17NO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 % / Mosaicity: 0.3 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM HEPES, 880-1440mM tri-sodium citrate, pH 7.0-8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→67.57 Å / Num. obs: 13639 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.4 / Scaling rejects: 514
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
2.49-2.583.680.3773.1474212880.86193.7
2.58-2.693.780.3493.3514213590.915100
2.69-2.813.780.2933.9517413690.963100
2.81-2.963.780.2274.5522313800.94799.9
2.96-3.143.770.1795.7509513500.9510100
3.14-3.383.760.127.8519713790.9917100
3.38-3.723.740.08411.6518413781.032599.9
3.72-4.263.740.05418.9522013821.024999.6
4.26-5.373.710.04225.5519113771.088199.7
5.37-37.353.540.03430.5518713771.1431696.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å21.63 Å
Translation3 Å21.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
d*TREK8.0SSIデータ削減
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→37.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.251 / WRfactor Rwork: 0.196 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 21.393 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2621 681 5 %RANDOM
Rwork0.2068 ---
obs0.2096 13619 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.8 Å2 / Biso mean: 73.172 Å2 / Biso min: 8.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å2-0.7 Å2
2---2.14 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→37.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 0 26 42 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9231.9753344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9225294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.82122.768112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89115437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1221520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1660.21015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21680
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0930.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.921531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.12332381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.75941091
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6776963
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.494-2.5590.3380.247894101991.462
2.559-2.6290.345530.266933986100
2.629-2.7050.378470.278917964100
2.705-2.7880.336460.274852898100
2.788-2.8790.317480.26987892799.892
2.879-2.980.319440.264811855100
2.98-3.0920.368440.25819863100
3.092-3.2180.213430.226761804100
3.218-3.3610.353410.215739780100
3.361-3.5240.261310.206715746100
3.524-3.7150.291370.19367671499.86
3.715-3.9390.215260.19463766699.55
3.939-4.210.245240.18560563099.841
4.21-4.5460.189290.17657660899.507
4.546-4.9780.222330.17449953399.812
4.978-5.5610.267210.17348350599.802
5.561-6.4140.246280.21341344299.774
6.414-7.8380.267220.20735237799.204
7.838-11.0110.138140.14827930097.667
11.011-67.5740.324120.2629917563.429
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47940.65390.81262.94070.89332.9216-0.0916-0.05540.1007-0.14240.12640.21410.1530.1321-0.03490.09120.03610.01990.0310.01480.0992-33.62526.668.61
22.62080.29940.96632.24530.37791.4570.0635-0.1440.01240.2657-0.0364-0.04450.28830.0986-0.02710.12460.02910.01650.0590.00990.0635-19.11329.45828.487
315.4673-5.9839-4.58375.33165.95787.16310.4148-0.7293-1.59210.7015-0.3633-0.23030.28810.316-0.05150.37580.1301-0.1784-0.02160.30060.3126-11.51512.53236.693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A814 - 920
2X-RAY DIFFRACTION2A921 - 1107
3X-RAY DIFFRACTION2A1124 - 1168
4X-RAY DIFFRACTION3A1108 - 1123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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