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- PDB-3veh: Structure of a M. tuberculosis salicylate synthase, MbtI, in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3veh
タイトルStructure of a M. tuberculosis salicylate synthase, MbtI, in complex with an inhibitor methylAMT
要素Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
キーワードlyase / isomerase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / salicylate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / iron acquisition from host / isochorismate synthase / oxo-acid-lyase activity / isochorismate synthase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase ...isochorismate lyase / isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process / iron acquisition from host / isochorismate synthase / oxo-acid-lyase activity / isochorismate synthase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / chorismate mutase / chorismate mutase activity / L-tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Salicylate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0GA / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOCYANATE ION / Salicylate synthase / Salicylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bulloch, E.M. / Chi, G. / Manos-Turvey, A. / Johnston, J.M. / Baker, E.N. / Payne, R.J. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Implications of binding mode and active site flexibility for inhibitor potency against the salicylate synthase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Chi, G. / Manos-Turvey, A. / O'Connor, P.D. / Johnston, J.M. / Evans, G.L. / Baker, E.N. / Payne, R.J. / Lott, J.S. / Bulloch, E.M.
履歴
登録2012年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
B: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
C: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
D: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,09519
ポリマ－195,3094
非ポリマー1,78615
水17,673981
1
A: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2164
ポリマ－48,8271
非ポリマー3883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2555
ポリマ－48,8271
非ポリマー4274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5207
ポリマ－48,8271
非ポリマー6936
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1053
ポリマ－48,8271
非ポリマー2772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.674, 115.955, 94.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isochorismate synthase/isochorismate-pyruvate lyase mbtI / Mycobactin synthase protein I / Salicylate synthase mbtI


分子量: 48827.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mbtI, trpE2, Rv2386c, MT2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7D785, UniProt: P9WFX1*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離, isochorismate synthase

-
非ポリマー , 6種, 996分子

#2: 化合物
ChemComp-0GA / 3-{[(1Z)-1-carboxyprop-1-en-1-yl]oxy}-2-hydroxybenzoic acid


分子量: 238.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O6
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8
詳細: 15% PEG 4000, 0.2 M potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9543
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9543 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 127664 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.134
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Rsym value: 0.594 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.144 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 6405 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.178 121106 99.7 %-
all-121077 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0 Å2-0.28 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13410 0 117 981 14508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01913782
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1061.9818702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81651768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20222.052614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.37152224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.01115178
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.22137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02110570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2271.58765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.087214051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37135017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3664.54644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 471 -
Rwork0.23 8733 -
obs--98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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