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万見
- PDB-3vdr: Crystal structure of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase, prepared ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vdr
タイトルCrystal structure of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase, prepared in the presence of the substrate D-3-hydroxybutyrate and NAD(+)
要素D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD DEPENDENT ENZYMES / KETONE BODIES
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybutyrate dehydrogenase / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3-hydroxybutyrate dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-3-hydroxybutanoic acid / ACETOACETIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-hydroxybutyrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hoque, M.M. / Shimizu, S. / Juan, E.C.M. / Sato, Y. / Hossain, M.T. / Yamamoto, T. / Imamura, S. / Amano, H. / Suzuki, K. / Sekiguchi, T. ...Hoque, M.M. / Shimizu, S. / Juan, E.C.M. / Sato, Y. / Hossain, M.T. / Yamamoto, T. / Imamura, S. / Amano, H. / Suzuki, K. / Sekiguchi, T. / Tsunoda, M. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase prepared in the presence of the substrate D-3-hydroxybutyrate and NAD+.
著者: Hoque, M.M. / Shimizu, S. / Juan, E.C.M. / Sato, Y. / Hossain, M.T. / Yamamoto, T. / Imamura, S. / Suzuki, K. / Amano, H. / Sekiguchi, T. / Tsunoda, M. / Takenaka, A.
履歴
登録2012年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2012年2月8日ID: 3EEW
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase
B: D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase
C: D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase
D: D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,80325
ポリマ－108,4764
非ポリマー6,32721
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21870 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area32820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.100, 91.100, 262.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase


分子量: 27118.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alcaligenes faecalis (バクテリア) / 参照: UniProt: D0VWQ0, 3-hydroxybutyrate dehydrogenase

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非ポリマー , 7種, 265分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#6: 化合物
ChemComp-3HR / (3R)-3-hydroxybutanoic acid / (R)-3-ヒドロキシ酪酸


分子量: 104.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O3
#7: 化合物
ChemComp-AAE / ACETOACETIC ACID / アセト酢酸


分子量: 102.089 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細NAI AND NAD ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. AAE AND 3HR ARE IN ALTERNATE ...NAI AND NAD ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. AAE AND 3HR ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG, 5MM NAD+, 200MM 3-HYDROXYBUTYRATE SODIUM SALT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月26日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 20947 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 9.48 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YZ7

2yz7


解像度: 3→43 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2414 2062 -RANDOM
Rwork0.1761 ---
all-20936 --
obs-18874 91 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.491 Å20 Å20 Å2
2---0.491 Å20 Å2
3---0.981 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7624 0 413 244 8281
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / % reflection obs: 94.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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