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万見
- PDB-3v51: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v51
タイトルCalcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with inhibitor RM-1-176
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / calcium-binding / ATP-binding / bumped kinase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I76 / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Larson, E.T.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple Determinants for Selective Inhibition of Apicomplexan Calcium-Dependent Protein Kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J. / Merritt, E.A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors
著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L.M.J. / Buckner, F.S. / Parsons, M. / Hol, W.G.J. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C.
#2: ジャーナル: ACS Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Discovery of potent and selective inhibitors of Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (CDPK1) from C. parvum and T. gondii
著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G.K. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N. / Verlinde, C.L.M.J. / Nakazawa, S.H. / Hol, W.G. ...著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G.K. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N. / Verlinde, C.L.M.J. / Nakazawa, S.H. / Hol, W.G.J. / Buckner, F.S. / Napuli, A.J. / White, C.A. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6712
ポリマ－55,2271
非ポリマー4441
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.317, 72.619, 67.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative


分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-29 were replaced with a cleavable His-tag plus linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: AAG53993, CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-I76 / 3-{6-[(3-chlorobenzyl)oxy]naphthalen-2-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 443.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22ClN5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24% PEG 3350, 0.250 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM RM-1-176, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月10日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.948→39.398 Å / Num. all: 32294 / Num. obs: 32294 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.95-2.0540.6731.11769544660.67393
2.05-2.184.30.4051.91939545080.40598.8
2.18-2.334.10.2792.71712741540.27997.5
2.33-2.514.30.1794.21719539630.17999.2
2.51-2.754.20.1236.11530736220.12398.6
2.75-3.084.20.07410.11359832550.07497.9
3.08-3.564.20.04714.81227329270.04798.6
3.56-4.364.20.03419.51010924330.03497.8
4.36-6.164.10.03119.6771218990.03197.7
6.16-39.3984.10.02621.4433810670.02697.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→37.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2183 / WRfactor Rwork: 0.1829 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8451 / SU B: 8.713 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / SU Rfree: 0.1645 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 1664 5.2 %RANDOM
Rwork0.1965 ---
obs0.1985 32270 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.3 Å2 / Biso mean: 36.7158 Å2 / Biso min: 13.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20.74 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3654 0 32 76 3762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.9795071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8443.0016291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0885462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9324.857175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33815710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7191520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02743
LS精密化 シェル解像度: 1.948→1.998 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 108 -
Rwork0.34 1963 -
all-2071 -
obs--86.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9552-0.92251.13132.0808-0.72642.8661-0.1171-0.07040.16090.3320.0197-0.2081-0.31470.02410.09740.07940.0026-0.05350.0418-0.01160.157511.89316.26673.286
20.7599-0.41620.60981.2355-0.77592.8713-0.01040.01570.0224-0.0118-0.0778-0.15210.1030.14780.08810.00830.0043-0.01940.069100.19029.05414.00458.238
31.7053-0.3517-0.06422.54170.5091.85380.09590.14620.0937-0.3966-0.0587-0.19970.01850.1494-0.03730.0780.0252-0.00250.10720.00320.14877.59921.22940.538
40.52290.09861.030.72070.673411.9246-0.146-0.10620.00810.27210.2179-0.1382-0.3817-0.2592-0.07190.18820.1255-0.06890.198-0.00810.303125.07134.73676.003
57.8164-2.2142.96277.4816-2.53446.0211-0.01240.1424-0.4068-0.29150.34320.76410.279-0.4253-0.33080.1363-0.0134-0.13650.16420.03730.32425.59323.41885.137
61.1435-1.22552.49871.3373-3.027913.39440.23930.25170.3364-0.2317-0.3413-0.36330.06980.80710.1020.47870.0663-0.09630.3630.07730.465733.79529.13980.538
76.1823-1.8772-1.41931.51250.91133.2233-0.00880.17230.22730.08550.04670.0799-0.2122-0.0135-0.03790.0412-0.0013-0.01950.09330.01220.253330.15338.19453.225
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A43 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3A215 - 334
4X-RAY DIFFRACTION4A335 - 375
5X-RAY DIFFRACTION5A376 - 413
6X-RAY DIFFRACTION6A414 - 442
7X-RAY DIFFRACTION7A443 - 507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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