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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ugl | ||||||
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タイトル | Structural and functional characterization of an anesthetic binding site in the second cysteine-rich domain of protein kinase C delta | ||||||
要素 | Proteine kinase C delta type | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Proteine kinase C delta / PHOSPHOTRANSFERASE / Anesthetic binding site | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DAG and IP3 signaling / positive regulation of glucosylceramide catabolic process / positive regulation of sphingomyelin catabolic process / VEGFR2 mediated cell proliferation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / regulation of ceramide biosynthetic process / SHC1 events in ERBB2 signaling / Effects of PIP2 hydrolysis / Interferon gamma signaling ...DAG and IP3 signaling / positive regulation of glucosylceramide catabolic process / positive regulation of sphingomyelin catabolic process / VEGFR2 mediated cell proliferation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / regulation of ceramide biosynthetic process / SHC1 events in ERBB2 signaling / Effects of PIP2 hydrolysis / Interferon gamma signaling / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / Calmodulin induced events / TIR domain binding / endolysosome / positive regulation of ceramide biosynthetic process / Role of phospholipids in phagocytosis / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / termination of signal transduction / negative regulation of filopodium assembly / protein kinase C / cellular response to hydroperoxide / D-aspartate import across plasma membrane / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / CLEC7A (Dectin-1) signaling / negative regulation of glial cell apoptotic process / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / collagen metabolic process / negative regulation of actin filament polymerization / neutrophil activation / negative regulation of platelet aggregation / regulation of phosphorylation / cellular response to angiotensin / postsynaptic cytosol / B cell proliferation / insulin receptor substrate binding / immunoglobulin mediated immune response / : / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / enzyme activator activity / Neutrophil degranulation / cell chemotaxis / post-translational protein modification / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of D-glucose import / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / nuclear matrix / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / cellular response to UV / cell-cell junction / cellular response to oxidative stress / peptidyl-serine phosphorylation / response to oxidative stress / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / mitochondrion / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.357 Å | ||||||
データ登録者 | Shanmugasundararaj, S. / Stehle, T. / Miller, K.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2012 タイトル: Structural and Functional Characterization of an Anesthetic Binding Site in the Second Cysteine-Rich Domain of Protein Kinase Cdelta 著者: Shanmugasundararaj, S. / Das, J. / Sandberg, W.S. / Zhou, X. / Wang, D. / Messing, R.O. / Bruzik, K.S. / Stehle, T. / Miller, K.W. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995 タイトル: Crystal structure of the cys2 activator binding domain of protein kinase C delta in complex with phorbol ester 著者: Zhang, G. / Kazanietz, M.G. / Blumberg, P.M. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ugl.cif.gz | 77.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ugl.ent.gz | 56.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ugl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ugl_validation.pdf.gz | 458.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ugl_full_validation.pdf.gz | 460.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ugl_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ugl_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ugl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/3ugl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7376.554 Da / 分子数: 2 / 断片: C1B Subdomain of PKC delta, UNP residues 231-280 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkcd, Pkcd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28867, protein kinase C #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 20% PEG 3350 in 0.2 M ammonium sulfate and 25 mM HEPES pH 7.2. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月27日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CULT MONOCHROMATER プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→10 Å / Num. all: 30362 / Num. obs: 28279 / % possible obs: 92.51 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PTQ 解像度: 1.357→9.986 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.422 Å2 / ksol: 0.546 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.357→9.986 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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