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- PDB-3u15: Structure of hDMX with Dimer Inducing Indolyl Hydantoin RO-2443 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u15
タイトルStructure of hDMX with Dimer Inducing Indolyl Hydantoin RO-2443
要素Protein Mdm4
キーワードPROTEIN BINDING / cell cycle / ubiquitin ligase / MDM2 / MDMX / p53
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-03M / Protein Mdm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lukacs, C.M. / Janson, C.A. / Graves, B.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Activation of the p53 pathway by small-molecule-induced MDM2 and MDMX dimerization.
著者: Graves, B. / Thompson, T. / Xia, M. / Janson, C. / Lukacs, C. / Deo, D. / Di Lello, P. / Fry, D. / Garvie, C. / Huang, K.S. / Gao, L. / Tovar, C. / Lovey, A. / Wanner, J. / Vassilev, L.T.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22012年8月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Mdm4
B: Protein Mdm4
C: Protein Mdm4
D: Protein Mdm4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,54710
ポリマ－44,7484
非ポリマー1,7996
水2,684149
1
A: Protein Mdm4
B: Protein Mdm4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2745
ポリマ－22,3742
非ポリマー9003
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
2
C: Protein Mdm4
D: Protein Mdm4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2745
ポリマ－22,3742
非ポリマー9003
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.031, 73.031, 68.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4


分子量: 11186.985 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 14-111 / 変異: C17S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15151
#2: 化合物
ChemComp-03M / (5Z)-5-[(6-chloro-7-methyl-1H-indol-3-yl)methylidene]-3-(3,4-difluorobenzyl)imidazolidine-2,4-dione / RO-2443


分子量: 401.794 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14ClF2N3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4-2.0M ammonium sulfate 1.4-2.0M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.256
11-K, -H, -L20.249
11-h,-k,l30.247
11K, H, -L40.248
反射解像度: 1.75→36.5 Å / Num. obs: 41300 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.65 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.75-1.815.660.4013.841551100
1.81-1.895.680.3534.141261100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FEA

3fea


解像度: 1.8→36.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.58 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23766 1951 5.1 %RANDOM
Rwork0.18403 ---
obs0.1868 35945 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.507 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 0 122 149 2896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6852.0513802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.6765323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.52124.667120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.30515515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.231512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 114 -
Rwork0.185 2653 -
obs-2653 98.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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