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- PDB-3u0x: Crystal structure of the B-specific-1,3-galactosyltransferase (GT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u0x
タイトルCrystal structure of the B-specific-1,3-galactosyltransferase (GTB) in complex with compound 382
要素Histo-blood group ABO system transferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ROSSMANN FOLD / OPEN CONFORMATION / GLYCOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE GTB / ABO / BLOOD GROUP ANTIGEN / GLYCOPROTEIN / METAL-BINDING / MANGANESE / UDP-GAL / H-ANTIGEN ACCEPTOR / MEMBRANE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(3-phenyl-1,2,4-thiadiazol-5-yl)piperazine / Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Palcic, M.M. / Jorgensen, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A novel compound from a molecular fragment library screen inhibits glycosyltransferases by displacing the metal ion and interfering with substrate binding
著者: Jorgensen, R. / Grimm, L.L. / Sindhuwinata, N. / Peters, T. / Palcic, M.M.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histo-blood group ABO system transferase
B: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,30519
ポリマ－69,5162
非ポリマー1,78917
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8230 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.150, 151.790, 72.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-399-

HOH

21B-470-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histo-blood group ABO system transferase / Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N- ...Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase / Histo-blood group A transferase / A transferase / Histo-blood group B transferase / B transferase / NAGAT / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase soluble form


分子量: 34758.180 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 64-354 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Human / 遺伝子: ABO / プラスミド: PCW DELTA 1AC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21
参照: UniProt: P16442, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 387分子

#2: 化合物 ChemComp-GTI / 1-(3-phenyl-1,2,4-thiadiazol-5-yl)piperazine / 3-フェニル-5-ピペラジノ-1,2,4-チアジアゾ-ル


分子量: 246.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N4S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN CORRESPONDS TO WILD TYPE HISTO -BLOOD GROUP B TRANSFERASE. THE ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN CORRESPONDS TO WILD TYPE HISTO -BLOOD GROUP B TRANSFERASE. THE SEQUENCE DIFFERENCES WITH UNP ENTRY P16442 CORRESPOND TO THE VARIENTS BETWEEN P16442 AND GROUP B TRANSFERASE, AS INDICATED IN THE DESCRIPTION OF P16442.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 23% PEG-3350, 300 mM Ammonium Sulfate, 50 mM MOPS, 50 mM MnCl2, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月28日 / 詳細: Torodial focusing mirror
放射モノクロメーター: Channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 57693 / Num. obs: 57641 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.296 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.85-1.926.50.6872.89389886015601199.9
1.92-2.066.50.4224.596327297029701100
2.06-2.226.50.2627.35425783328331100
2.22-2.436.50.17710.465111678837880100
2.43-2.726.50.12214.44735172787277100
2.72-3.146.50.07820.994123463746372100
3.14-3.846.30.04832.29342475390538799.9
3.84-5.416.20.03343.11263344234422899.9
5.41-406.10.02744.66152792485245498.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 40.68 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.46 Å
Translation2.5 Å29.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2RIT

2rit


解像度: 1.85→29.442 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.9054 / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1899 1730 3 %Random
Rwork0.1541 ---
obs0.1551 57637 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.603 Å2 / ksol: 0.422 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 100.13 Å2 / Biso mean: 21.7192 Å2 / Biso min: 6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0012 Å20 Å20 Å2
2---0.0144 Å2-0 Å2
3---0.0156 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 0 107 370 5141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1116787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08733
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9671832
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
1.85-1.90450.24181430.1914462547684768
1.9045-1.96590.22091420.1853457047124712
1.9659-2.03620.21321430.157462747704770
2.0362-2.11770.19191430.1501461747604760
2.1177-2.2140.17571430.1376463147744774
2.214-2.33070.15811430.1371463147744774
2.3307-2.47660.19741430.1443462247654765
2.4766-2.66780.18311430.1455463847814781
2.6678-2.9360.20291450.1448466548104810
2.936-3.36030.16561450.1358469148364836
3.3603-4.23160.16371460.1366471748634863
4.2316-29.44590.19451510.1834487350245024
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07240.0280.47961.18950.13460.35930.06440.0085-0.03370.0124-0.08160.2958-0.0486-0.01210.02210.10420.01120.02650.1099-0.00070.1309-18.0571-49.6621-9.3438
20.3453-0.0690.25690.4728-0.13270.7397-0.05130.0490.0134-0.09490.0111-0.01670.08330.02820.01360.06880.0070.00630.07690.00050.0661-14.5505-52.171-0.601
31.3979-0.0227-0.37770.33460.22160.4054-0.0477-0.28130.17860.03030.0805-0.0861-0.05170.0802-0.03260.1049-0.0014-0.0050.1331-0.04590.1247-6.1737-36.855815.9922
40.73030.19980.30310.72730.45211.0562-0.0172-0.09080.183-0.0520.0584-0.1899-0.23560.0592-0.04150.1008-0.0011-0.01040.1134-0.03340.1282-7.4925-33.046313.6407
52.63170.62760.58221.9302-0.15960.44810.0634-0.40380.06810.31340.00140.1091-0.1082-0.116-0.04810.14480.0180.01620.141-0.02910.1065-16.826-35.634420.1189
60.6618-0.4497-0.50910.81760.45791.20180.03280.0010.1316-0.01180.0842-0.0834-0.0218-0.014-0.04890.08170.0045-0.00430.0965-0.00070.0747-3.5489-44.28312.8309
70.3798-0.0853-0.0910.3240.21120.9369-0.0395-0.0805-0.01160.07490.02660.02730.12280.03830.02910.08450.01060.01070.09150.00880.0624-15.8576-57.790818.4038
80.703-0.2337-0.98682.1357-1.06722.62160.0059-0.13210.07890.32270.11180.3793-0.5079-0.4579-0.05970.10310.01660.02430.137-0.01670.1162-24.9727-45.724422.2809
90.69680.1808-0.72050.0791-0.38180.8936-0.0004-0.15330.03640.0740.03510.0222-0.02970.152-0.0250.12840.01460.01560.1006-0.00450.0873-19.1306-54.092323.6645
100.81510.3454-0.0930.79530.09820.07470.0451-0.2769-0.01040.0324-0.0983-0.11740.0146-0.09220.03590.08350.0098-0.01960.1375-0.00650.09581.2317-51.454512.5221
112.18960.13210.23260.05830.3251.4611-0.0372-0.17940.39050.03030.0730.0347-0.0061-0.0907-0.05590.1707-0.00560.01370.0819-0.0080.1943-24.2918-61.943110.7404
121.15970.36780.38450.5634-0.38990.5840.0482-0.1423-0.15850.0075-0.0577-0.03250.09450.03330.01130.128-0.00250.00180.07960.00670.1014-23.7813-62.46130.0143
131.3408-1.2081-0.20521.5415-0.05750.19020.0602-0.0876-0.21280.1147-0.06720.38440.1184-0.243-0.00050.0956-0.0528-0.03110.1295-0.0190.1286-45.2548-63.5303-9.5149
140.3922-0.2323-0.68421.0383-0.36552.3075-0.0905-0.0294-0.32150.07190.04420.35940.0019-0.45730.01730.136-0.0707-0.02310.1745-0.02740.2358-48.6328-63.5744-7.4123
150.54460.25910.52510.94790.31871.0106-0.12420.1343-0.0494-0.15030.09490.2097-0.0283-0.29140.01440.0839-0.0228-0.00080.2156-0.02220.2089-47.9381-55.2749-12.2079
160.53740.1084-0.18892.34380.7170.62290.03720.0528-0.0964-0.0648-0.09880.39130.0378-0.240.0810.1138-0.0193-0.01080.1405-0.03080.1222-42.5055-57.4505-8.2971
170.6686-0.21310.14780.3970.04110.74940.02690.0674-0.0347-0.0984-0.02250.01140.13310.036-0.01020.0840.0095-0.0090.0501-0.00820.0658-25.7826-55.6284-16.8477
180.2039-0.11040.39171.1754-1.58044.18640.1917-0.09240.10370.10030.33890.4601-0.4806-0.5805-0.09970.01890.03560.00510.0609-0.01450.0673-36.9613-44.8632-13.4422
190.2307-0.1205-0.3050.1957-0.07740.32780.05050.0292-0.0092-0.0836-0.04590.09-0.0525-0.09280.04350.11180.0058-0.02810.0897-0.00650.0735-31.4627-47.4074-23.6972
200.4403-0.08610.13390.3168-0.09810.20980.1210.058-0.0778-0.1162-0.14870.11370.1133-0.0572-0.0340.1534-0.001-0.03190.0917-0.02940.1024-28.6514-67.9672-12.2884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 58:81)A58 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 82:111)A82 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 112:138)A112 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 139:162)A139 - 162
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 163:208)A163 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 209:219)A209 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 220:274)A220 - 274
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 275:288)A275 - 288
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 289:321)A289 - 321
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 322:351)A322 - 351
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 58:81)B58 - 81
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 82:109)B82 - 109
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 110:137)B110 - 137
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 138:162)B138 - 162
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 163:195)B163 - 195
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 196:217)B196 - 217
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 218:273)B218 - 273
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 274:288)B274 - 288
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 289:312)B289 - 312
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 313:345)B313 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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