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- PDB-3tzv: Crystal structure of an iNKT TCR in complex with CD1d-lysophospha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tzv
タイトルCrystal structure of an iNKT TCR in complex with CD1d-lysophosphatidylcholine
要素
  • (Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain ...) x 2
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin-like / MHC class I-like / Antigen recognition / CD1d / Cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding ...lipid antigen binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / positive regulation of T cell proliferation / cell adhesion molecule binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / histone binding / T cell differentiation in thymus / protein refolding / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / HEXANE / Chem-LSC / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.056 Å
データ登録者Lopez-Sagaseta, J. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Lysophospholipid presentation by CD1d and recognition by a human Natural Killer T-cell receptor.
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Sibener, L.V. / Kung, J.E. / Gumperz, J. / Adams, E.J.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain A
B: Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain B
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
D: Beta-2-microglobulin
G: Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain A
H: Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,94311
ポリマ－148,7056
非ポリマー1,2395
水905
1
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
D: Beta-2-microglobulin
G: Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain A
H: Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,1629
ポリマ－95,9234
非ポリマー1,2395
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain A
B: Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7822
ポリマ－52,7822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.591, 117.605, 190.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN B AND (RESSEQ 2:52 OR RESSEQ 54:58 OR RESSEQ 61:95 OR RESSEQ 104:246 ) AND (NOT ELEMENT H)
211CHAIN H AND (RESSEQ 2:52 OR RESSEQ 54:58 OR RESSEQ 61:95 OR RESSEQ 104:246 ) AND (NOT ELEMENT H)
112CHAIN A AND (RESSEQ 1:94 OR RESSEQ 99:130 OR RESSEQ...
212CHAIN G AND (RESSEQ 1:94 OR RESSEQ 99:130 OR RESSEQ...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain ... , 2種, 4分子 AGBH

#1: タンパク質 Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain A


分子量: 23598.057 Da / 分子数: 2 / 変異: T164C, C211A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Invariant Natural Killer T Cell Receptor chain B


分子量: 29183.504 Da / 分子数: 2 / 変異: S174C, C192A, C248S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d / R3G1


分子量: 31393.465 Da / 分子数: 1 / 変異: N42Q, N108Q, N163Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15813
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 9分子

#6: 化合物 ChemComp-LSC / (4R,7R,18E)-4,7-dihydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphaheptacos-18-en-1-aminium 4-oxide / [O-[1-O-(9-オクタデセノイル)-L-グリセロ-3-ホスホ]コリン]アニオン


分子量: 522.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H53NO7P
#7: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#8: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 250

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes, 17% PEG 4000, 0.1 MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.056→20.019 Å / Num. obs: 27183 / % possible obs: 89.18 %
反射 シェル解像度: 3.056→3.1781 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.056→20.019 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 1359 5 %
Rwork0.2363 --
obs0.239 27183 93.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 18.363 Å2 / ksol: 0.259 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5279 Å2-0 Å20 Å2
2---15.2245 Å2-0 Å2
3---12.6966 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.056→20.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9421 0 83 5 9509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66813285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6023367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021698
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1776X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12H1776X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
21A1304X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22G1304X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.056-3.16490.40881300.33612417X-RAY DIFFRACTION89
3.1649-3.29110.34431360.30732459X-RAY DIFFRACTION91
3.2911-3.44010.3651130.27872460X-RAY DIFFRACTION91
3.4401-3.62050.32111380.27362464X-RAY DIFFRACTION91
3.6205-3.84580.31011250.26062491X-RAY DIFFRACTION91
3.8458-4.14030.30491240.23862564X-RAY DIFFRACTION93
4.1403-4.55260.25771440.20382587X-RAY DIFFRACTION95
4.5526-5.20120.24051510.19392709X-RAY DIFFRACTION97
5.2012-6.51520.29281530.24082764X-RAY DIFFRACTION99
6.5152-20.01920.24861450.20782909X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90120.1765-0.60651.67980.75480.8796-0.06190.4402-0.2955-0.7120.1625-0.2818-0.3452-0.03140.36690.34520.01630.0950.5078-0.05390.1522-21.421431.331245.1887
21.5002-0.0717-1.19574.80442.3742.09160.45570.05650.0191-0.11470.2762-0.6617-0.27010.4488-0.31560.5323-0.11170.13770.7259-0.09850.5347-10.546135.790246.2331
30.4635-0.02680.14480.9364-0.15710.07040.12510.3465-0.2894-0.2873-0.09940.0016-0.04040.13871.2770.48960.1270.32490.6693-0.17970.553-10.031525.323241.3801
41.39310.11310.79861.7967-0.66452.75970.0230.4053-0.3268-0.57550.1565-0.39510.33950.26150.50170.3583-0.26990.1610.6557-0.15310.4636-15.574230.518743.2122
50.2074-0.00110.81040.21570.10323.24770.2504-0.1920.35470.1193-0.04550.05610.4489-0.0063-0.0030.1603-0.05340.02550.4339-0.15630.4972-14.864639.224974.3338
60.9103-0.1171-0.43081.0835-0.49590.5567-0.16890.3024-0.0065-0.3960.03150.64840.0604-0.5019-0.43910.1586-0.0801-0.10430.6421-0.03640.6104-19.482840.439974.4752
71.6745-0.56620.03661.80210.16290.8113-0.03-0.1665-0.2139-0.0441-0.2318-0.02740.0818-0.0885-1.43520.2094-0.23990.1630.6424-0.05730.4372-14.309742.566272.0527
82.20431.2285-0.1512.0782-0.80862.06350.3082-0.43020.30870.71490.11190.5411-0.3994-0.2220.90570.2277-0.15790.12420.37740.02170.2482-16.937747.157978.1223
91.13150.7803-1.00320.5458-0.66860.951-0.1481-0.3299-0.28210.08990.05890.25560.215-0.4032-0.39990.5641-0.02710.46350.58530.02721.229-24.10440.655682.5107
100.58220.4207-0.41221.12790.08230.7527-0.31480.5581-0.3034-0.82520.3658-0.6680.0281-0.1047-0.48380.7167-0.32640.63740.8829-0.10130.7101-3.539350.045139.6792
111.62090.0876-0.40251.3137-0.14381.09230.116-0.070.12930.0413-0.0257-0.13-0.0735-0.2883-0.0734-0.2936-0.20260.17390.19520.26140.3536-4.283451.969369.3266
121.4065-1.01360.08583.37750.14491.0272-0.19970.11690.09920.4001-0.0349-0.02190.01030.2987-0.0660.35380.13670.06720.36370.1590.4722-31.3139-7.036886.5005
130.3284-0.3811-0.19530.44810.26551.46260.11890.24810.0787-0.3315-0.3161-0.3284-0.10390.397-0.04350.39010.17370.20990.58990.270.7013-20.4276-12.005280.4695
140.15460.30150.55581.85360.17732.66410.0480.06680.2126-0.17320.25660.0041-0.21560.35141.47980.33010.01090.18580.33350.28620.2352-31.45560.080176.976
151.58670.28770.07790.66750.11222.0389-0.0729-0.0496-0.3788-0.01240.35090.54670.2885-0.1596-0.04730.3798-0.0422-0.01120.23970.28010.4466-42.5892-10.798480.4016
161.8558-1.54290.65712.1932-0.40671.0060.25630.57990.2659-0.4562-0.0990.068-0.2137-0.07790.14580.3771-0.0658-0.20150.27210.26040.2725-41.9025-4.604370.1743
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252.58960.16211.05951.25080.15192.48630.0782-0.3998-0.19450.720.1707-0.10330.0341-0.2765-0.05890.53240.0489-0.07240.38620.22160.4073-26.3079-12.617899.0308
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270.13910.1509-0.07820.3414-0.06440.04610.1156-0.52750.05820.77760.09560.4252-0.3849-0.1707-0.07510.8312-0.0544-0.23871.11510.26230.6455-14.4268-22.1282115.3571
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301.3926-0.2070.21854.1433-3.04773.72750.10580.0249-0.0629-0.17320.03250.0115-0.10970.3660.04850.2678-0.02870.02750.1402-0.05190.206-31.481119.125758.4131
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320.2646-0.0095-0.22341.21110.33431.2079-0.08730.4416-0.0431-0.16510.23850.40070.06430.04430.02570.1859-0.065-0.0530.3518-0.03190.3816-41.471815.842256.4082
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361.66560.22490.52661.2496-1.85353.208-0.0212-0.0394-0.0157-0.2864-0.1148-0.00690.62620.22010.30050.258-0.10320.08920.48890.08550.4698-35.60453.656446.2019
378.41071.8989-0.1560.8994-1.45884.31140.0159-0.38151.01050.0537-0.0458-0.0034-0.7674-0.089-0.93730.3675-0.00320.08350.34750.13190.469-41.907563.622258.1069
380.6157-0.4394-0.0840.40050.1880.2087-0.13-0.09610.20790.27560.1042-0.36870.2670.06630.0380.53440.0785-0.05260.50970.29410.6453-29.330150.998656.7126
392.38620.88371.10353.10562.71383.1886-0.2430.3377-0.2269-0.3183-0.08220.07060.03380.0863-0.15910.4477-0.1320.1630.43330.15430.509-39.715949.050753.5985
400.6315-0.2587-0.64371.03181.45383.78270.0697-0.17280.1287-0.2735-0.0029-0.3369-0.90190.738-0.31750.3673-0.09280.01690.48950.32010.603-34.255558.493856.6775
412.8388-3.6957-0.53367.4679-0.33880.6222-0.10080.04980.1863-0.18940.0024-0.26090.28520.62010.0190.33570.1096-0.01550.5783-0.05240.7966-27.578159.080348.5253
420.70880.4405-0.03451.5518-0.23960.96590.0283-0.1072-0.05370.1686-0.1302-0.111-0.00210.075-0.08910.1980.02590.15870.20870.24580.0903-48.074125.474478.7432
430.88630.092-0.1231.2273-0.35190.5534-0.0221-0.09160.28850.1134-0.0192-0.05720.04-0.0811-0.0464-0.0413-0.1440.1060.01350.20950.3071-47.705952.179365.838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:30)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 31:42)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 43:60)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 61:106)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 107:134)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 135:149)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 150:169)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 170:189)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 190:200)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 2:111)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 112:246)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 8:32)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 33:59)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 60:88)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 89:140)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 141:164)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESSEQ 165:176)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESSEQ 177:222)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESSEQ 223:265)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND (RESSEQ 266:278)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESSEQ 2:11)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 12:21)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESSEQ 22:30)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND (RESSEQ 31:41)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND (RESSEQ 42:61)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN D AND (RESSEQ 62:69)
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN D AND (RESSEQ 70:77)
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN D AND (RESSEQ 78:97)
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN G AND (RESSEQ 1:13)
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN G AND (RESSEQ 14:30)
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN G AND (RESSEQ 31:42)
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN G AND (RESSEQ 43:60)
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN G AND (RESSEQ 61:76)
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN G AND (RESSEQ 77:92)
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN G AND (RESSEQ 93:112)
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN G AND (RESSEQ 113:125)
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN G AND (RESSEQ 126:139)
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN G AND (RESSEQ 140:154)
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN G AND (RESSEQ 155:169)
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN G AND (RESSEQ 170:190)
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN G AND (RESSEQ 191:203)
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN H AND (RESSEQ 2:105)
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN H AND (RESSEQ 106:246)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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