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- PDB-3tvm: Structure of the mouse CD1d-SMC124-iNKT TCR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tvm
タイトルStructure of the mouse CD1d-SMC124-iNKT TCR complex
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Valpha14 (mouse variable domain, human constant domain)
  • Vbeta8.2 (mouse variable domain, human constant domain)
  • beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen presentation / glycolipid / NKT cells
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-2 production / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / late endosome / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / lysosome / endosome membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-07P / T cell receptor beta constant 2 / T cell receptor alpha chain constant / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Girardi, E. / Li, Y. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Glycolipids that Elicit IFN-gama-Biased Responses from Natural Killer T Cells
著者: Tyznik, A.J. / Farber, E. / Girardi, E. / Birkholz, A. / Li, Y. / Chitale, S. / So, R. / Arora, P. / Khurana, A. / Wang, J. / Porcelli, S.A. / Zajonc, D.M. / Kronenberg, M. / Howell, A.R.
履歴
登録2011年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details
改定 2.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: beta-2-microglobulin
C: Valpha14 (mouse variable domain, human constant domain)
D: Vbeta8.2 (mouse variable domain, human constant domain)
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: beta-2-microglobulin
G: Valpha14 (mouse variable domain, human constant domain)
H: Vbeta8.2 (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,13218
ポリマ－188,7518
非ポリマー4,38110
水1,08160
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: beta-2-microglobulin
C: Valpha14 (mouse variable domain, human constant domain)
D: Vbeta8.2 (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5389
ポリマ－94,3764
非ポリマー2,1625
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: beta-2-microglobulin
G: Valpha14 (mouse variable domain, human constant domain)
H: Vbeta8.2 (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5949
ポリマ－94,3764
非ポリマー2,2195
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.970, 150.570, 101.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12G
22E
13H
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116B1 - 99
2116D1 - 99
1126G1 - 210
2126E1 - 210
1136H1 - 245
2136F1 - 245

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 AEBFDH

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1 / T cell surface glycoprotein CD1d


分子量: 32632.668 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 19-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1.1, CD1d, Cd1d1 / プラスミド: pBACp10pH / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: beta-2-microglobulin / プラスミド: pBACp10pH / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01887
#4: タンパク質 Vbeta8.2 (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 27026.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens
遺伝子: Vbeta8.2 (mouse variable domain, human constant domain)
プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A0A5B9*PLUS

-
抗体 , 1種, 2分子 CG

#3: 抗体 Valpha14 (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 23055.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens
遺伝子: Valpha14 (mouse variable domain, human constant domain)
プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS

-
糖 , 3種, 6分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: glycosphingolipid
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: glycosphingolipid
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / 詳細: glycosphingolipid
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 64分子

#8: 化合物 ChemComp-07P / N-[(2S,3R)-10-[(1R,2R)-2-decylcyclopropyl]-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3-hydroxydecan-2-yl]hexacosanamide / SMC124


分子量: 910.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H107NO8
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM trisodium citrate pH5.6, 10% PEG3350, 2% tacsimate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月14日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→75.29 Å / Num. all: 58305 / Num. obs: 58305 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q7Y for CD1d, 3HE6 for TCR

2q7y

3he6


解像度: 2.8→75.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 33.138 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.895 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27272 2948 5.1 %RANDOM
Rwork0.22404 ---
obs0.22647 55304 99.93 %-
all-58305 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å21.82 Å2
2---0.21 Å2-0 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→75.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11890 0 295 60 12245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02112549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9211.95117132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.92251543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41224.045539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.225151781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3421558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1091.57768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.233212463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.41634781
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7124.54663
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B740LOOSE POSITIONAL0.325
1B740LOOSE THERMAL0.6210
2G1468LOOSE POSITIONAL0.495
2G1468LOOSE THERMAL0.3610
3H1832LOOSE POSITIONAL0.285
3H1832LOOSE THERMAL0.3710
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 216 -
Rwork0.343 4064 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2017-0.0807-1.78663.96950.54222.15410.0908-0.08690.20980.42920.09010.1016-0.07810.0039-0.1810.29-0.030.06250.2247-0.00740.198226.1843-0.798628.5091
28.4999-0.5745-3.0811.3003-1.21216.93090.0095-0.3992-0.44530.54430.17420.50350.5291-0.4457-0.18370.66990.03430.31570.59550.08770.4735-2.9178-2.369752.0236
36.8685-2.5716-0.82793.08460.98273.0602-0.14360.4479-0.289-0.03160.12970.7867-0.1162-0.76030.01390.34640.01120.10180.63370.1340.5205-2.2392.540230.9044
45.91161.967-2.38852.5963-1.03733.26130.0438-0.2192-0.0547-0.0111-0.1701-0.3015-0.17930.14480.12630.16760.0072-0.0270.1077-0.00970.194853.58837.06547.8702
53.05340.2227-1.39131.8064-1.58998.2429-0.06460.502-0.2195-0.41290.0267-0.12480.5627-0.43430.0380.2623-0.0223-0.00730.2623-0.10680.181540.0744-6.7149-5.2364
65.5881.21262.23514.89991.29297.1989-0.1570.12210.7732-0.77840.0588-0.493-1.04130.69570.09820.561-0.02880.2940.27640.03130.658175.66988.7532-21.206
76.1665-0.11930.87312.93670.58913.53280.09520.32630.3027-0.473-0.0176-0.2218-0.1912-0.1264-0.07760.360.05280.06720.2028-0.00060.148265.1449-4.7915-22.4397
87.5107-1.04651.13633.4153-0.42872.6698-0.0371-1.2808-1.53220.23280.07320.18210.08120.0538-0.03610.1844-0.0416-0.05240.4690.33220.540215.140238.15726.465
98.53844.8291-2.37129.10186.280810.3339-0.3005-1.61231.06621.39990.97170.88791.18722.5074-0.67120.82180.46790.13342.85070.65960.484741.829637.256143.8172
1017.9398-6.71820.06743.6598-1.76372.8611-0.1517-2.1291-0.6247-0.12850.43960.20890.1950.5117-0.28790.2209-0.0689-0.03820.91830.2290.516143.53536.313927.3941
115.84512.39382.45552.89971.0782.83860.1473-0.1641-0.1124-0.0171-0.1309-0.02790.1504-0.0392-0.01640.1640.0099-0.03030.10610.08760.295-13.171829.67988.009
123.12120.90030.671.1950.00437.3895-0.11280.42710.0126-0.22020.17060.1113-0.45450.0477-0.05780.2852-0.0039-0.00340.20210.08250.2553-0.58744.2568-5.4213
136.52160.7381-2.51474.7613-0.238.6215-0.02910.3092-0.6828-0.83110.20420.28370.9917-0.6698-0.17510.4831-0.0048-0.16070.28340.03660.5499-35.935228.0631-20.5839
146.70350.3414-0.82821.8979-0.52644.04440.00530.4276-0.3922-0.3221-0.0068-0.02440.16870.04920.00150.38560.0732-0.08920.21610.03690.2244-26.074142.0269-22.0725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1A508 - 513
3X-RAY DIFFRACTION1A286
4X-RAY DIFFRACTION2A186 - 279
5X-RAY DIFFRACTION3B2 - 99
6X-RAY DIFFRACTION4C1 - 114
7X-RAY DIFFRACTION5D2 - 112
8X-RAY DIFFRACTION6C115 - 206
9X-RAY DIFFRACTION7D113 - 240
10X-RAY DIFFRACTION8E7 - 185
11X-RAY DIFFRACTION8E514 - 519
12X-RAY DIFFRACTION8E286
13X-RAY DIFFRACTION9E186 - 249
14X-RAY DIFFRACTION10F2 - 98
15X-RAY DIFFRACTION11G1 - 114
16X-RAY DIFFRACTION12H1 - 112
17X-RAY DIFFRACTION13G115 - 206
18X-RAY DIFFRACTION14H113 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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