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万見
- PDB-3tlc: Microcin C7 self immunity protein MccF in complex with Microcin C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tlc
タイトルMicrocin C7 self immunity protein MccF in complex with Microcin C7 antibiotic
要素MccF
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / serine protease / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity / hydrolase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 ...Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Class I glutamine amidotransferase-like / 3-Layer(bba) Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7MD / MccF / Microcin C7 self-immunity protein MccF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Agarwal, V. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure and function of a serine carboxypeptidase adapted for degradation of the protein synthesis antibiotic microcin C7.
著者: Agarwal, V. / Tikhonov, A. / Metlitskaya, A. / Severinov, K. / Nair, S.K.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MccF
B: MccF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5946
ポリマ－83,4332
非ポリマー1,1614
水17,619978
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.317, 85.738, 72.962
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MccF


分子量: 41716.586 Da / 分子数: 2 / 変異: S145A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mccF / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2KKH9, UniProt: Q47511*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-7MD / 5'-O-[(R)-(3-aminopropoxy)(L-alpha-aspartylamino)phosphoryl]adenosine


分子量: 518.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N8O9P
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.37 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 8000, 8% ethylene glycol, 0.1 M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 282K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 156612 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.3-1.354.10.282150270.758193.8
1.35-1.44.30.228153210.773195.2
1.4-1.464.30.184154290.782196
1.46-1.544.30.134155450.802196.7
1.54-1.644.30.103155770.824196.9
1.64-1.764.30.077156510.844197.4
1.76-1.944.30.058157900.935197.8
1.94-2.224.40.055158801.588198.7
2.22-2.84.60.045161151.569199.6
2.8-504.60.029162771.143199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0056精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TLA

3tla


解像度: 1.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 0.684 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1862 7834 5 %RANDOM
Rwork0.1741 ---
obs0.1747 156197 97.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.5 Å2 / Biso mean: 11.7927 Å2 / Biso min: 4.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5261 0 78 978 6317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0225479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg11.9877424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3465672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.423.805226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.50915940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.431530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2621.53342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.53725413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89232137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5084.52009
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 551 -
Rwork0.22 10557 -
all-11108 -
obs--94.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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