PDB-3ta4: Small laccase from Amycolatopsis sp. ATCC 39116 complexed with 1-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ta4

タイトル

Small laccase from Amycolatopsis sp. ATCC 39116 complexed with 1-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-(2-methoxyphenoxy)-1,3-dihydroxypropane

要素

small laccase, multi-copper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 2-domain copper oxidase / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Lukk, T. / Majumdar, S. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Roles of small laccases from Streptomyces in lignin degradation.
著者: Majumdar, S. / Lukk, T. / Solbiati, J.O. / Bauer, S. / Nair, S.K. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2011年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ta4.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ta4.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ta4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ta4_validation.pdf.gz	730.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ta4_full_validation.pdf.gz	740.2 KB	表示
XML形式データ	3ta4_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	3ta4_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/3ta4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/3ta4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3t9wC 3tasC 3tbbC 3tbcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ue6-2 3kw8-1 2b3y-2 6qpt-2 2xij-d 5ue6-3 6smp-1 6qpu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

F: small laccase, multi-copper oxidase

D: small laccase, multi-copper oxidase

E: small laccase, multi-copper oxidase

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.420, 115.260, 163.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Determined via gel filtration chromatography.

#1: タンパク質	small laccase, multi-copper oxidase 分子量: 33249.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア) プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: J9PBQ8*PLUS, laccase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-TO2 / (1R,2S)-1-(3,4-dimethoxyphenyl)-2-(2-methoxyphenoxy)propane-1,3-diol / (1R,2S)-1-(3,4-ジメトキシフェニル)-2-(2-メトキシフェノキシ)-1,3-プロパンジオ-ル分子量: 334.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.31 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: The protein concentration was 20 mg/mL buffered with 20 mM Tris-HCl; precipitate contained 25% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 7.9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 33627 / Num. obs: 33545 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 36.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 20.65

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.35-2.41	0.812	2.71	20984	2456	1	99.8
2.41-2.48	0.666	3.95	27230	2380	1	100
2.48-2.55	0.521	5.17	27435	2351	1	100
2.55-2.63	0.487	5.65	26859	2251	1	100
2.63-2.71	0.407	6.84	26414	2181	1	100
2.71-2.81	0.324	8.6	26131	2127	1	100
2.81-2.91	0.256	10.74	25356	2051	1	100
2.91-3.03	0.198	13.62	24563	1986	1	100
3.03-3.17	0.155	17.09	23533	1893	1	100
3.17-3.32	0.127	20.71	22517	1817	1	100
3.32-3.5	0.098	26.55	21470	1747	1	100
3.5-3.72	0.073	33.26	20184	1644	1	100
3.72-3.97	0.065	37.54	19078	1563	1	100
3.97-4.29	0.052	43.66	17460	1427	1	100
4.29-4.7	0.047	48.77	16401	1348	1	99.9
4.7-5.25	0.045	49.07	14823	1222	1	100
5.25-6.07	0.047	45.92	13062	1081	1	100
6.07-7.43	0.046	45.78	10964	919	1	100
7.43-10.51	0.037	52.51	8572	739	1	100
10.51-20	0.03	59.16	3755	362	1	82.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_764	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→19.799 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8437 / SU ML: 0.64 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	1677	5 %
R_work	0.1762	-	-
obs	0.1794	33510	99.97 %
all	-	33627	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 21.194 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.36 Å² / B_iso mean: 29.6505 Å² / B_iso min: 9.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0704 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5018 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4314 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6426	0	40	265	6731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.408	9050
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1195
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.306	2365

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.3501-2.4191	0.3175	138	0.2386	2606	2744
2.4191-2.4971	0.3279	137	0.2235	2619	2756
2.4971-2.5861	0.3078	138	0.2136	2620	2758
2.5861-2.6894	0.2871	138	0.204	2617	2755
2.6894-2.8115	0.3047	139	0.1991	2644	2783
2.8115-2.9593	0.2812	139	0.1935	2631	2770
2.9593-3.144	0.2408	138	0.1849	2642	2780
3.144-3.3857	0.2359	140	0.1829	2658	2798
3.3857-3.7243	0.2352	140	0.1728	2646	2786
3.7243-4.2586	0.1914	140	0.1564	2666	2806
4.2586-5.3478	0.1797	142	0.1302	2695	2837
5.3478-19.8001	0.2227	148	0.1698	2789	2937

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.529	0.2119	0.1471	0.5943	0.2176	0.438	0.2258	0.0805	-0.1018	0.1682	-0.0237	0.3825	-0.1012	-0.171	0.3147	0.1691	0.0806	0.1073	0.4037	-0.0377	0.3396	-40.3533	-25.0914	34.9972
2	0.1343	0.0914	-0.1196	0.4119	0.0852	0.53	0.0001	-0.0467	0.0418	0.0392	0.047	0.1264	-0.1437	-0.0629	-0.0005	0.1141	0.0088	0.0319	0.1638	-0.0153	0.1601	-26.6638	-24.2387	37.0217
3	0.3497	0.0219	-0.0593	1.0074	0.634	0.4133	-0.0744	-0.0177	-0.0485	0.1176	-0.0161	0.2046	0.1653	-0.0967	-0.0479	0.1169	-0.0231	0.0426	0.1598	0.0014	0.1203	-25.2087	-42.4844	35.0813
4	0.1752	0.295	0.118	0.5585	0.0642	0.1777	-0.156	-0.0953	0.2043	-0.125	-0.0369	0.0663	0.0214	-0.0293	-0.0041	0.1764	-0.0159	0.0208	0.2134	-0.0134	0.1531	-19.1201	-43.5244	21.9937
5	0.4955	-0.2885	-0.4082	0.6559	0.2426	0.3216	-0.0141	-0.1139	-0.0865	0.1989	-0.016	0.0535	0.0813	0.0574	-0.0003	0.1637	0.0021	0.0372	0.1735	0.0259	0.1272	-20.603	-52.0976	34.5459
6	0.237	0.2468	-0.2042	0.647	-0.1508	0.1896	0.2315	-0.1394	0.2722	-0.1284	-0.0364	-0.1123	-0.382	0.0315	0.0276	0.2775	-0.0118	0.0263	0.2773	-0.0107	0.2185	6.626	-13.0527	13.0953
7	0.4871	0.2013	0.0884	0.3484	0.2721	0.6249	0.007	0.0041	-0.0205	-0.0587	0.0173	-0.1067	-0.1006	0.0497	0.0007	0.1617	-0.0131	0.0208	0.1428	0.0295	0.1348	3.1521	-24.8219	8.2321
8	0.2655	-0.0939	-0.0512	0.0474	0.003	0.0201	0.034	-0.2621	0.0827	0.1187	0.0971	-0.1085	-0.2933	0.0896	0.0006	0.2438	-0.0199	0.0055	0.32	-0.012	0.1806	-3.7022	-16.4207	27.008
9	0.5254	-0.071	0.1298	0.6971	0.505	0.4193	0.041	-0.0015	-0.0264	-0.0226	-0.0601	0.1398	-0.0635	-0.0264	-0.0001	0.1625	-0.0066	0.0138	0.1463	0.0125	0.1385	-16.0552	-22.794	20.9612
10	0.193	0.2406	0.1548	0.3431	0.1157	0.2217	-0.0698	-0.1157	0.104	0.119	0.0037	-0.2229	-0.1566	0.1221	-0.0004	0.2447	0.0287	-0.0098	0.2245	-0.0344	0.1409	-14.1005	-11.5508	31.3853
11	0.0424	0.1309	-0.0673	0.4937	-0.4052	0.3377	-0.0468	0.2242	0.0612	-0.0385	-0.0005	-0.1048	0.2442	0.1176	0	0.2123	0.019	0.0104	0.2493	0.0036	0.2421	0.9157	-64.3141	20.6745
12	0.1378	0.0727	0.0811	0.6083	-0.0576	0.6674	0.0996	-0.0545	-0.2005	-0.0571	-0.0158	0.0214	0.2808	-0.1244	0.0008	0.1964	0.0013	0.032	0.1869	0.0087	0.221	-12.9506	-63.0043	23.8016
13	0.4077	0.0214	0.2336	0.2758	-0.0465	0.1775	-0.074	-0.1315	-0.1193	-0.0354	0.0441	0.0049	-0.092	-0.1257	-0.0001	0.196	0.01	0.0146	0.1969	0.0033	0.1718	-9.2297	-54.1179	19.9432
14	0.1726	0.0177	0.0153	0.3615	-0.2662	0.207	-0.0198	0.0726	0.0312	-0.0041	-0.0163	-0.1545	-0.0377	0.0079	-0	0.1387	-0.0078	0.0175	0.1534	-0.0028	0.1683	3.05	-45.0854	15.7266
15	0.3134	0.0046	0.0738	0.4487	-0.1371	0.0556	-0.0226	-0.0061	0.2004	0.0493	-0.0928	-0.0624	0.0649	-0.0413	-0.0063	0.1676	-0.0149	0.0089	0.1556	-0.0428	0.1427	-13.2362	-37.644	8.7826
16	0.2505	-0.3404	-0.0262	0.5759	-0.1454	0.2119	-0.0168	0.1032	-0.0481	0.0197	-0.0411	-0.169	0.1055	0.0103	-0	0.1968	-0.0167	0.0372	0.205	0.0046	0.1988	5.2248	-40.592	11.7711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resseq 28:50)	F
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resseq 51:164)	F
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resseq 165:217)	F
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resseq 218:253)	F
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'F' and (resseq 254:309)	F
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resseq 37:69)	D
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resseq 70:179)	D
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resseq 180:201)	D
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resseq 202:279)	D
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resseq 280:309)	D
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resseq 37:69)	E
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resseq 70:133)	E
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resseq 134:179)	E
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resseq 180:231)	E
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resseq 232:253)	E
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resseq 254:303)	E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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