PDB-3t8g: Thermolysin In Complex With UBTLN26

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t8g

タイトル

Thermolysin In Complex With UBTLN26

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease / metalloprotease / hydrolysis of peptide bonds / phosphoramidon / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Biela, A. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012
タイトル: Water makes the difference: rearrangement of water solvation layer triggers non-additivity of functional group contributions in protein-ligand binding.
著者: Biela, A. / Betz, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2011年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t8g.cif.gz	145.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t8g.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t8g_validation.pdf.gz	969.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t8g_full_validation.pdf.gz	970.9 KB	表示
XML形式データ	3t8g_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	3t8g_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/3t8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t73C 3t74C 3t8fC 8tlnS 3t87 3t8c 3t8d 3t8h C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ms3-d 5jvi-d 2a7g-d 3p7q-d 1lne-d 1fjv-d 3flf-d 5jxn-d 3p7u-d 8tli-d 6d5s-d 3t87-d 1fj3-d 5k7t-d 4m65-d 1tli-d 5dpe-d 1qf1-d 5n2z-d 2tmn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermolysin

ヘテロ分子

35.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.700, 92.700, 130.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-550- HOH
2	1	A-552- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: mature form (UNP residues 233-548) / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 457分子

#2: 化合物	ChemComp-UBT / N-[(R)-({[(benzyloxy)carbonyl]amino}methyl)(hydroxy)phosphoryl]-L-leucylglycine / N-[(ベンジルオキシカルボニルアミノ)メチルホスホニル]-L-Leu-Gly-OH タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 415.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₆N₃O₇P 参照: N-[(R)-({[(BENZYLOXY)CARBONYL]AMINO}METHYL)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-L-LEUCYLGLYCINE
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris, 1.9 M cesium chloride, 50% DMSO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月14日 / 詳細: Collimating Mirror
放射	モノクロメーター: Bartels / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 53702 / Num. obs: 53702 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.7 % / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 41.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 18.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 2620 / R_sym value: 0.499 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8TLN

8tln

解像度: 1.5→40.14 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1562	2649	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1416	-	-	-
all	0.1423	54982	-	-
obs	0.1423	52333	97.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.03 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4543 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.4543 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.9086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2428	0	77	442	2947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2657
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	3672
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.241	932
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	382
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5273	0.207	121	0.1714	2444	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5273-1.5567	0.1814	131	0.1631	2468	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5567-1.5885	0.1776	146	0.1525	2468	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5885-1.623	0.1609	133	0.1428	2507	X-RAY DIFFRACTION	95
1.623-1.6607	0.1766	127	0.1408	2535	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6607-1.7023	0.1543	133	0.1395	2544	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7023-1.7483	0.1826	135	0.139	2566	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7483-1.7998	0.1764	150	0.1354	2558	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7998-1.8578	0.1526	130	0.13	2570	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8578-1.9242	0.1647	150	0.1312	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9242-2.0013	0.146	131	0.1387	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0013-2.0924	0.1895	137	0.1429	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0924-2.2027	0.1642	147	0.137	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2027-2.3407	0.1423	141	0.137	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3407-2.5214	0.1495	150	0.1405	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5214-2.775	0.1623	148	0.1421	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-3.1764	0.1328	142	0.1402	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1764-4.0014	0.1494	150	0.1344	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0014-40.1546	0.1426	147	0.1531	2951	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1736	-0.1208	0.0205	0.1498	0.192	0.6485	0.0533	0.1743	0.0831	-0.02	-0.0547	-0.0637	0.0148	0.0157	0.0054	0.1105	0.0086	0.0015	0.1454	0.0283	0.1178	37.4323	24.0218	4.7586
2	0.3689	0.0115	0.1848	0.3274	-0.0423	0.1024	0.0123	-0.0255	-0.019	0.0442	-0.0078	-0.0155	-0.0102	-0.0027	-0.0011	0.0689	0.0053	0.0075	0.083	0.0026	0.0537	24.4375	31.8916	3.3552
3	0.2162	0.0701	-0.1349	0.2213	-0.0769	0.0912	0.0513	0.0465	0.0394	0.0068	-0.0118	0.0888	-0.057	-0.0662	-0.0141	0.0995	0.0101	0.0258	0.1219	-0.0367	0.1366	10.5462	46.2013	7.6213
4	0.0688	-0.0075	0.0261	0.0676	0.04	0.0371	0.0007	-0.0075	-0.0117	-0.0125	-0.0112	0.0099	0.009	-0.0014	0.0034	0.0668	0.0081	0.0094	0.0876	0.0007	0.07	9.9593	30.5425	-6.2914
5	0.1111	0.0816	0.1415	0.0915	0.1204	0.1889	0.0768	-0.1089	0.0852	0.0773	-0.1029	0.0985	0.0447	-0.1565	0.0324	0.0944	-0.0109	0.0348	0.1488	-0.028	0.1166	3.6936	35.59	7.6466
6	0.0194	0.0121	-0.0516	0.1746	0.032	0.162	-0.0246	-0.0638	0.0768	-0.0163	-0.0148	0.1999	-0.0448	-0.0981	0.0068	0.0615	0.0005	0.0042	0.1287	-0.0169	0.1488	-5.6385	36.74	-5.6251
7	0.0743	-0.0747	-0.037	0.1157	-0.0482	0.2151	0.0157	0.009	0.0202	-0.1361	0.0201	0.1003	0.0347	0.0082	-0.0274	0.1438	0.0065	-0.0353	0.0925	0.0094	0.16	1.6264	46.0795	-14.2781
8	0.1953	0.0098	0.151	0.2205	-0.0385	0.2154	0.0323	0.0018	-0.0599	-0.0357	-0.0217	0.0932	0.0523	-0.0739	-0.0088	0.069	-0.0029	0.0003	0.0962	-0.0137	0.1077	-0.7912	23.6149	-11.2936
9	0.0251	0.0674	-0.0606	0.3883	0.0228	0.314	0.068	0.116	-0.2209	-0.0439	-0.0242	0.1273	0.0456	-0.0986	0.0114	0.0923	-0.0229	-0.023	0.1429	-0.0296	0.1925	-8.4921	19.7948	-12.9823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:6)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 7:125)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 126:131)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 132:181)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 182:201)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 202:220)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 221:227)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 228:297)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 298:316)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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