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万見
- PDB-3sl1: Crystal Structure of P. falciparum arginase complexed with 2-amin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sl1
タイトルCrystal Structure of P. falciparum arginase complexed with 2-amino-6-borono-2-methylhexanoic acid
要素Arginase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / metallohydrolase / arginase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Urea cycle / Neutrophil degranulation / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-(dihydroxyboranyl)-2-methyl-L-norleucine / : / Arginase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Dowling, D.P. / Ilies, M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Binding of alpha , alpha-disubstituted amino acids to arginase suggests new avenues for inhibitor design.
著者: Ilies, M. / Di Costanzo, L. / Dowling, D.P. / Thorn, K.J. / Christianson, D.W.
履歴
登録2011年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7514
ポリマ－46,4521
非ポリマー2993
水3,819212
1
A: Arginase
ヘテロ分子

A: Arginase
ヘテロ分子

A: Arginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,25312
ポリマ－139,3563
非ポリマー8979
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area32010 Å2
手法PISA
2
A: Arginase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,50624
ポリマ－278,7126
非ポリマー1,79318
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area14700 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area61090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.181, 113.181, 229.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-520-

HOH

21A-521-

HOH

31A-590-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Arginase


分子量: 46452.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-411 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: pfi0320w / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Codonplustm(de3) Ril / 参照: UniProt: Q8I384, arginase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-FB6 / 6-(dihydroxyboranyl)-2-methyl-L-norleucine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 189.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16BNO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.2 M Na/K Phosphate (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-E10.97918
シンクロトロンAPS 24-ID-E20.97918
シンクロトロンAPS 24-ID-E30.97918
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年4月7日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年4月7日
ADSC QUANTUM 3153CCD2010年4月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 44684 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4393 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MMR

3mmr


解像度: 1.902→37.273 Å / SU ML: 0.45 / Isotropic thermal model: 31.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1817 2243 5.02 %5%
Rwork0.1629 ---
obs0.1638 44663 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.535 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0635 Å20 Å2-0 Å2
2--3.0635 Å20 Å2
3----6.127 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.902→37.273 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 15 212 2643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0523426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.815959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.902-1.94310.25161410.23712585X-RAY DIFFRACTION98
1.9431-1.98830.23781230.20452627X-RAY DIFFRACTION100
1.9883-2.0380.23121210.18512627X-RAY DIFFRACTION100
2.038-2.09310.2211530.17492618X-RAY DIFFRACTION100
2.0931-2.15470.16751240.15892642X-RAY DIFFRACTION100
2.1547-2.22420.16121550.14922625X-RAY DIFFRACTION100
2.2242-2.30370.20841220.14312653X-RAY DIFFRACTION100
2.3037-2.39590.181290.15982663X-RAY DIFFRACTION100
2.3959-2.5050.19741540.15622601X-RAY DIFFRACTION100
2.505-2.6370.17121380.15352654X-RAY DIFFRACTION100
2.637-2.80220.18721430.16922654X-RAY DIFFRACTION100
2.8022-3.01840.19441440.17942651X-RAY DIFFRACTION100
3.0184-3.3220.2021630.18462648X-RAY DIFFRACTION100
3.322-3.80230.17951270.16122687X-RAY DIFFRACTION100
3.8023-4.78890.14611650.13562681X-RAY DIFFRACTION100
4.7889-37.27980.17081410.16152804X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.06270.2657-0.59253.1872-0.21472.62430.0789-0.08230.15960.2658-0.0564-0.1053-0.4601-0.142-0.03810.3572-0.0396-0.04060.0806-0.01380.143757.1912-3.080226.6321
24.2131-0.0031-0.70651.5875-0.04971.64160.1314-0.15610.46070.2248-0.01890.2694-0.6006-0.2809-0.07190.41220.12560.02810.2130.00960.26741.92962.394821.6701
31.0021-0.13980.08751.9741-0.14591.49350.0355-0.04490.0828-0.03680.02820.3291-0.3276-0.3945-0.05350.22650.09060.00240.19230.03980.217739.0988-7.800615.9775
43.9448-0.72240.54.4966-0.73112.8936-0.01740.1336-0.147-0.43890.09260.12760.0883-0.2255-0.06140.2064-0.0148-0.05630.14110.00010.145846.0966-22.05336.8644
50.84520.12720.20281.26410.19131.52910.0716-0.0128-0.03950.0019-0.0443-0.0874-0.19390.0134-0.02370.19520.0058-0.00370.11180.02810.166353.4611-15.694117.4804
62.5765-0.6308-0.95271.19250.99992.968-0.0353-0.3546-0.29880.1489-0.0091-0.40510.15070.53060.06140.251-0.0317-0.05010.18990.04730.271565.0187-16.51525.6663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 22:71
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 154:185
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 186:280
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 281:309
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 310:374
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 375:411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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