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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3skk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human arginase I in complex with the inhibitor FABH, Resolution 1.70 A, twinned structure | ||||||
要素 | Arginase-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ABH inhibitor derivative / twinning / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å | ||||||
データ登録者 | Thorn, K.J. / Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011 タイトル: Binding of alpha , alpha-disubstituted amino acids to arginase suggests new avenues for inhibitor design. 著者: Ilies, M. / Di Costanzo, L. / Dowling, D.P. / Thorn, K.J. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3skk.cif.gz | 149.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3skk.ent.gz | 115.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3skk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3skk_validation.pdf.gz | 453.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3skk_full_validation.pdf.gz | 464.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3skk_validation.xml.gz | 33.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3skk_validation.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG1 / プラスミド: pet11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P05089, arginase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE STARTING MATERIAL 2-AMINO-6-BORONO-2-(DIFLUOROMETHYL)HEXANOIC ACID (FABH) UNDERGOES TO ...THE STARTING MATERIAL 2-AMINO-6-BORONO-2-(DIFLUOROME | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 3 uL of protein solution [3.5 mg/mL HAI, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM FABH, 100 M MnCl2] and 3 uL of precipitant solution [0.1 M HEPES (pH 7.0), 22-28% Jeffamine] were equilibrated against a 1 ...詳細: 3 uL of protein solution [3.5 mg/mL HAI, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM FABH, 100 M MnCl2] and 3 uL of precipitant solution [0.1 M HEPES (pH 7.0), 22-28% Jeffamine] were equilibrated against a 1 mL reservoir of precipitant solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.5 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 66860 / Num. obs: 66860 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2ZAV 解像度: 1.701→37.779 Å / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.417 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.701→37.779 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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