PDB-3sh0: Crystal Structure of E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sh0

タイトル

Crystal Structure of E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase in complex with BPH-1065

要素

Undecaprenyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / Alpha/beta / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / manganese ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Cao, R. / Liu, Y.-L. / Oldfield, E.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Antibacterial drug leads targeting isoprenoid biosynthesis.
著者: Zhu, W. / Zhang, Y. / Sinko, W. / Hensler, M.E. / Olson, J. / Molohon, K.J. / Lindert, S. / Cao, R. / Li, K. / Wang, K. / Wang, Y. / Liu, Y.L. / Sankovsky, A. / de Oliveira, C.A. / Mitchell, ...

履歴

登録	2011年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sh0.cif.gz	191.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sh0.ent.gz	152.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3sh0_validation.pdf.gz	843.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sh0_full_validation.pdf.gz	852.7 KB	表示
XML形式データ	3sh0_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	3sh0_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/3sh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/3sh0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sgtC 3sgvC 3sgxC 4h2jC 4h2mC 4h2oC 4h38C 4h3aC 4h3cC 4h8eC 2e98S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2e9c-d 3qas-d 3sgx-d 4h38-d 4h2j-d 4h2m-d 4h3c-d 5cqj-d 3sju-d 2e9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Undecaprenyl pyrophosphate synthase

A: Undecaprenyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.765, 68.724, 112.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Undecaprenyl pyrophosphate synthase / UPP synthase / Di-trans / poly-cis-decaprenylcistransferase / Undecaprenyl diphosphate synthase / UDS 分子量: 28481.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: uppS, ispU, rth, yaeS, b0174, JW0169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P60472, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 化合物	ChemComp-SAX / 2-(dodecyloxy)-6-hydroxybenzoic acid / 2-ヒドロキシ-6-(ドデシルオキシ)安息香酸分子量: 322.439 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₀O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50mM HEPES, pH 7.5, 5% PEG 4,000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月6日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 42560 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 0.737 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.84-1.87	5.3	0.642	1870	0.512	1	89.2
1.87-1.91	7	0.555	2083	0.527	1	97.7
1.91-1.94	8.6	0.489	2091	0.552	1	99.6
1.94-1.98	9.5	0.422	2088	0.571	1	99.5
1.98-2.03	9.9	0.346	2148	0.585	1	100
2.03-2.07	10.2	0.312	2093	0.612	1	100
2.07-2.12	10.2	0.256	2082	0.629	1	100
2.12-2.18	10.3	0.213	2138	0.645	1	100
2.18-2.25	10.3	0.176	2124	0.661	1	100
2.25-2.32	10.5	0.163	2118	0.654	1	100
2.32-2.4	10.5	0.14	2127	0.668	1	100
2.4-2.5	10.7	0.116	2131	0.687	1	100
2.5-2.61	10.8	0.108	2152	0.716	1	100
2.61-2.75	10.9	0.093	2145	0.862	1	100
2.75-2.92	10.9	0.078	2133	0.951	1	100
2.92-3.15	10.9	0.061	2151	0.934	1	100
3.15-3.46	10.9	0.045	2170	0.941	1	100
3.46-3.96	10.7	0.034	2166	0.914	1	100
3.96-4.99	10.5	0.029	2214	0.862	1	100
4.99-50	10	0.029	2336	0.903	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2E98

2e98

解像度: 1.84→35.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.469 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2111	2129	5 %	RANDOM
R_work	0.1683	-	-	-
all	0.1704	44483	-	-
obs	0.1704	42354	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.03 Å² / B_iso mean: 30.229 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→35.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3397	0	69	315	3781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.939	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.649	5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.569	23.424	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.541	15	585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.616	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.16	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.231	1.5	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.049	2	3350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.318	3	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.185	4.5	1405

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.887 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	125	-
R_work	0.266	2706	-
all	-	2831	-
obs	-	-	91.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6969	-2.3902	-0.0426	2.3736	0.5669	1.7746	0.1023	0.0606	-0.0312	-0.1484	-0.0485	-0.0281	0.1166	0.1636	-0.0538	0.1443	0.021	0.0218	0.1566	-0.0011	0.1686	21.129	2.581	18.068
2	5.9461	-8.9647	-2.8033	15.1908	3.8145	1.4255	-0.3001	-0.6852	-0.1365	0.2922	0.1818	0.0853	0.1814	0.5326	0.1183	0.123	0.1333	0.0134	0.5175	0.0733	0.1835	31.654	-2.662	23.326
3	2.2835	-0.4492	-0.5104	1.7694	0.45	2.3169	0.0867	-0.1015	0.1335	-0.0452	-0.0329	-0.1502	-0.1056	0.1862	-0.0538	0.1422	-0.0175	0.019	0.1499	0.0075	0.1476	20.661	12.894	22.403
4	5.9487	-3.9152	1.2097	2.594	-0.7923	0.2477	-0.0762	-0.3632	-0.8073	0.0357	0.3206	0.4684	0.0086	-0.0483	-0.2444	0.6193	0.1866	-0.3039	1.0621	-0.3542	0.6965	22.342	1.466	33.077
5	2.2058	-1.4867	-1.3576	5.2422	-0.2568	5.1193	-0.115	-0.3716	0.0717	0.043	0.0235	-0.4394	-0.1743	0.4861	0.0916	0.1181	-0.0344	-0.0211	0.2078	-0.0066	0.1553	22.878	16.983	34.009
6	2.1596	-0.4973	3.2388	0.9364	0.2973	6.2476	0.0891	-0.3367	-0.1496	0.1075	0.0817	0.0178	0.2262	-0.4505	-0.1707	0.1738	-0.0614	-0.0241	0.2146	0.0589	0.1407	13.683	2.011	39.909
7	0.9773	0.5557	0.6203	0.5931	0.6275	1.1014	0.0538	-0.163	-0.0293	0.0909	-0.0217	-0.0571	0.0231	-0.1055	-0.0321	0.1534	0.0009	0.0013	0.1678	0.0013	0.1236	12.724	8.794	33.513
8	1.7619	-0.0054	-2.2207	2.4359	-0.385	3.7411	0.1985	-0.1681	0.2276	0.4215	-0.0889	0.1293	-0.3015	-0.1632	-0.1096	0.1551	-0.0279	0.0754	0.2361	-0.0715	0.1242	-9.55	6.036	33.397
9	1.0478	0.355	0.1647	0.5641	0.2313	0.7809	-0.0027	-0.0027	0.0113	-0.0026	-0.0334	0.0131	-0.0116	-0.0291	0.0361	0.1417	0.0058	0.0146	0.1433	-0.0015	0.1372	10.6	5.397	18.224
10	10.4244	-6.3958	2.7281	5.8532	-1.9617	3.0465	0.3785	0.3417	0.0373	-0.9952	-0.1388	-0.2471	-0.3282	0.1909	-0.2396	0.4642	-0.0345	0.1222	0.1163	0.0096	0.1376	19.603	12.852	10.207
11	0.9065	0.2227	-0.4547	0.1408	0.1762	1.2436	-0.0426	-0.0383	-0.0819	0.0415	-0.0067	-0.0027	0.1281	0.0691	0.0493	0.1755	-0.0002	0.0182	0.1407	0.0093	0.1588	0.407	-7.687	4.151
12	2.0096	1.1793	-1.3411	9.3749	-4.1937	3.4671	0.0149	0.1984	0.1971	-0.0678	0.0973	0.3092	-0.1295	-0.078	-0.1123	0.1535	-0.0001	-0.0364	0.1574	0.0438	0.1327	-5.14	8.277	-10.512
13	0.9147	0.7441	0.0612	1.1117	-0.027	2.1618	-0.0387	0.0242	-0.0051	-0.0394	0.0498	0.0607	0.1207	-0.0897	-0.0111	0.1532	-0.0044	0.0056	0.1328	0.0036	0.1415	-4.69	-6.554	0.382
14	6.5164	2.4315	1.594	18.6785	5.9562	2.9144	-0.1476	0.3413	0.197	-0.9199	0.1099	0.1383	-0.4744	-0.1933	0.0377	0.2161	0.0857	0.0342	0.2024	0.0623	0.1732	-17.27	5.623	0.617
15	1.5651	0.5607	1.2659	4.5247	1.3007	1.2285	0.0126	-0.2455	-0.0295	-0.0454	0.0005	0.2886	0.0634	-0.2323	-0.0132	0.1519	-0.0747	-0.0024	0.1956	0.0324	0.1929	-16.402	-8.614	3.087
16	4.5267	-3.2409	-3.2253	22.632	3.7807	3.8226	-0.028	0.2253	0.0934	0.3955	0.0554	0.9831	-0.0474	-0.5804	-0.0274	0.0166	0.0212	0.0467	0.3957	0.0021	0.2741	-24.686	-0.783	8.38
17	0.2612	0.2204	0.1559	0.3175	0.4293	1.2044	-0.0214	-0.1269	0.0269	-0.0071	-0.0566	0.0907	0.0545	-0.1839	0.078	0.1316	-0.0127	0.0106	0.2071	0.0172	0.174	-11.671	-4.492	12.303
18	1.9579	0.3791	-1.9508	3.0352	-1.3086	2.8859	-0.0351	-0.073	-0.1052	0.2192	-0.0023	0.2872	-0.0063	-0.1291	0.0374	0.1563	-0.0547	0.0421	0.2203	0.0103	0.1156	-10.804	-4.953	32.278
19	0.3831	0.182	0.1861	0.1804	0.0834	1.4551	0.0261	-0.0507	-0.0001	0.0059	-0.0334	0.0172	0.0033	0.0252	0.0073	0.1425	0.0038	0.0142	0.1405	0.0085	0.1411	1.001	-1.853	9.583
20	3.4544	-1.871	2.8685	2.8468	-2.7201	4.568	0.078	0.1777	-0.1862	-0.0583	0.0063	-0.1112	0.1763	0.2474	-0.0842	0.1646	0.0366	0.0176	0.1212	-0.0179	0.151	7.19	-9.092	-0.648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	70 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	96 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	108 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	123 - 151
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	152 - 178
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	179 - 223
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	224 - 239
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	13 - 29
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	30 - 48
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	49 - 72
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	80 - 94
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	95 - 114
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	115 - 128
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	129 - 155
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	156 - 179
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	180 - 222
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	223 - 240

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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