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Yorodumi- PDB-3sh0: Crystal Structure of E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sh0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase in complex with BPH-1065 | ||||||
Components | Undecaprenyl pyrophosphate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / Alpha/beta / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / manganese ion binding ...Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / manganese ion binding / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.84 Å | ||||||
Authors | Cao, R. / Liu, Y.-L. / Oldfield, E. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Antibacterial drug leads targeting isoprenoid biosynthesis. Authors: Zhu, W. / Zhang, Y. / Sinko, W. / Hensler, M.E. / Olson, J. / Molohon, K.J. / Lindert, S. / Cao, R. / Li, K. / Wang, K. / Wang, Y. / Liu, Y.L. / Sankovsky, A. / de Oliveira, C.A. / Mitchell, ...Authors: Zhu, W. / Zhang, Y. / Sinko, W. / Hensler, M.E. / Olson, J. / Molohon, K.J. / Lindert, S. / Cao, R. / Li, K. / Wang, K. / Wang, Y. / Liu, Y.L. / Sankovsky, A. / de Oliveira, C.A. / Mitchell, D.A. / Nizet, V. / McCammon, J.A. / Oldfield, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sh0.cif.gz | 191.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sh0.ent.gz | 152.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sh0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3sh0_validation.pdf.gz | 843.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3sh0_full_validation.pdf.gz | 852.7 KB | Display | |
Data in XML | 3sh0_validation.xml.gz | 22.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3sh0_validation.cif.gz | 32.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/3sh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/3sh0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3sgtC 3sgvC 3sgxC 4h2jC 4h2mC 4h2oC 4h38C 4h3aC 4h3cC 4h8eC 2e98S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28481.127 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: uppS, ispU, rth, yaeS, b0174, JW0169 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P60472, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 50mM HEPES, pH 7.5, 5% PEG 4,000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9787 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 6, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.84→50 Å / Num. obs: 42560 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.737 / Net I/σ(I): 8.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2E98 Resolution: 1.84→35.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.469 / SU ML: 0.076 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.123 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.03 Å2 / Biso mean: 30.229 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→35.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.84→1.887 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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