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万見
- PDB-3s7q: Crystal Structure of a Monomeric Infrared Fluorescent Deinococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s7q
タイトルCrystal Structure of a Monomeric Infrared Fluorescent Deinococcus radiodurans Bacteriophytochrome chromophore binding domain
要素Bacteriophytochrome
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / BILIVERDIN / PAS / GAF / phytochrome / bacteriophytochrome / photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / protein kinase activator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / PAS domain ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / Chem-LBW / PHOSPHATE ION / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.748 Å
データ登録者Auldridge, M.E. / Satyshur, K.A. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure-guided engineering enhances a phytochrome-based infrared fluorescent protein.
著者: Auldridge, M.E. / Satyshur, K.A. / Anstrom, D.M. / Forest, K.T.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6596
ポリマ－37,2081
非ポリマー1,4505
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.129, 55.072, 69.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37208.332 Da / 分子数: 1
断片: monomeric chromophore binidng domain (UNP Residues 1-321)
変異: F145S, D207H, Y263F, L311E, L314E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase

-
非ポリマー , 5種, 321分子

#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 化合物 ChemComp-LBW / 3-[2-[(Z)-[5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-pyrrol-1-ium-2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E,4R)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 3% v/v PEG 1000, 20% v/v ethanol, 6% v/v glycerol, 0.1M phosphate citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.6 % / 数: 132344 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.06 / D res high: 1.76 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 36487 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.773098.710.0340.9213.5
3.794.7799.910.0391.133.6
3.313.7999.910.0521.413.6
3.013.3199.910.0541.4193.6
2.793.0199.910.0511.3183.6
2.632.7999.910.0591.3353.6
2.52.6399.910.071.2363.6
2.392.599.910.081.4333.6
2.32.3910010.0791.2833.6
2.222.310010.0821.2853.7
2.152.2210010.0831.1093.6
2.092.1510010.0881.0253.6
2.032.0910010.0930.9253.6
1.982.0310010.1080.933.6
1.941.9810010.120.8913.6
1.91.9410010.1350.8153.6
1.861.910010.1630.763.7
1.821.8610010.1750.6973.6
1.791.8210010.2040.6783.7
1.761.7910010.2250.6383.6
反射解像度: 1.748→30 Å / Num. all: 36722 / Num. obs: 36431 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.748→1.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.225 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 46.08 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.45 Å
Translation2.5 Å28.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O9C

2o9c


解像度: 1.748→27.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.572 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21693 1822 5 %RANDOM
Rwork0.18734 ---
obs0.18881 34609 99.18 %-
all-36431 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 18.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.748→27.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 103 316 2783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9993519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9653.0024214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1885328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.41723.119109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20215390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0361521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.51583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0621.5627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19922559
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.423978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4164.5947
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.748→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 113 -
Rwork0.199 2268 -
obs--91.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6631-0.4752-0.05840.4440.39331.2653-0.0818-0.0957-0.0217-0.02030.07040.0181-0.1996-0.00020.01140.1131-0.0243-0.0180.04560.00510.0328-9.190236.410521.4264
20.64750.39560.4450.43380.1350.42270.0816-0.10150.04860.0185-0.06050.08730.0483-0.0584-0.0210.0761-0.0301-0.00260.05390.00120.064-20.442320.754710.5859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2A138 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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