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- PDB-3rze: Structure of the human histamine H1 receptor in complex with doxepin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rze
タイトルStructure of the human histamine H1 receptor in complex with doxepin
要素Histamine H1 receptor, Lysozyme chimera
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Membrane Protein / GPCR Network / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


Histamine receptors / histamine receptor activity / regulation of vascular permeability / cellular response to histamine / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / visual learning / regulation of synaptic plasticity ...Histamine receptors / histamine receptor activity / regulation of vascular permeability / cellular response to histamine / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / visual learning / regulation of synaptic plasticity / memory / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / dendrite / synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histamine H1 receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily ...Histamine H1 receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5EH / Chem-D7V / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Endolysin / Histamine H1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shimamura, T. / Han, G.W. / Shiroishi, M. / Weyand, S. / Tsujimoto, H. / Winter, G. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Liu, W. ...Shimamura, T. / Han, G.W. / Shiroishi, M. / Weyand, S. / Tsujimoto, H. / Winter, G. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Liu, W. / Kobayashi, T. / Stevens, R. / Iwata, S. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of the human histamine H1 receptor complex with doxepin.
著者: Shimamura, T. / Shiroishi, M. / Weyand, S. / Tsujimoto, H. / Winter, G. / Katritch, V. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Liu, W. / Han, G.W. / Kobayashi, T. / Stevens, R.C. / Iwata, S.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histamine H1 receptor, Lysozyme chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5837
ポリマ－52,3831
非ポリマー1,2006
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.144, 88.144, 331.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histamine H1 receptor, Lysozyme chimera / H1R / HH1R / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 52382.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: HRH1, E / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: P35367, UniProt: P00720, lysozyme

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非ポリマー , 5種, 8分子

#2: 化合物 ChemComp-5EH / (3E)-3-(dibenzo[b,e]oxepin-11(6H)-ylidene)-N,N-dimethylpropan-1-amine / (E)-ドキセピン


分子量: 279.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21NO / コメント: 薬剤, 抗うつ薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-D7V / (3Z)-3-(dibenzo[b,e]oxepin-11(6H)-ylidene)-N,N-dimethylpropan-1-amine / (Z)-ドキセピン


分子量: 279.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21NO / コメント: 抗うつ薬*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE PROTEIN IS A FUSION PROTEIN WITH RESIDUES ASN1002-TYR1161 OF T4 LYSOZYME INSERTED BETWEEN ...THE PROTEIN IS A FUSION PROTEIN WITH RESIDUES ASN1002-TYR1161 OF T4 LYSOZYME INSERTED BETWEEN CYS221 AND LEU450 OF H1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.99 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.5
詳細: 26-30% PEG400, 300mM ammonium phosphate, 10mM MgCl2, 100mM Na-citrate pH 4.5, 1mM doxepin, Lipidic cubic phase, 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月1日
放射モノクロメーター: ACCEL Fixed Exit Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→34.5 Å / Num. all: 12152 / Num. obs: 12152 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 69.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.4 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RH1

2rh1


解像度: 3.1→34.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8823 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8616 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 797 6.64 %RANDOM
Rwork0.2145 ---
obs0.217 11996 --
all-12152 --
原子変位パラメータBiso mean: 89.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.1276 Å20 Å20 Å2
2---8.1276 Å20 Å2
3---16.2553 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.625 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3481 0 72 2 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013640HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.214934HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1232SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes62HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes522HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3580HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.77
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion471SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4168SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.4 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 198 6.99 %
Rwork0.2343 2636 -
all0.2369 2834 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47-0.24570.64120.6106-0.69455.23070.1370.27840.0552-0.39490.0854-0.18550.1989-0.5442-0.22230.23240.0062-0.06540.09440.1063-0.30414.133433.539830.6388
22.86132.0242-0.44961.6343-0.28411.3082-0.17230.1254-0.256-0.28810.0967-0.22620.2478-0.01640.0756-0.10150.00060.0152-0.2329-0.0250.07135.967117.031870.5261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|28 - A|485 }A28 - 485
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1002 - A|1161 }A1002 - 1161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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