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万見
- PDB-3ro5: Crystal structure of influenza A virus nucleoprotein with ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ro5
タイトルCrystal structure of influenza A virus nucleoprotein with ligand
要素Nucleocapsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza nucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LGH / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Pearce, B.C. / Edavettal, S. / McDonnell, P.A. / Lewis, H.A. / Steinbacher, S. / Baldwin, E.T. / Langley, D.R. / Maskos, K. / Mortl, M. / Kiefersauer, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Inhibition of influenza virus replication via small molecules that induce the formation of higher-order nucleoprotein oligomers.
著者: Gerritz, S.W. / Cianci, C. / Kim, S. / Pearce, B.C. / Deminie, C. / Discotto, L. / McAuliffe, B. / Minassian, B.F. / Shi, S. / Zhu, S. / Zhai, W. / Pendri, A. / Li, G. / Poss, M.A. / ...著者: Gerritz, S.W. / Cianci, C. / Kim, S. / Pearce, B.C. / Deminie, C. / Discotto, L. / McAuliffe, B. / Minassian, B.F. / Shi, S. / Zhu, S. / Zhai, W. / Pendri, A. / Li, G. / Poss, M.A. / Edavettal, S. / McDonnell, P.A. / Lewis, H.A. / Maskos, K. / Mortl, M. / Kiefersauer, R. / Steinbacher, S. / Baldwin, E.T. / Metzler, W. / Bryson, J. / Healy, M.D. / Philip, T. / Zoeckler, M. / Schartman, R. / Sinz, M. / Leyva-Grado, V.H. / Hoffmann, H.H. / Langley, D.R. / Meanwell, N.A. / Krystal, M.
履歴
登録2011年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22011年9月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5264
ポリマ－113,6122
非ポリマー9142
水54030
1
A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子

A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子

A: Nucleocapsid protein
B: Nucleocapsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,57812
ポリマ－340,8366
非ポリマー2,7416
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area30360 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area98300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.200, 146.200, 146.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein


分子量: 56806.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / 遺伝子: NP / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1K9H2
#2: 化合物 ChemComp-LGH / [4-(2-chloro-4-nitrophenyl)piperazin-1-yl][3-(2-methoxyphenyl)-5-methyl-1,2-oxazol-4-yl]methanone


分子量: 456.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21ClN4O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.25
詳細: 0.16 M NaCl, 0.1 M NaCitrate, 15% PEG 4000, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→48.74 Å / Num. obs: 30097 / Observed criterion σ(I): 2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→48.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / WRfactor Rfree: 0.2488 / WRfactor Rwork: 0.2202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7706 / SU B: 13.559 / SU ML: 0.286 / SU R Cruickshank DPI: 0.9543 / SU Rfree: 0.3587 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2804 1527 5.1 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.2468 30097 99.89 %-
all-30097 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.38 Å2 / Biso mean: 50.6486 Å2 / Biso min: 17.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6247 0 64 30 6341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0216448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8621.9658742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.355842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34723.455246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29915989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2621542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024859
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1690.22724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.24487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.37224314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6692.56687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.44932445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7494.52055
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.73 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 111 -
Rwork0.334 2088 -
all-2199 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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