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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3re4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Archaeoglobus Fulgidus Rio1 Kinase bound to Toyocamycin. | ||||||
![]() | RIO-type serine/threonine-protein kinase Rio1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Atypical Kinase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() preribosome, small subunit precursor / maturation of SSU-rRNA / non-specific serine/threonine protein kinase / hydrolase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kiburu, I.N. / LaRonde-LeBlanc, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interaction of rio1 kinase with toyocamycin reveals a conformational switch that controls oligomeric state and catalytic activity. 著者: Kiburu, I.N. / Laronde-Leblanc, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30137.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O28471, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 24% PEG 3350, 0.2 M Mg (CH3COO)2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.997→34.943 Å / Num. all: 30275 / Num. obs: 30275 / % possible obs: 97.14 % / Observed criterion σ(F): 1.36 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 5.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.598 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.997→34.943 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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