PDB-3r77: Crystal structure of the D38A mutant of isochorismatase PhzD from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r77

タイトル

Crystal structure of the D38A mutant of isochorismatase PhzD from Pseudomonas fluorescens 2-79 in complex with 2-amino-2-desoxyisochorismate ADIC

要素

Probable isochorismatase

キーワード

HYDROLASE / isochorismatase / phenazine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilic acid synthase / isochorismatase activity / phenazine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Li, Q.A. / Mavrodi, D.V. / Thomashow, L.S. / Roessle, M. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Ligand Binding Induces an Ammonia Channel in 2-Amino-2-desoxyisochorismate (ADIC) Synthase PhzE.
著者: Li, Q.A. / Mavrodi, D.V. / Thomashow, L.S. / Roessle, M. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2011年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r77.cif.gz	179.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r77.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r74C 3r75C 3r76C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nf8-1 5j9l-d 6b2x-1 1nf9-1 1iol-d 3l38-d 4pag-2 3nsh-3 4i0i-3 3dhe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable isochorismatase

B: Probable isochorismatase

ヘテロ分子

47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.480, 72.100, 78.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable isochorismatase / 2 / 3 dihydro-2 / 3 dihydroxybenzoate synthase 分子量: 23248.461 Da / 分子数: 2 / 変異: D38A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: phzD / プラスミド: pET19modTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: Q51790, isochorismatase
#2: 化合物	ChemComp-QLI / (5S,6S)-6-amino-5-[(1-carboxyethenyl)oxy]cyclohexa-1,3-diene-1-carboxylic acid / 2-amino-2-deoxy-isochorismic acid / (5S)-5α-(1-カルボキシエテニルオキシ)-6β-アミノ-1,3-シクロヘキサジエン-1-カルボン酸分子量: 225.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁NO₅
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Na-acetate, 25% (w/v) PEG 4000, soaking with 1 mM ADIC for 60 minutes, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.542 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.542 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→49.653 Å / Num. obs: 31346 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 20.851 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.9-2		0.219	4.92	19860	8329	98.2
2-2.1		0.118	8.49	16529	6808	98
2.1-2.2		0.079	11.89	13875	5629	97.8
2.2-2.3		0.062	14.72	11483	4622	97.4
2.3-2.4		0.054	16.6	9922	3942	97.4
2.4-2.5		0.05	17.9	8275	3294	97.3
2.5-3		0.036	22	27309	10741	97.5
3-4		0.025	31.66	21904	8570	98
4-5		0.022	37.55	7876	3053	98.2
5-6		0.023	32.78	3526	1356	98.3
6-7		0.022	31.17	1784	685	97.6
7-8		0.02	35.98	1025	388	98.5
8-10		0.019	38.88	990	374	96.9
10-12		0.019	40.96	437	166	97.1
12-15		0.018	37.12	294	112	97.4
	15	0.017	23.93	142	71	58.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 5.466 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1918	1586	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1426	-	-	-
obs	0.1451	31334	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.58 Å² / B_iso mean: 27.3776 Å² / B_iso min: 14.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3197	0	36	454	3687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.904	1.953	4622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.973	3.001	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.258	5	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.516	23.247	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.371	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.657	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.051	1.5	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.393	1.5	824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.666	2	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.833	3	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.203	4.5	1246

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	128	-
R_work	0.252	2143	-
all	-	2271	-
obs	-	-	99.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5396	0.207	-0.192	0.8064	0.0734	0.529	-0.0023	-0.0012	-0.0248	-0.0034	-0.013	-0.094	0.007	0.0704	0.0152	-0.0008	0.0025	-0.0007	0.0137	0.0016	0.0158	98.5058	52.3061	17.1712
2	0.4672	-0.1404	-0.0493	0.7123	0.1327	0.789	-0.0033	-0.0067	-0.0171	0.072	-0.0337	0.1111	0.0441	-0.135	0.037	0.0109	-0.0128	0.0152	0.0271	-0.005	0.025	72.5849	51.455	22.2694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 206
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 206
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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