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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qur | ||||||
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タイトル | Crystal structure of fosfomycin resistance kinase FomA from Streptomyces wedmorensis complexed with MgADP and fosfomycin monophosphate | ||||||
要素 | FomA protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / fosfomycin / antibiotic resistance / phosphoryl transfer / kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / glutamate 5-kinase activity / proline biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces wedmorensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: Structural and biochemical insights into the mechanism of fosfomycin phosphorylation by fosfomycin resistance kinase FomA. 著者: Pakhomova, S. / Bartlett, S.G. / Doerner, P.A. / Newcomer, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qur.cif.gz | 118.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qur.ent.gz | 89.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qur.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qur_validation.pdf.gz | 785.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qur_full_validation.pdf.gz | 791.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qur_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qur_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3qur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/3qur | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30876.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces wedmorensis (バクテリア) 遺伝子: fomA, fosfomycin resistance kinase / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56187 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-FM4 / [( |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE DEPOSITED SEQUENCE UNPROT ENTRY Q56187 IS WRONG AT POSITION 31 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 17 % PEG3350, 25 % glycerol, 0.1 M MES, 10 mM ADP, 50 mM MgCl2, 10mM fosfomycin monophosphate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38079 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38079 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→50 Å / Num. all: 47552 / Num. obs: 47552 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4167 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3D40 解像度: 1.57→35.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.677 / SU ML: 0.042 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.072 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→35.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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