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- PDB-3qri: The crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qri
タイトルThe crystal structure of human abl1 kinase domain in complex with DCC-2036
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ABL1 / KINASE / KINASE DOMAIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / transitional one stage B cell differentiation ...: / positive regulation of actin filament binding / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DNA conformation change / podocyte apoptotic process / DN4 thymocyte differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / response to epinephrine / transitional one stage B cell differentiation / activation of protein kinase C activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / regulation of modification of synaptic structure / positive regulation of microtubule binding / delta-catenin binding / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of extracellular matrix organization / neuroepithelial cell differentiation / microspike assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / mitochondrial depolarization / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / regulation of cell motility / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / positive regulation of dendrite development / mitogen-activated protein kinase binding / myoblast proliferation / syntaxin binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / regulation of T cell differentiation / regulation of axon extension / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Myogenesis / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of osteoblast proliferation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of focal adhesion assembly / associative learning / Bergmann glial cell differentiation / neuromuscular process controlling balance / regulation of endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / actin monomer binding / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of cell adhesion / BMP signaling pathway / mismatch repair / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction / : / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / four-way junction DNA binding / positive regulation of vasoconstriction / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / ruffle / positive regulation of establishment of T cell polarity / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of endothelial cell migration / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of mitotic cell cycle / SH2 domain binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / post-embryonic development / thymus development / regulation of autophagy / neural tube closure / establishment of localization in cell / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-919 / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chan, W.W. / Wise, S.C. / Kaufman, M.D. / Ahn, Y.M. / Ensinger, C.L. / Haack, T. / Hood, M.M. / Jones, J. / Lord, J.W. / Lu, W.P. ...Chan, W.W. / Wise, S.C. / Kaufman, M.D. / Ahn, Y.M. / Ensinger, C.L. / Haack, T. / Hood, M.M. / Jones, J. / Lord, J.W. / Lu, W.P. / Miller, D. / Patt, W.C. / Smith, B.D. / Petillo, P.A. / Rutkoski, T.J. / Telikepalli, H. / Vogeti, L. / Yao, T. / Chun, L. / Clark, R. / Evangelista, P. / Gavrilescu, L.C. / Lazarides, K. / Zaleskas, V.M. / Stewart, L.J. / Van Etten, R.A. / Flynn, D.L.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2011
タイトル: Conformational Control Inhibition of the BCR-ABL1 Tyrosine Kinase, Including the Gatekeeper T315I Mutant, by the Switch-Control Inhibitor DCC-2036.
著者: Chan, W.W. / Wise, S.C. / Kaufman, M.D. / Ahn, Y.M. / Ensinger, C.L. / Haack, T. / Hood, M.M. / Jones, J. / Lord, J.W. / Lu, W.P. / Miller, D. / Patt, W.C. / Smith, B.D. / Petillo, P.A. / ...著者: Chan, W.W. / Wise, S.C. / Kaufman, M.D. / Ahn, Y.M. / Ensinger, C.L. / Haack, T. / Hood, M.M. / Jones, J. / Lord, J.W. / Lu, W.P. / Miller, D. / Patt, W.C. / Smith, B.D. / Petillo, P.A. / Rutkoski, T.J. / Telikepalli, H. / Vogeti, L. / Yao, T. / Chun, L. / Clark, R. / Evangelista, P. / Gavrilescu, L.C. / Lazarides, K. / Zaleskas, V.M. / Stewart, L.J. / Van Etten, R.A. / Flynn, D.L.
履歴
登録2011年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3756
ポリマ－64,2212
非ポリマー1,1534
水7,206400
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7104
ポリマ－32,1111
非ポリマー6003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6642
ポリマ－32,1111
非ポリマー5541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子

B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3756
ポリマ－64,2212
非ポリマー1,1534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.260, 59.700, 79.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 32110.734 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain, UNP residues 229-499 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-919 / 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide / DCC-2036 / レバスチニブ


分子量: 553.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H28FN7O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 32% PEG 3000, 100MM TRIS PH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月7日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→75 Å / Num. all: 32265 / Num. obs: 31426 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Abl kinase

解像度: 2.1→57.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 7.114 / SU ML: 0.194 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1540 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.216 32265 --
obs0.216 32074 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20 Å20.85 Å2
2---1 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→57.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4329 0 84 400 4813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9786242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85737527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5995554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.28524.126206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15415792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0141521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02926
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4821.52706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0671.51088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.924371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08731885
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7944.51861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 98 -
Rwork0.197 1695 -
obs--77.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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