PDB-3q82: Meropenem acylated BlaR1 sensor domain from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q82

タイトル

Meropenem acylated BlaR1 sensor domain from Staphylococcus aureus

要素

Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

キーワード

HYDROLASE REGULATOR/ANTIBIOTIC / antibiotic-binding / MRSA / antibiotic-binding-antibiotic complex / HYDROLASE REGULATOR-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Borbulevych, O.Y. / Mobashery, S. / Baker, B.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Lysine Nzeta-decarboxylation switch and activation of the beta-lactam sensor domain of BlaR1 protein of methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
著者: Borbulevych, O. / Kumarasiri, M. / Wilson, B. / Llarrull, L.I. / Lee, M. / Hesek, D. / Shi, Q. / Peng, J. / Baker, B.M. / Mobashery, S.

履歴

登録	2011年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月16日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2013年1月9日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q82.cif.gz	216.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q82.ent.gz	182.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q82_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q82_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3q82_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	3q82_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q7vC 3q7zC 3q81C 1xa1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q7v-2 3uy6-1 3q81-2 3uy6-2 3q7z-2 3q81-1 1xa7-2 1xa1-2 3q7v-1 5exk-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

B: Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

60.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.801, 108.087, 56.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase regulatory protein BlaR1 / Bla regulator protein blaR1 分子量: 29585.252 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 332-583 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: blaR1, VRA0048 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WU28, UniProt: P18357*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form 分子量: 385.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₅S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000 30%, TRIS 0.1M, NH4SSO4 0.2M, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月12日

放射

モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 30922 / Num. obs: 28047 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	2.9	0.301	1	62
2.14-2.17	3	0.251	1	65.3
2.17-2.22	3.1	0.261	1	70.1
2.22-2.26	3.1	0.239	1	75.7
2.26-2.31	3.2	0.224	1	79.5
2.31-2.36	3.3	0.217	1	84.7
2.36-2.42	3.5	0.196	1	88.1
2.42-2.49	3.5	0.18	1	93.3
2.49-2.56	3.5	0.174	1	98.3
2.56-2.64	3.7	0.149	1	99.9
2.64-2.74	3.8	0.129	1	100
2.74-2.85	3.8	0.113	1	100
2.85-2.98	3.8	0.102	1	100
2.98-3.13	3.8	0.088	1	99.9
3.13-3.33	3.8	0.081	1	100
3.33-3.59	3.8	0.075	1	100
3.59-3.94	3.7	0.074	1	99.5
3.94-4.51	3.6	0.052	1	97.8
4.51-5.66	3.7	0.038	1	98.9
5.66-20	3.7	0.051	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.368 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.2813 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23405	1406	5 %	RANDOM
R_work	0.18336	-	-	-
obs	0.18586	26615	90.34 %	-
all	-	31017	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.195 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	-2.34 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4172	0	82	127	4381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.952	5867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.527	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.554	25.225	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.788	15	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.545	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.678	1.5	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.272	2	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.242	3	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.609	4.5	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.098→2.152 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	71	-
R_work	0.21	1292	-
obs	-	-	60.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8303	-0.5151	0.6794	1.8994	0.125	1.9966	-0.0192	-0.0788	0.032	0.1069	-0.0016	0.0334	0.0063	-0.0166	0.0207	0.0077	-0.0038	0.0026	0.0092	-0.0024	0.0015	-6.275	-0.662	23.169
2	1.501	0.2249	0.0352	2.4297	-0.6115	3.0413	-0.0185	0.0897	-0.0952	-0.0732	-0.0402	0.0055	0.1119	0.054	0.0587	0.0592	0.004	-0.0366	0.0256	0.0084	0.0596	-17.591	-25.297	-1.028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 254
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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