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Yorodumi- PDB-3q82: Meropenem acylated BlaR1 sensor domain from Staphylococcus aureus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q82 | ||||||
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Title | Meropenem acylated BlaR1 sensor domain from Staphylococcus aureus | ||||||
Components | Beta-lactamase regulatory protein BlaR1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE REGULATOR/ANTIBIOTIC / antibiotic-binding / MRSA / antibiotic-binding-antibiotic complex / HYDROLASE REGULATOR-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information penicillin binding / cell wall organization / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Borbulevych, O.Y. / Mobashery, S. / Baker, B.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Lysine Nzeta-decarboxylation switch and activation of the beta-lactam sensor domain of BlaR1 protein of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Authors: Borbulevych, O. / Kumarasiri, M. / Wilson, B. / Llarrull, L.I. / Lee, M. / Hesek, D. / Shi, Q. / Peng, J. / Baker, B.M. / Mobashery, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3q82.cif.gz | 216.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3q82.ent.gz | 182.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3q82.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3q82_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3q82_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 3q82_validation.xml.gz | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3q82_validation.cif.gz | 30.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/3q82 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29585.252 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 332-583 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: blaR1, VRA0048 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q7WU28, UniProt: P18357*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: PEG4000 30%, TRIS 0.1M, NH4SSO4 0.2M, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 12, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→20 Å / Num. all: 30922 / Num. obs: 28047 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.368 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.2813 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.21 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.195 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.098→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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