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万見
- PDB-3q3t: Alkyl Amine Renin Inhibitors: Filling S1 from S3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q3t
タイトルAlkyl Amine Renin Inhibitors: Filling S1 from S3
要素Renin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / aspartate protease / hypertension / renin inhibitors / glycoprotein / zymogen / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process ...renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / response to cAMP / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / insulin-like growth factor receptor binding / regulation of blood pressure / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wu, Z. / McKeever, B.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Biphenyl/diphenyl ether renin inhibitors: Filling the S1 pocket of renin via the S3 pocket.
著者: Yuan, J. / Simpson, R.D. / Zhao, W. / Tice, C.M. / Xu, Z. / Cacatian, S. / Jia, L. / Flaherty, P.T. / Guo, J. / Ishchenko, A. / Wu, Z. / McKeever, B.M. / Scott, B.B. / Bukhtiyarov, Y. / ...著者: Yuan, J. / Simpson, R.D. / Zhao, W. / Tice, C.M. / Xu, Z. / Cacatian, S. / Jia, L. / Flaherty, P.T. / Guo, J. / Ishchenko, A. / Wu, Z. / McKeever, B.M. / Scott, B.B. / Bukhtiyarov, Y. / Berbaum, J. / Panemangalore, R. / Bentley, R. / Doe, C.P. / Harrison, R.K. / McGeehan, G.M. / Singh, S.B. / Dillard, L.W. / Baldwin, J.J. / Claremon, D.A.
履歴
登録2010年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月31日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3258
ポリマ－74,5342
非ポリマー1,7916
水2,522140
1
A: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3565
ポリマ－37,2671
非ポリマー1,0894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9693
ポリマ－37,2671
非ポリマー7022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.253, 97.585, 148.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 37267.008 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 67-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN, renin / プラスミド: PCDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 144分子

#3: 化合物 ChemComp-RX0 / [(1S,3R,4S)-3-amino-4-hydroxycyclopentyl]{(3R)-3-[(1S)-1-(biphenyl-2-yl)-1-hydroxy-5-methoxypentyl]piperidin-1-yl}methanone


分子量: 480.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H40N2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化温度: 278 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium sulfate, 18-26% w/v PEG3550, 5 mg/mL renin, 1 mm inhibitor, pH 7.0-8.0, HANGING DROP, temperature 278K
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9764
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.359 Å / Num. obs: 24777 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.572 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.692.90.29222581.508192
2.69-2.83.60.26424101.448198.5
2.8-2.934.10.19924531.4561100
2.93-3.084.10.1524521.4891100
3.08-3.284.10.11624881.5681100
3.28-3.5340.08124791.5731100
3.53-3.8840.06225101.581100
3.88-4.4540.04725071.5971100
4.45-5.640.04125481.5821100
5.6-46.3593.70.04526721.88199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GW5

3gw5


解像度: 2.6→46.359 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.513 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.937 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1263 5.1 %RANDOM
Rwork0.2004 ---
obs0.2039 24725 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.37 Å2 / Biso mean: 31.43 Å2 / Biso min: 8.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å20 Å20 Å2
2--3.9 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5164 0 124 140 5428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.9797356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4795667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3424.118221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.65415856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7751.53307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48225345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10632112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5784.52011
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 97 -
Rwork0.271 1527 -
all-1624 -
obs--90.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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