PDB-3pdi: Precursor bound NifEN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pdi

タイトル

Precursor bound NifEN

要素

Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE
Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

キーワード

PROTEIN BINDING / Nitrogenase Cofactor maturation / NifB / NifDK / NifH

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogenase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein-containing complex assembly / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacement/SAD / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kaiser, J.T. / Hu, Y. / Wiig, J.A. / Rees, D.C. / Ribbe, M.W.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Structure of Precursor-Bound NifEN: A Nitrogenase FeMo Cofactor Maturase/Insertase.
著者: Kaiser, J.T. / Hu, Y. / Wiig, J.A. / Rees, D.C. / Ribbe, M.W.

履歴

登録	2010年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pdi.cif.gz	656.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pdi.ent.gz	527.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5u1j-d 4cuc-1 21580 5aeg-d 2ib6-d 6yyh-d 1gju-1 2ib6-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE

B: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

C: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE

D: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

E: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE

F: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

G: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE

H: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

ヘテロ分子

414 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE

B: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

C: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE

D: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE

F: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

G: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE

H: Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.070, 95.220, 149.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 4:435 )
2	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 4:435 )
3	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 4:435 )
4	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 4:435 )
1	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 24:450 )
2	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 24:450 )
3	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 24:450 )
4	1	2	CHAIN G AND (RESSEQ 24:450 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE 分子量: 53046.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 株: DJ / ATCC BAA-1303 / 遺伝子: Avin_01450, nifE / 発現宿主: Azotobacter Vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DH03
#2: タンパク質	Nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifN 分子量: 49301.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 株: DJ / ATCC BAA-1303 / 遺伝子: Avin_01470, nifN / 発現宿主: Azotobacter Vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DH04
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-CZL / L-Cluster (Fe8S9) 分子量: 741.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₈H₆S₉

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnersium Nitrate, pH 7.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.033, 1.738

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月25日

放射

モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.033	1
2	1.738	1

反射

解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 139605 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度: 2.4→2.4274 Å / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: molecular replacement/SAD / 解像度: 2.4→39.829 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3407	13820	9.9 %
R_work	0.2944	-	-
obs	0.299	139605	87.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.368 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8036 Å²	-0 Å²	0.1782 Å²
2-	-	-0.9887 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7922 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26012	0	100	0	26112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	26640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.705	36252
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.397	9740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114	4128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	4740

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	3223	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	3223	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
1	3	F	3223	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
1	4	H	3223	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
2	1	A	3280	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	C	3280	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
2	3	E	3280	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
2	4	G	3280	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4274	0.3955	66	0.2965	625	X-RAY DIFFRACTION	13
2.4274-2.4559	0.3546	136	0.3041	1248	X-RAY DIFFRACTION	26
2.4559-2.4859	0.3831	197	0.3395	1810	X-RAY DIFFRACTION	38
2.4859-2.5173	0.355	236	0.3548	2347	X-RAY DIFFRACTION	48
2.5173-2.5505	0.3885	299	0.3662	2922	X-RAY DIFFRACTION	61
2.5505-2.5854	0.3897	357	0.3627	3334	X-RAY DIFFRACTION	69
2.5854-2.6223	0.3998	457	0.341	3787	X-RAY DIFFRACTION	80
2.6223-2.6615	0.3969	465	0.3382	4229	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6615-2.703	0.3964	504	0.3337	4587	X-RAY DIFFRACTION	96
2.703-2.7473	0.3867	501	0.3312	4687	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7473-2.7947	0.3686	528	0.3327	4713	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7947-2.8455	0.3765	478	0.3143	4797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8455-2.9002	0.3805	524	0.3171	4781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9002-2.9594	0.3751	566	0.3223	4762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.0237	0.3555	520	0.3163	4774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0237-3.094	0.3781	510	0.3229	4790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.1714	0.3725	564	0.3334	4809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1714-3.2571	0.3576	521	0.3349	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-3.3529	0.3994	527	0.3216	4823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3529-3.4611	0.3681	540	0.3114	4783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4611-3.5847	0.3703	516	0.3211	4825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5847-3.7281	0.4161	527	0.3425	4732	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7281-3.8976	0.3222	553	0.2781	4770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8976-4.1029	0.316	541	0.2743	4811	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1029-4.3597	0.311	542	0.266	4832	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3597-4.6958	0.2812	527	0.2493	4852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6958-5.1675	0.2998	530	0.2512	4832	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1675-5.9132	0.3004	545	0.2601	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9132-7.442	0.3045	524	0.2572	4893	X-RAY DIFFRACTION	100
7.442-39.8345	0.2579	519	0.228	5001	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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