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- PDB-3pc4: Full length structure of cystathionine beta-synthase from Drosoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pc4
タイトルFull length structure of cystathionine beta-synthase from Drosophila in complex with serine
要素CG1753, isoform A
キーワードLYASE / CBS / Synthase / PLP / Heme / Carbanion
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine formation from homocysteine / cystathionine beta-synthase / cysteine biosynthetic process via cystathionine / cystathionine beta-synthase activity / homocysteine metabolic process / cysteine biosynthetic process from serine / nitrite reductase (NO-forming) activity / response to endoplasmic reticulum stress / determination of adult lifespan / transferase activity ...Cysteine formation from homocysteine / cystathionine beta-synthase / cysteine biosynthetic process via cystathionine / cystathionine beta-synthase activity / homocysteine metabolic process / cysteine biosynthetic process from serine / nitrite reductase (NO-forming) activity / response to endoplasmic reticulum stress / determination of adult lifespan / transferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase / CBS-domain / CBS-domain / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme ...Cystathionine beta-synthase / CBS-domain / CBS-domain / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-KOU / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Koutmos, M. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for substrate activation and regulation by cystathionine beta-synthase (CBS) domains in cystathionine {beta}-synthase.
著者: Koutmos, M. / Kabil, O. / Smith, J.L. / Banerjee, R.
履歴
登録2010年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月26日Group: Derived calculations
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG1753, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4444
ポリマ－57,4701
非ポリマー9743
水10,773598
1
A: CG1753, isoform A
ヘテロ分子

A: CG1753, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8878
ポリマ－114,9402
非ポリマー1,9476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9190 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area38220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.947, 137.935, 75.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CG1753, isoform A / CG1753 / isoform B / LD21426p


分子量: 57469.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG1753, Dmel_CG1753 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9VRD9, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-KOU / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-serine


分子量: 334.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O8P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE UNBIASED ELECTRON DENSITY MAPS IN THE ABSENCE OF THE LIGAND KOU SUGGEST THAT BEST MODELED ...THE UNBIASED ELECTRON DENSITY MAPS IN THE ABSENCE OF THE LIGAND KOU SUGGEST THAT BEST MODELED LIGAND IS THAT OF A CARBANION WITH A PLANAR C-ALPHA. BIOCHEMICAL DATA SUPPORTS THE ROLE OF LYSINE 88 IN DEPROTONATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 23% PEG 3350, 0.2 Li2SO4, 100 mM BIS-TRIS 6.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 53048 / Num. obs: 52465 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.814 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.765.30.48251140.95198.1
1.76-1.835.40.35151520.956198
1.83-1.915.40.23951590.947198.5
1.91-2.025.50.16752050.95198.8
2.02-2.145.50.1252000.927198.7
2.14-2.315.50.152340.958199.3
2.31-2.545.50.07652500.783199.3
2.54-2.915.40.05952920.689199.5
2.91-3.665.40.04853340.628199.8
3.66-505.20.03555250.377199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-IceEpicsデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3PC2

3pc2


解像度: 1.7→41.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2207 / WRfactor Rwork: 0.1947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8714 / SU B: 2.069 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1177 / SU Rfree: 0.1067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 2669 5.1 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.18 52462 98.86 %-
all-53081 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.43 Å2 / Biso mean: 23.1731 Å2 / Biso min: 8.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3865 0 66 598 4529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2772.0135462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8795505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5624.845161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3515699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4831522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7131.52515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30624066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96931501
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2794.51395
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 178 -
Rwork0.232 3541 -
all-3719 -
obs--96.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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