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万見
- PDB-3ogt: Design, Chemical synthesis, Functional characterization and Cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogt
タイトルDesign, Chemical synthesis, Functional characterization and Crystal structure of the sidechain analogue of 1,25-dihydroxyvitamin D3.
要素Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / Vitamin D / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding ...regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / bile acid signaling pathway / intestinal absorption / mammary gland branching involved in pregnancy / nuclear retinoid X receptor binding / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of bone mineralization / lactation / SUMOylation of intracellular receptors / skeletal system development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Nuclear Receptor transcription pathway / cell morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / receptor complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FMV / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Huet, T. / Fraga, R. / Mourino, A. / Moras, D. / Rochel, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Design, Chemical synthesis, Functional characterization and Crystal structure of the sidechain analogue of 1,25-dihydroxyvitamin D3.
著者: Huet, T. / Fraga, R. / Mourino, A. / Moras, D. / Rochel, N.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0254
ポリマ－29,3921
非ポリマー6333
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.018, 51.622, 132.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 29391.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDR, NR1I1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P11473
#2: 化合物 ChemComp-FMV / (1S,3R,5Z,7E,14beta,17alpha,20S)-20-[5-(1-hydroxy-1-methylethyl)furan-2-yl]-9,10-secopregna-5,7,10-triene-1,3-diol / (20S)-1α-ヒドロキシ-20-[5-(1-ヒドロキシ-1-メチルエチル)-2-フラニル]-22,23,24,25(以下略)


分子量: 440.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH6.0, 1.4 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日
放射モノクロメーター: Horizontally diffracting monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 32327 / Num. obs: 32016 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 14.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.75→23.731 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1836 1606 5.05 %RANDOM
Rwork0.1598 ---
obs0.161 31771 99.08 %-
all-32327 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.015 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0291 Å20 Å20 Å2
2--0.6828 Å20 Å2
3---0.3464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→23.731 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 42 365 2425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5022955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.316849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80650.21911500.18862728X-RAY DIFFRACTION100
1.8065-1.8710.20831530.18212709X-RAY DIFFRACTION100
1.871-1.94590.21261490.16412702X-RAY DIFFRACTION100
1.9459-2.03440.17511410.15092740X-RAY DIFFRACTION100
2.0344-2.14160.17651400.13622738X-RAY DIFFRACTION100
2.1416-2.27570.16521290.13882743X-RAY DIFFRACTION100
2.2757-2.45120.1651360.15292772X-RAY DIFFRACTION100
2.4512-2.69760.19421550.16312714X-RAY DIFFRACTION99
2.6976-3.08720.18981640.16922729X-RAY DIFFRACTION99
3.0872-3.88680.17811400.14472764X-RAY DIFFRACTION98
3.8868-23.73320.16861490.16382826X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5598 Å / Origin y: 20.3841 Å / Origin z: 42.0445 Å
111213212223313233
T0.0074 Å2-0.0062 Å2-0.0067 Å2-0.0017 Å2-0.008 Å2--0.0121 Å2
L0.7118 °2-0.118 °20.249 °2-0.6202 °20.0147 °2--0.8884 °2
S-0.0081 Å °-0.0317 Å °0.072 Å °0.0479 Å °-0.0019 Å °-0.0213 Å °-0.0069 Å °0.0163 Å °0.0113 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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