PDB-3o9f: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with kd27

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o9f

タイトル

Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with kd27

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Altman, M.D. / Yilmaz, N.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Refinement description
改定 1.2	2011年11月23日	Group: Structure summary
改定 1.3	2012年5月16日	Group: Refinement description
改定 1.4	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.5	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.7	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o9f.cif.gz	95.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o9f.ent.gz	75.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3o9f_validation.pdf.gz	767.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3o9f_full_validation.pdf.gz	769.4 KB	表示
XML形式データ	3o9f_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	3o9f_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3o99C 3o9aC 3o9bC 3o9cC 3o9dC 3o9eC 3o9gC 3o9hC 3o9iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oxr-d 1g2k-d 1a94-2 3sa3-d 4u7v-d 3o9g-d 6oxt-d 4djp-d 6oxx-d 1mer-d 1mrw-d 3nu6-d 4dqc-d 2qi1-d 3lzs-d 4tvh-d 5upz-d 4mc6-d 2qhy-d 1met-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.773, 57.934, 61.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease (UNP residues 1 to 99) / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: Q90K99, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-K2D / (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(1S,2R)-1-benzyl-3-{(2-ethylbutyl)[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]amino}-2-hydroxypropyl]carbamate 分子量: 590.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₂N₂O₈S
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 20045 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	3.8	0.371	1	79.7
1.76-1.83	6.2	0.3	1	96.5
1.83-1.91	7	0.204	1	97.3
1.91-2.02	7	0.139	1	97.7
2.02-2.14	7	0.101	1	98.2
2.14-2.31	7	0.087	1	99
2.31-2.54	7	0.07	1	99
2.54-2.91	7	0.051	1	99.6
2.91-3.66	7	0.034	1	99.9
3.66-50	6.6	0.025	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry ?

解像度: 1.7→39.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.375 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20364	1018	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16853	-	-	-
obs	0.17028	18989	96.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.563 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	58	137	1689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	2.019	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.824	3	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.331	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.711	25.254	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.769	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.48	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.527	1.5	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.152	1.5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.921	2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.538	3	626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.37	4.5	586
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	60	-
R_work	0.288	1077	-
obs	-	-	76.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2052	-1.5334	0.3936	3.97	-0.36	1.8442	-0.1939	-0.3494	0.0646	0.2906	0.1309	-0.0961	-0.0634	0.0944	0.063	0.0983	0.0383	0.013	0.0841	0.0001	0.0056	20.8431	25.9584	29.5455
2	3.1151	-1.8831	0.1259	1.8479	0.1548	2.2951	-0.1117	-0.0506	-0.3147	0.1501	0.1299	0.2603	0.1761	-0.0676	-0.0182	0.0952	0.005	0.0301	0.0425	0.0241	0.0626	19.5859	17.2854	22.954
3	2.5903	0.6397	1.1171	1.9511	-0.6618	0.958	-0.0423	0.0711	0.0516	0.0485	-0.0323	-0.0607	-0.0581	0.0596	0.0746	0.0694	0.0025	-0.0051	0.0592	0.0011	0.0503	27.7654	28.2567	18.5718
4	3.8546	0.9764	1.1854	3.7339	-0.6158	1.1011	-0.0246	0.0081	-0.0681	-0.0693	0.1031	0.1959	-0.0715	-0.0297	-0.0785	0.0537	0.0127	0.0059	0.0429	0.0095	0.0433	12.4626	26.8992	18.6044
5	0.3458	-2.1524	0.4184	4.3178	1.3284	4.8186	-0.0816	-0.0768	0.1694	0.1344	0.1407	-0.4693	0.0482	0.4166	-0.0591	0.1043	-0.016	-0.0577	0.1695	0.064	0.2537	39.7609	30.4635	24.2455
6	17.246	-4.7231	-4.1347	1.7925	1.5116	0.6899	0.1146	0.2066	-0.381	-0.0186	-0.1515	0.0875	-0.0009	-0.1011	0.0369	0.0233	-0.0181	0.0018	0.0949	0.0042	0.1543	0.7721	21.6366	18.1127
7	5.7731	-0.3069	0.4743	2.6605	2.2975	3.5822	0.0482	0.1803	0.1227	-0.0306	0.1154	-0.3266	-0.0291	0.3316	-0.1635	0.0511	-0.0092	-0.0005	0.0701	0.04	0.0867	39.4574	31.691	10.2631
8	6.2256	-1.7513	-1.7276	6.6362	3.0884	3.8742	0.1125	0.1813	0.0793	-0.121	-0.0739	0.2859	0.0631	-0.4409	-0.0386	0.0309	0.0064	-0.0046	0.1223	0.0695	0.0691	0.3214	34.4501	13.2691
9	8.6424	-1.3001	-1.5567	0.2757	-0.1152	2.8083	-0.011	0.2756	-0.1229	-0.0734	-0.0341	0.0239	-0.0051	0.0711	0.0451	0.1086	-0.0008	0.001	0.0635	0.0014	0.0535	27.4834	31.0056	4.4255
10	4.9176	-1.2784	-1.6264	2.7061	-1.2099	1.5046	0.1195	0.0698	0.1778	0.0271	0.0557	0.1574	-0.0702	-0.0566	-0.1752	0.0728	0.0103	-0.0065	0.0524	0.0027	0.0678	12.5238	39.539	11.5727
11	0.7108	1.0663	-0.7559	1.8268	-0.4711	2.8296	-0.0595	0.0212	0.0631	-0.0266	-0.0615	0.0871	-0.176	-0.023	0.121	0.1179	-0.0186	-0.0309	0.0972	0.0238	0.093	28.9898	33.5827	14.5375
12	4.6607	-2.7443	3.3822	5.2385	-3.8179	3.3426	0.1278	0.2618	-0.0316	-0.2496	-0.0532	0.1143	0.193	0.115	-0.0746	0.055	0.0004	-0.0131	0.0655	0.0058	0.0402	10.4646	29.3197	12.1486
13	2.6015	0.4161	0.6512	3.1722	-1.6232	0.9924	-0.0604	0.0422	0.0015	-0.0384	0.0168	-0.0641	0.0192	0.0127	0.0436	0.0772	0.0078	-0.0007	0.0686	-0.0024	0.0656	28.669	19.2619	19.3734
14	2.4658	-1.7138	-1.6398	1.8926	-0.2487	3.5537	-0.1349	-0.2643	-0.0204	0.0943	0.1902	0.1262	-0.0583	-0.0365	-0.0553	0.0884	0.0656	0.0044	0.143	-0.0099	0.0839	11.8148	28.8312	27.2568
15	0.6281	1.2223	1.3708	9.9318	-11.7128	20.8602	-0.0338	-0.0387	-0.0495	-0.5708	-0.6829	-0.3914	0.5208	0.822	0.7167	0.0519	0.0722	0.054	0.1408	0.044	0.1876	38.7835	22.8837	10.3825
16	8.6919	5.0407	-8.849	8.1173	-5.7371	11.6743	0.4356	-0.3397	0.4075	0.3615	0.066	0.3391	-0.5425	0.0616	-0.5017	0.0599	0.0384	0.0168	0.0913	0.0234	0.1541	1.6678	36.6122	21.3751
17	4.3276	-0.7567	0.3801	15.6965	6.7837	12.4815	0.0485	0.1524	1.5845	0.7778	0.0973	-0.4291	-0.0876	-0.0174	-0.1457	0.0941	-0.01	-0.04	0.0787	0.0543	0.4406	37.6593	24.0983	24.465
18	24.7855	-8.1676	-0.1343	2.1989	1.6128	9.8786	-0.3934	0.4683	-0.1867	0.249	-0.0883	0.0236	0.4931	0.4416	0.4817	0.0902	0.0453	0.0375	0.0987	0.0566	0.1973	2.5683	23.0091	24.4506
19	1.0791	-0.8661	0.6791	2.7565	-0.7112	6.3889	-0.0555	0.0077	0.0267	0.0835	-0.1403	-0.328	0.0706	0.4488	0.1958	0.0211	-0.0011	0.0087	0.0663	0.027	0.1051	36.3017	21.2966	19.5464
20	2.7859	0.6075	-3.6538	5.1264	-1.2799	4.1443	-0.0699	-0.0973	-0.0056	0.2621	0.0903	0.2867	-0.0036	0.0839	-0.0204	0.0473	0.0427	0.001	0.0885	0.0333	0.0821	4.137	28.4677	25.6374
21	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.079	0	0	0.079	0	0.079	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	101

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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