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- PDB-3o9f: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with kd27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o9f
タイトルCrystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with kd27
要素Protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-K2D / PHOSPHATE ION / Gag-Pol polyprotein / Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / : 2013
タイトル: Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Altman, M.D. / Yilmaz, N.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Refinement description
改定 1.22011年11月23日Group: Structure summary
改定 1.32012年5月16日Group: Refinement description
改定 1.42013年11月27日Group: Database references
改定 1.52017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4947
ポリマ-21,6322
非ポリマー8635
2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.773, 57.934, 61.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease (UNP residues 1 to 99) / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: Q90K99, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-K2D / (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(1S,2R)-1-benzyl-3-{(2-ethylbutyl)[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]amino}-2-hydroxypropyl]carbamate


分子量: 590.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C30H42N2O8S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 20045 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.763.80.371179.7
1.76-1.836.20.3196.5
1.83-1.9170.204197.3
1.91-2.0270.139197.7
2.02-2.1470.101198.2
2.14-2.3170.087199
2.31-2.5470.07199
2.54-2.9170.051199.6
2.91-3.6670.034199.9
3.66-506.60.025199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry ?

解像度: 1.7→39.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.375 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20364 1018 5.1 %RANDOM
Rwork0.16853 ---
obs0.17028 18989 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1494 0 58 137 1689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3772.0192280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82432749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3315214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.71125.25459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.76915276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.48158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5271.51041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1521.5430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92121694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5383626
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.374.5586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 60 -
Rwork0.288 1077 -
obs--76.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2052-1.53340.39363.97-0.361.8442-0.1939-0.34940.06460.29060.1309-0.0961-0.06340.09440.0630.09830.03830.0130.08410.00010.005620.843125.958429.5455
23.1151-1.88310.12591.84790.15482.2951-0.1117-0.0506-0.31470.15010.12990.26030.1761-0.0676-0.01820.09520.0050.03010.04250.02410.062619.585917.285422.954
32.59030.63971.11711.9511-0.66180.958-0.04230.07110.05160.0485-0.0323-0.0607-0.05810.05960.07460.06940.0025-0.00510.05920.00110.050327.765428.256718.5718
43.85460.97641.18543.7339-0.61581.1011-0.02460.0081-0.0681-0.06930.10310.1959-0.0715-0.0297-0.07850.05370.01270.00590.04290.00950.043312.462626.899218.6044
50.3458-2.15240.41844.31781.32844.8186-0.0816-0.07680.16940.13440.1407-0.46930.04820.4166-0.05910.1043-0.016-0.05770.16950.0640.253739.760930.463524.2455
617.246-4.7231-4.13471.79251.51160.68990.11460.2066-0.381-0.0186-0.15150.0875-0.0009-0.10110.03690.0233-0.01810.00180.09490.00420.15430.772121.636618.1127
75.7731-0.30690.47432.66052.29753.58220.04820.18030.1227-0.03060.1154-0.3266-0.02910.3316-0.16350.0511-0.0092-0.00050.07010.040.086739.457431.69110.2631
86.2256-1.7513-1.72766.63623.08843.87420.11250.18130.0793-0.121-0.07390.28590.0631-0.4409-0.03860.03090.0064-0.00460.12230.06950.06910.321434.450113.2691
98.6424-1.3001-1.55670.2757-0.11522.8083-0.0110.2756-0.1229-0.0734-0.03410.0239-0.00510.07110.04510.1086-0.00080.0010.06350.00140.053527.483431.00564.4255
104.9176-1.2784-1.62642.7061-1.20991.50460.11950.06980.17780.02710.05570.1574-0.0702-0.0566-0.17520.07280.0103-0.00650.05240.00270.067812.523839.53911.5727
110.71081.0663-0.75591.8268-0.47112.8296-0.05950.02120.0631-0.0266-0.06150.0871-0.176-0.0230.1210.1179-0.0186-0.03090.09720.02380.09328.989833.582714.5375
124.6607-2.74433.38225.2385-3.81793.34260.12780.2618-0.0316-0.2496-0.05320.11430.1930.115-0.07460.0550.0004-0.01310.06550.00580.040210.464629.319712.1486
132.60150.41610.65123.1722-1.62320.9924-0.06040.04220.0015-0.03840.0168-0.06410.01920.01270.04360.07720.0078-0.00070.0686-0.00240.065628.66919.261919.3734
142.4658-1.7138-1.63981.8926-0.24873.5537-0.1349-0.2643-0.02040.09430.19020.1262-0.0583-0.0365-0.05530.08840.06560.00440.143-0.00990.083911.814828.831227.2568
150.62811.22231.37089.9318-11.712820.8602-0.0338-0.0387-0.0495-0.5708-0.6829-0.39140.52080.8220.71670.05190.07220.0540.14080.0440.187638.783522.883710.3825
168.69195.0407-8.8498.1173-5.737111.67430.4356-0.33970.40750.36150.0660.3391-0.54250.0616-0.50170.05990.03840.01680.09130.02340.15411.667836.612221.3751
174.3276-0.75670.380115.69656.783712.48150.04850.15241.58450.77780.0973-0.4291-0.0876-0.0174-0.14570.0941-0.01-0.040.07870.05430.440637.659324.098324.465
1824.7855-8.1676-0.13432.19891.61289.8786-0.39340.4683-0.18670.249-0.08830.02360.49310.44160.48170.09020.04530.03750.09870.05660.19732.568323.009124.4506
191.0791-0.86610.67912.7565-0.71126.3889-0.05550.00770.02670.0835-0.1403-0.3280.07060.44880.19580.0211-0.00110.00870.06630.0270.105136.301721.296619.5464
202.78590.6075-3.65385.1264-1.27994.1443-0.0699-0.0973-0.00560.26210.09030.2867-0.00360.0839-0.02040.04730.04270.0010.08850.03330.08214.13728.467725.6374
210000000000000000.079000.07900.079000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION1A94 - 99
3X-RAY DIFFRACTION1A6 - 10
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 5
5X-RAY DIFFRACTION2B94 - 99
6X-RAY DIFFRACTION2B6 - 10
7X-RAY DIFFRACTION3A21 - 32
8X-RAY DIFFRACTION4B20 - 32
9X-RAY DIFFRACTION5A11 - 20
10X-RAY DIFFRACTION6B11 - 19
11X-RAY DIFFRACTION7A33 - 43
12X-RAY DIFFRACTION8B33 - 43
13X-RAY DIFFRACTION9A44 - 57
14X-RAY DIFFRACTION10B44 - 57
15X-RAY DIFFRACTION11A77 - 85
16X-RAY DIFFRACTION12B77 - 85
17X-RAY DIFFRACTION13A86 - 93
18X-RAY DIFFRACTION14B86 - 93
19X-RAY DIFFRACTION15A58 - 62
20X-RAY DIFFRACTION16B58 - 62
21X-RAY DIFFRACTION17A63 - 68
22X-RAY DIFFRACTION18B63 - 68
23X-RAY DIFFRACTION19A69 - 76
24X-RAY DIFFRACTION20B69 - 76
25X-RAY DIFFRACTION21A101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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