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Yorodumi- PDB-3o9e: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with af60 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3o9e | ||||||
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Title | Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with af60 | ||||||
Components | Pol polyprotein | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L. | ||||||
Citation | Journal: Chem.Biol. / Year: 2013 Title: Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance. Authors: Nalam, M.N. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Altman, M.D. / Yilmaz, N.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3o9e.cif.gz | 94.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3o9e.ent.gz | 73.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3o9e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3o9e_validation.pdf.gz | 794.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3o9e_full_validation.pdf.gz | 796.2 KB | Display | |
Data in XML | 3o9e_validation.xml.gz | 11.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3o9e_validation.cif.gz | 16 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3o99C 3o9aC 3o9bC 3o9cC 3o9dC 3o9fC 3o9gC 3o9hC 3o9iC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10815.790 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: HIV-1 protease (UNP residues 1 to 99) / Mutation: Q7K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Strain: HXB2 / Gene: gag-pol, pol / Plasmid: pXC35 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TAP106 / References: UniProt: Q90K99 #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Chemical | ChemComp-A60 / ( | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: hanging drop, vapor diffusion / pH: 6.2 Details: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-BM-C / Wavelength: 0.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 29740 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 13.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry ? Resolution: 1.5→39.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.2051 / WRfactor Rwork: 0.1791 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.894 / SU B: 2.066 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.0753 / SU Rfree: 0.0769 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.075 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 49.49 Å2 / Biso mean: 18.572 Å2 / Biso min: 7.82 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→39.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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