PDB-3o9c: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with kd20

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o9c

タイトル

Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with kd20

要素

Pol polyprotein

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Altman, M.D. / Yilmaz, N.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Refinement description
改定 1.2	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3o9c_full_validation.pdf.gz	758.3 KB	表示
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CIF形式データ	3o9c_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3o99C 3o9aC 3o9bC 3o9dC 3o9eC 3o9fC 3o9gC 3o9hC 3o9iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sac-d 4mc2-d 3qrm-d 3sa6-d 3o9h-d 6dgz-d 3nu9-d 3i7e-d 2r3w-d 2qnp-d 3d1y-d 2r38-d 4zls-d 5ah6-d 3oxw-2 3hau-d 4rvx-1 1b6l-d 3bgc-d 1a30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pol polyprotein

B: Pol polyprotein

ヘテロ分子

22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.761, 57.791, 62.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pol polyprotein 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease (UNP residues 1 to 99) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: Q90K99
#2: 化合物	ChemComp-K20 / (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(1S,2R)-3-{(1,3-benzodioxol-5-ylsulfonyl)[(2S)-2-methylbutyl]amino}-1-benzyl-2-hydroxypropyl]carbamate 分子量: 590.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₈N₂O₉S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 16110 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.421 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY ?

解像度: 1.85→42.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.215 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1491 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2243	805	5 %	RANDOM
R_work	0.17457	-	-	-
obs	0.177	15262	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.921 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	41	122	1657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	2.025	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.877	3	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.287	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.813	24.643	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.912	15	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.408	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.204	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.174	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.733	1.5	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.184	1.5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.012	2	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.55	3	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.086	4.5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.848→1.896 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	58	-
R_work	0.252	1012	-
obs	-	-	90.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4018	-0.6526	-0.004	4.2107	0.7555	2.8882	-0.2064	-0.3318	-0.0108	0.261	0.1239	0.116	0.0467	0.0837	0.0826	-0.0165	0.0437	0.0123	0.0029	0.0003	-0.1254	20.9757	25.6846	29.67
2	4.4039	-2.4882	0.4009	2.5402	1.23	5.2469	-0.0828	-0.0836	-0.4142	0.1816	0.1532	0.2576	0.3256	0.0118	-0.0704	-0.017	-0.0018	0.0363	-0.0734	0.0329	-0.0206	19.7525	17.4658	23.4153
3	2.9552	0.7553	0.0543	3.1195	-1.3782	0.9837	0.0314	0.0108	-0.1312	0.0883	-0.1102	-0.1443	-0.0894	-0.0449	0.0788	-0.0293	0.002	-0.0043	-0.0375	0.01	-0.0545	27.7957	28.2923	18.9344
4	5.0713	-0.1912	0.2555	4.8389	0.0429	1.1144	0.0623	0.0006	-0.1349	-0.0676	0.0393	0.1623	-0.1133	-0.012	-0.1015	-0.0346	0.0133	0.0004	-0.0486	0.0043	-0.05	12.5197	26.787	18.7345
5	10.9556	0.2135	0.4556	8.2413	0.6504	4.82	-0.0444	-0.2217	-0.0086	0.3422	-0.2476	-1.4652	-0.149	0.2765	0.292	-0.0663	-0.0389	-0.1066	-0.129	0.094	0.1646	39.6871	30.5634	23.6826
6	9.838	-3.9277	0.3784	11.4162	-2.1604	9.3869	0.1911	-0.4041	-0.435	-0.0062	0.2052	1.4643	-0.223	-0.8916	-0.3964	-0.0738	-0.0089	-0.0069	0.0134	0.0084	0.2025	0.9891	21.7479	18.4387
7	7.4499	-1.418	-0.0019	1.8687	2.3222	6.8339	0.0416	0.3034	0.1288	-0.0223	-0.0575	-0.2856	0.0017	0.3064	0.0159	-0.067	-0.0257	0.0169	-0.019	0.073	-0.0174	39.4024	30.563	9.5112
8	7.8729	-0.7409	-0.983	7.1905	2.1459	4.6013	0.2501	0.1391	-0.0634	-0.1588	-0.0423	0.4097	0.1489	-0.4882	-0.2078	-0.0802	-0.028	-0.0005	0.0159	0.0826	-0.0472	0.4263	34.1692	13.268
9	11.2535	-1.3904	-2.8618	1.2045	0.3927	4.4176	-0.0215	0.2222	0.0022	-0.139	-0.0484	0.0334	-0.0752	0.1077	0.0699	-0.0285	0.0153	0.0048	-0.045	-0.0071	-0.0694	27.473	30.7254	4.2895
10	9.658	-2.9132	-0.8655	2.916	-1.5468	1.6818	0.1759	0.1001	0.0552	-0.0765	-0.0215	0.0848	-0.0296	-0.0053	-0.1544	-0.0059	0.002	0.0044	-0.0281	-0.0044	-0.0552	12.7928	39.1775	11.7861
11	1.7757	0.8391	-1.9133	2.6745	0.2957	4.7601	-0.065	0.1512	0.1628	-0.0072	-0.0772	0.2901	-0.1861	-0.2383	0.1421	-0.0267	-0.0061	-0.0269	-0.0147	0.0229	-0.024	29.0664	33.2195	14.3054
12	4.5476	-4.0316	3.6941	6.9537	-3.1868	3.9263	0.2811	0.3435	-0.1782	-0.2387	-0.06	0.2492	0.2112	0.269	-0.2211	-0.0378	-0.005	-0.0141	-0.0256	0.0102	-0.0256	10.4532	29.2573	12.2414
13	0.4008	0.0448	-0.1129	2.004	0.31	0.0838	-0.1369	0.1574	-0.0012	-0.0768	-0.0423	-0.1276	0.075	0.0445	0.1792	0.0041	0.0064	0.0075	0.0157	0.016	0.0154	28.654	19.3206	19.4754
14	3.4535	-1.9866	-2.856	5.4132	-2.3879	6.1665	-0.3027	-0.5433	-0.0383	0.1833	0.466	0.3377	-0.0032	-0.017	-0.1633	0.002	0.0629	0.0206	0.0369	0.0234	-0.0291	11.9508	28.9929	27.3532
15	1.3833	-0.3258	4.7593	13.8991	-12.7248	26.1164	0.3663	0.1197	-0.4835	-0.8562	-0.8442	-0.6384	0.4734	0.5327	0.4778	-0.1167	0.0892	0.0703	0.0308	0.0449	0.036	38.7568	22.8568	10.2268
16	4.8924	6.8625	-3.8709	11.911	-10.4026	18.5804	0.3201	-0.2306	0.6279	0.4569	0.2666	0.7167	-0.4792	-0.2797	-0.5867	-0.1214	0.0793	0.0364	-0.0345	0.0854	0.0908	1.6456	36.6519	21.2612
17	16.4024	1.8173	-6.2108	14.0489	2.7255	16.3968	-0.2376	-0.2711	0.513	0.6632	0.0232	-0.3665	0.0118	0.1995	0.2144	-0.0886	-0.0167	-0.1249	-0.1269	0.0386	0.0319	37.6389	24.0588	24.1606
18	25.791	-21.5551	5.2026	33.8493	-2.9155	9.108	-0.3632	0.6515	-0.5611	0.7563	-0.0861	0.1419	0.5006	0.441	0.4492	-0.0297	0.0678	0.0635	-0.0331	0.0611	0.0024	2.9264	23.0606	24.7531
19	2.2181	-1.092	-1.9143	3.2707	-2.681	8.749	-0.034	-0.0783	0.0562	0.0818	-0.1542	-0.2969	0.0803	0.6091	0.1882	-0.0806	-0.0071	-0.0011	-0.0413	0.0107	0.027	36.404	21.3282	19.295
20	2.0604	2.8684	-4.9939	4.6292	-7.5395	12.6463	-0.1113	-0.089	-0.0154	-0.4381	0.0672	0.3405	0.2287	0.1247	0.0441	-0.0514	0.0319	0	-0.0314	0.0501	0.0465	4.1302	28.6328	25.6337
21	13.0815	-8.9745	-2.983	11.0452	0.3627	1.2602	0.0743	-0.062	-0.1159	-0.024	0.0273	0.0829	-0.1556	-0.1893	-0.1016	-0.0949	0.014	0.0081	-0.074	-0.0003	-0.1199	19.6164	29.8937	14.1017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	57 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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