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万見
- PDB-3o75: Crystal structure of Cra transcriptional dual regulator from Pseu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o75
タイトルCrystal structure of Cra transcriptional dual regulator from Pseudomonas putida in complex with fructose 1-phosphate'
要素Fructose transport system repressor FruR
キーワードTRANSCRIPTION / Dual transcription regulator / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


response to fructose / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
D-fructose-responsive transcription factor / Periplasmic binding protein/LacI sugar binding domain / Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family / LacI-type HTH domain signature. / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator ...D-fructose-responsive transcription factor / Periplasmic binding protein/LacI sugar binding domain / Periplasmic binding proteins and sugar binding domain of LacI family / LacI-type HTH domain signature. / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Catabolite repressor-activator, DNA-binding transcriptional dual regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chavarria, M. / Santiago, C. / Platero, R. / Krell, T. / Casasnovas, J.M. / de Lorenzo, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Fructose 1-phosphate is the preferred effector of the metabolic regulator Cra of Pseudomonas putida
著者: Chavarria, M. / Santiago, C. / Platero, R. / Krell, T. / Casasnovas, J.M. / de Lorenzo, V.
履歴
登録2010年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose transport system repressor FruR
B: Fructose transport system repressor FruR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4224
ポリマ－59,9012
非ポリマー5202
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.711, 120.220, 61.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fructose transport system repressor FruR / Cra transcriptional dual regulator


分子量: 29950.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: ECK0081 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88PQ6
#2: 糖 ChemComp-F1X / 1-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / beta D-Fructose 1-phosphate / 1-O-phosphono-beta-D-fructose / 1-O-phosphono-D-fructose / 1-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FULL SEQUENCE OF THIS PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION IS ...THE FULL SEQUENCE OF THIS PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION IS MGSSHHHHHHSSGVRGSHMKLSDIARLAGVSVTTASYVINGKAEQQRISNST VERVRAVVEAHGFTPNPQAAGLRSRHTRTLGFILPDLENPSYARIAKQLEQGARARGYQL LIASSDDQPDSERQLQQLFRARRCDALFVASCLPPEDDSYRELQDKGLPVIAIDRRLDPA HFCSVISDDRDASRQLAASLLSSAPRSIALIGARPELSVSQARAGGFDEALQGYTGEVRR YQGEAFSRECGQRLMQQLIDDLGGLPDALVTTSYVLLQGVFDTLQARPVDSRQLQL GTFGDNQLLDFLPLPVNAMAQQHGQIAATALELALAAIEEKRYEPGVHAVGRTFKQ RISVA. HOWEVER, RESIDUES AT N-TERMINUS SEEM TO BE DEGRADED IN CRYSTAL AND THE ACTUAL CRYSTALLIZED PROTEIN SEQUENCE MAY BE SHORTER. IN FACT MASS SPECTROMETRY COULD ONLY SHOW A PEAK OF 30.4KDA WEIGHT. ONLY THE ORDERED PART OF THE PROTEIN BY THE ELECTRON DENSITY MAP IS REPORTED IN SEQRES RECORDS. THE FIRST 18 RESIDUES MGSSHHHHHHSSGVRGSH ARE EXPRESSION TAG SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Mes pH 6.5, 0.2M NaAc, 15 % PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42 Å / Num. obs: 23340 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 79179

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3O74

3o74


解像度: 2.3→14.944 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.8293 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 1130 5.12 %
Rwork0.1837 --
obs0.1858 22057 94.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.172 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 142.59 Å2 / Biso mean: 50.4763 Å2 / Biso min: 12.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.3008 Å2-0 Å24.866 Å2
2---10.9794 Å20 Å2
3----1.3214 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4186 0 32 107 4325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8765819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8212705
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.40430.28991310.25142404253587
2.4043-2.53050.28011340.22532466260090
2.5305-2.68820.27711380.21082562270092
2.6882-2.89430.25761210.20822619274095
2.8943-3.18310.2341470.19612663281097
3.1831-3.63780.23841490.18142725287499
3.6378-4.56160.18211610.15542733289499
4.5616-14.94440.18161490.15222755290498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.8116 Å / Origin y: -6.7187 Å / Origin z: 3.2438 Å
111213212223313233
T0.0527 Å2-0.0098 Å20.0179 Å2-0.1487 Å2-0.0001 Å2--0.0834 Å2
L0.8869 °2-0.8445 °20.4851 °2-3.2806 °2-0.8809 °2--0.7926 °2
S-0.0392 Å °0.0417 Å °-0.009 Å °0.1253 Å °0.0161 Å °0.1208 Å °-0.0347 Å °0.0239 Å °0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA60 - 329
2X-RAY DIFFRACTION1allB60 - 329
3X-RAY DIFFRACTION1allB1
4X-RAY DIFFRACTION1allA1
5X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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