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万見
- PDB-3o64: Crystal structure of catalytic domain of TACE with 2-(2-Aminothia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o64
タイトルCrystal structure of catalytic domain of TACE with 2-(2-Aminothiazol-4-yl)pyrrolidine-Based Tartrate Diamides
要素TACE
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Hydrolase / ADAM Proteins / Enzyme Inhibitors / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Metallo-peptidase family M12 / Domain of unknown function DUF3850 / Domain of unknown function (DUF3850) / ASCH / ASCH domain / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / PUA-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,N(D,L-[2-(HYDROXYAMINO-CARBONYL)METHYL]-4-METHYL PENTANOYL)L-3-(TERT-BUTYL)GLYCYL-L-ALANINE / Chem-786 / Chem-INN / ISOPROPYL ALCOHOL / DUF3850 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: 2-(2-Aminothiazol-4-yl)pyrrolidine-based tartrate diamides as potent, selective and orally bioavailable TACE inhibitors.
著者: Dai, C. / Li, D. / Popovici-Muller, J. / Zhao, L. / Girijavallabhan, V.M. / Rosner, K.E. / Lavey, B.J. / Rizvi, R. / Shankar, B.B. / Wong, M.K. / Guo, Z. / Orth, P. / Strickland, C.O. / Sun, ...著者: Dai, C. / Li, D. / Popovici-Muller, J. / Zhao, L. / Girijavallabhan, V.M. / Rosner, K.E. / Lavey, B.J. / Rizvi, R. / Shankar, B.B. / Wong, M.K. / Guo, Z. / Orth, P. / Strickland, C.O. / Sun, J. / Niu, X. / Chen, S. / Kozlowski, J.A. / Lundell, D.J. / Piwinski, J.J. / Shih, N.Y. / Siddiqui, M.A.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TACE
B: TACE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,58812
ポリマ－61,1382
非ポリマー1,45010
水5,188288
1
A: TACE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1505
ポリマ－30,5691
非ポリマー5814
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TACE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4387
ポリマ－30,5691
非ポリマー8686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.446, 76.508, 103.866
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TACE / ADAM 17 / TNF-alpha-converting enzyme / TNF-alpha convertase / Snake venom-like protease / ...ADAM 17 / TNF-alpha-converting enzyme / TNF-alpha convertase / Snake venom-like protease / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17


分子量: 30569.135 Da / 分子数: 2 / 断片: TACE / 変異: S266A, V353G, N452Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM17, CSVP, TACE / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P78536, EC: 3.4.24.86

-
非ポリマー , 6種, 298分子

#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-INN / N-{(2R)-2-[2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]-4-methylpentanoyl}-3-methyl-L-valyl-N-(2-aminoethyl)-L-alaninamide / イムネックス化合物1


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 415.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37N5O5
参照: 3,N(D,L-[2-(HYDROXYAMINO-CARBONYL)METHYL]-4-METHYL PENTANOYL)L-3-(TERT-BUTYL)GLYCYL-L-ALANINE
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-786 / (2R,3R)-2,3-dihydroxy-4-{(2R)-2-[2-(methylamino)-5-(methylsulfonyl)-1,3-thiazol-4-yl]pyrrolidin-1-yl}-4-oxo-N-{(1R)-1-[4-(1H-pyrazol-1-yl)phenyl]ethyl}butanamide


分子量: 562.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N6O6S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 15% PEG 6K, 10% 2-Propanol, 100mM Sodium citrate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月13日
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→20 Å / Num. all: 49102 / Num. obs: 48857 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.88-1.950.6142.848241.037199.9
1.95-2.030.4673.648211.031199.7
2.03-2.120.3344.848331.035199.7
2.12-2.230.2436.148491.038199.8
2.23-2.370.1797.848601.036199.9
2.37-2.550.1478.948691.03199.9
2.55-2.810.11710.848961.036199.9
2.81-3.210.09613.249111.055199.8
3.21-4.040.08315.349521.071199.4
4.04-200.0816.250421.134197.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
BUSTER2.9.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BKC

1bkc


解像度: 1.88→19.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 943 1.94 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 48697 99.58 %-
all-49102 --
原子変位パラメータBiso max: 123.4 Å2 / Biso mean: 37.624 Å2 / Biso min: 15.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.849 Å20 Å20 Å2
2---1.039 Å20 Å2
3---1.888 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.254 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3869 0 90 288 4247
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 86 2.41 %
Rwork0.222 3485 -
all0.222 3571 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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